ISVsa19

  • Family Tn3
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_011314 ND Aliivibrio salmonicida
Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL320
DNA section
IS Length : 3255 bp

Ends


IR Length : 11/14

IRL : GGGTTTACTTAAATGTCATTAATGAAAATATAATGAATACAAACTTTAAC
IRR : GGGTTTACCGAAACTATCAAACTATCAGTAAAGCCAGTATCCGCTCTAAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TCTGCTTATGATGACATTAGAATAAAGCCATAT2

DNA sequence

GGGTTTACTTAAATGTCATTAATGAAAATATAATGAATACAAACTTTAACTGTTCAACTAGCTTAGCTAGAACTAGGGATGTAGCGTGATCGTTAGAGCA
AAAGGAAGTGATCACCGTCGATCTATCTCGATGGTAAGAAACATTGAAATTCCTTACCATTAAAAATAAGAATCCCGTTATGACCAAACTTGCTATTTTT
ACGCCAAAAGAACAACGTGACTTTGATACACCACCTAAATTTTATAAAATTGATCGTTCGCGTTATTTTTCGATATCGAGCGAAATAAAACGATCAGGTT
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ACGTGATATTAAATATGTTTGTAACATGCTAGAAATAACTGAAAAAATTGATATTAACCTTTACAGTGATACTTCACGTAAATATCATCGGGATAATATA
TTGTCACTATCAGGTTGGAAATTACCCGATGAATCTCATGATGAAAAATTAAATTATCATGCAAAGTGGTTTATCGAGCAACAGCTTTCTCCTCGAAAGG
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AGAACAATTACTTGTCATTATAAAAAAGCAAATGACTAAAGAACAAAATGAATCACTCCAAACATTATTTAATTCAATAGACAAAACTCGTCCTCTTTCT
CGCCCACCCATTACAAGTTTAAAGACAATTAACCAGTCAGTTAAGCCAACAGAGATCCAGAAAAATGTTGAAACTTTTGAAATGGTAAAGAGCTATCATT
TGAGCGTTAAAACATTAACGCACCACTTGCAATTAACAGATCAAGCAACGGAATACTTCGCTACCTGGGTGAAAAAAGCACAAACCTTTCAGTTGACCAG
TTTTTCTAGCACTCACAAAGCTTATCTGCATATGTTGGCCTATTTAAAACATCAGTTTTATTTACGGCAAGATACCCTCATTGATATCTATCTAAAATCA
ACATTGTCTACCAAGTCACAATTAACTGCAAAATTGCAACAAATTGAAAAAGAACAGCAATCAGGCAGAAACACAGCCATAAAAGTTGTTTCAAAATCAA
ACAAGAATTTAACCAAATTCAGAAATCGAGTGATTGATATTGTTACGCAATCCCCACTTTCTGACACCGAAGTTGTTCGGCAATTGGAAAATCTTATAGA
AGAAAGTTTGAGATCCTATGATAAAAAAGAACAAGATAATATTCGTGAAATGGAGTCGTTTCTTGCCGCTTTGACAGGGAATGGCCGATATTTTGATATT
GTAGAGTCGTTATCATTAAAGTTACAGCGTAGGGTGTCAAATATACTAAAAATAGTAGAGTTTTCAGATCGAAGTACTAACAAAGAATTACTCTCTGCAA
TTAATCACTTCAGCTTATCCGATGGTGATGTTGGGCACAATCCACCGCTAGAATTTTTAAATCAAGCAGAGCGTGATGCAGTTGTTAGAGAAGGCAAATT
TAGAGTTTCGTTATACAAAGCACTGCTATTTTTTCATGTTGCAGATGACATTAAAGCAGGTCAACTTATTTTCGATGCTACTTATAAATACAAAGGAATA
TTTGATTACCTTATTGATGAAGAAACCTGGGCAAAGGATCGAGACAAGTTACTTCAAGCGGCAGGGCTTTGGGAGTTTAGTAACGTTTCAACGGTGTTGG
ATGGATTACGAAAAAAACTCAATATTAAGTACCATGATGTAAATATCCGGTTGGTCGAAGGTAAAAACCCATACTTTCAACTTGATAGTGACAACAGACC
TAAAGTAAAAACACCTAAAATTGATAACAATGATTTTGGTTTTGTGGGCGACACACTTATGCAGAATGGCTATGTACCAATCCAAAAAATTCTGGCTGAT
GTTAACCAAGTATGTGATTTTAAATCCTGCTTCACACACTTTTCCAATAAGCACAAAAAAATGAAACCCTCGTTGAATGTACTGTTAGCCGGCCTCCTTG
GTAAAGGGTGTAACCTGGGATTAAATCGGATCGCAAATATTTCGGTGGGTATTAGTGAAGATGTCCTGAATAACACGGTTAAGTGGTTCTTTGATCTCAA
AAACATTCAGGCGGCCAGTGACAGTATTGTTAGCTACATAGATAAACTATCTCTTGCTAACGCATACAGACATGATGCAAATCAGTTGCATACAAGCAGT
GATGGACAGAAATACTACGTGTCTGTTGATTCGTTAAATTCCACCTATTCTTTTAAATATTTTGGCAGTGAAAAAGGCTCTACAGTCTATACCTTTATAG
ATGAACGTCAGGCACTTTTTTACTCAACGGTAATAAGCGCATCTGAACGAGAAGCCGCATATGTGCTCGATGGCATCACTCATAATGATGTTGTGAAGAG
TGATATCCATAGTACTGATACGCATGGATATACCGAGTCAATATTTGGTGCTGCACATTTTATGGGGACATCGTTTGCGCCGAGAATTAAAGGGCTAGGA
AGCCAAACCATTTATGATTTTGATGGTAAGAGTTTACACTCAGAAAAAGGGCATACAATAAGGCCTAGTCGGGCAATCAGGAAAAAATTAATCAAAGATA
ATTGGGAGGATATTTTACGTTTTATGGTGACGATAAAACTCAAAAAAGCGTCTGCCTCACGGTTATTCTCTAGGCTTAACTCTTATACCAAACAAATGCC
TCTCTATAATGCACTTAAAGAGTTTGGCCGCATCATGAAATCTAATTTTTTATTGACGTATTATGATGATATGGAATTGCGTCAGCGGATAGAAAAACAA
CTTAATCGCGTTGAATTATCCAACAAGCTTGCCAAAGCAATATTTTTTGCGAATAACCAGGAGATACAAGAAGGGGAGAAAGACGAACAAGATCTCACGG
CAGCTTGCAAGATGCTCATTCAAAACTCAATTGTGCTATGGAACTATCTATATCTATCGCAATATTTGGCAAATTTAAATGGTGTGGAAGAGCGTACTAA
TGCCGCTCAATCCATCCTCAACGGTTCGGTTTTAACTTGGCGTCATATCAACCTTCACGGCCAATACGACTTTACCAGAGATTCCGCAAATGATGATGAA
TTTGATTTAGAGCGGATACTGGCTTTACTGATAGTTTGATAGTTTCGGTAAACCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
3060 bp1019 aa1803239+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MTKLAIFTPKEQRDFDTPPKFYKIDRSRYFSISSEIKRSGFNKLRTDINRVGFILQLGYFRASGKFYVKEDFRKRDIKYVCNMLEITEKIDINLYSDTSR
KYHRDNILSLSGWKLPDESHDEKLNYHAKWFIEQQLSPRKVIKALVEYCWSNKLIIPTYSKLSAYITVHFNDYEEQLLVIIKKQMTKEQNESLQTLFNSI
DKTRPLSRPPITSLKTINQSVKPTEIQKNVETFEMVKSYHLSVKTLTHHLQLTDQATEYFATWVKKAQTFQLTSFSSTHKAYLHMLAYLKHQFYLRQDTL
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RQRIEKQLNRVELSNKLAKAIFFANNQEIQEGEKDEQDLTAACKMLIQNSIVLWNYLYLSQYLANLNGVEERTNAAQSILNGSVLTWRHINLHGQYDFTR
DSANDDEFDLERILALLIV

 

Blast result :
Comments
ISVsa19 is 43% aa similar to IS3000.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Hjerde,E., Lorentzen,M.S., Holden,M.T.G., Seeger,K., Paulsen,S., Bason,N., Churcher,C., Harris,D., Norbertczak,H., Quail,M.A., Sanders,S., Thurston,S., Parkhill,J., Willassen,N.P. and Thomson,N.R. (2008) Direct submission GenBank.