ISVsa19
- Family Tn3
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_011314 | ND | Aliivibrio salmonicida | Aliivibrio salmonicida LFI1238 plasmid pVSAL320 |
DNA section
IS Length : 3255 bp
Ends
IR Length : 11/14
IRL : GGGTTTACTTAAATGTCATTAATGAAAATATAATGAATACAAACTTTAAC
IRR : GGGTTTACCGAAACTATCAAACTATCAGTAAAGCCAGTATCCGCTCTAAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TCTGCTTATGATGACAT | TA | GAATAAAGCCATAT | 2 |
DNA sequence
GGGTTTACTTAAATGTCATTAATGAAAATATAATGAATACAAACTTTAACTGTTCAACTAGCTTAGCTAGAACTAGGGATGTAGCGTGATCGTTAGAGCA
AAAGGAAGTGATCACCGTCGATCTATCTCGATGGTAAGAAACATTGAAATTCCTTACCATTAAAAATAAGAATCCCGTTATGACCAAACTTGCTATTTTT
ACGCCAAAAGAACAACGTGACTTTGATACACCACCTAAATTTTATAAAATTGATCGTTCGCGTTATTTTTCGATATCGAGCGAAATAAAACGATCAGGTT
TTAACAAACTTAGGACAGATATAAATCGAGTAGGGTTTATACTTCAACTTGGCTACTTTAGAGCATCAGGGAAGTTTTACGTCAAAGAGGACTTCCGAAA
ACGTGATATTAAATATGTTTGTAACATGCTAGAAATAACTGAAAAAATTGATATTAACCTTTACAGTGATACTTCACGTAAATATCATCGGGATAATATA
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TTTGATTACCTTATTGATGAAGAAACCTGGGCAAAGGATCGAGACAAGTTACTTCAAGCGGCAGGGCTTTGGGAGTTTAGTAACGTTTCAACGGTGTTGG
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CGCCCACCCATTACAAGTTTAAAGACAATTAACCAGTCAGTTAAGCCAACAGAGATCCAGAAAAATGTTGAAACTTTTGAAATGGTAAAGAGCTATCATT
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AGAAAGTTTGAGATCCTATGATAAAAAAGAACAAGATAATATTCGTGAAATGGAGTCGTTTCTTGCCGCTTTGACAGGGAATGGCCGATATTTTGATATT
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TTTGATTTAGAGCGGATACTGGCTTTACTGATAGTTTGATAGTTTCGGTAAACCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
3060 bp | 1019 aa | 180 | 3239 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MTKLAIFTPKEQRDFDTPPKFYKIDRSRYFSISSEIKRSGFNKLRTDINRVGFILQLGYFRASGKFYVKEDFRKRDIKYVCNMLEITEKIDINLYSDTSR
KYHRDNILSLSGWKLPDESHDEKLNYHAKWFIEQQLSPRKVIKALVEYCWSNKLIIPTYSKLSAYITVHFNDYEEQLLVIIKKQMTKEQNESLQTLFNSI
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Blast result :
Comments
ISVsa19 is 43% aa similar to IS3000.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Hjerde,E., Lorentzen,M.S., Holden,M.T.G., Seeger,K., Paulsen,S., Bason,N., Churcher,C., Harris,D., Norbertczak,H., Quail,M.A., Sanders,S., Thurston,S., Parkhill,J., Willassen,N.P. and Thomson,N.R. (2008) Direct submission GenBank.
2] Hjerde,E., Lorentzen,M.S., Holden,M.T.G., Seeger,K., Paulsen,S., Bason,N., Churcher,C., Harris,D., Norbertczak,H., Quail,M.A., Sanders,S., Thurston,S., Parkhill,J., Willassen,N.P. and Thomson,N.R. (2008) Direct submission GenBank.