ISMhp1

  • Family IS1634
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AF272977 ND Mycoplasma hyopneumoniae
Mycoplasma hyopneumoniae
DNA section
IS Length : 1910 bp

Ends


IR Length : 20/21

IRL : CCTGAGTTTCCCAGTTTGATGGCGAAAATTCACTTTTTAGTGAATATGAA
IRR : CCCGAGTTTCCCAGTTTGATGAGATAATTTTAAAAAAGTGTCCGGTTTCC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TAAACAATCTAGAAATTTTTAAAAAAACCTAGGTTTTTTTTAAAAATTTCTTTGAAAACTGAAATTTAGATTAGAACGGCCATATTTTTTTATATTGTAT80

DNA sequence

CCTGAGTTTCCCAGTTTGATGGCGAAAATTCACTTTTTAGTGAATATGAATATGCAGAAATCGCCGTAAATCGGTGTTTTTTACCCGTAAAACCTTAATT
TTTATTAATTACAATTAATTACAATTTTAAAGTAATTTTATGGTATAATTATAAATTATGAAAAAGCATAATTTGATTTTGTTTAATGTTTGAGGATCTT
CAAAAGATAAAATATATAAATATGTTGGCTGAACACAAGGTTATGGGAAAGCTCCAAAACGTTGATTTAGTATAGGAAATGTGCAAACTTTGGAAAAAAT
TAATCCAAATGCTATTCAAATTATCAAAGAAAAATTGAAATTATTTTCAAATTTAGATGACAAAGATAAAATCAAGACAACTTTACTTGATTCTCTTAAA
AATTCTGCCATAATCGAAGGTTCGGTTTTTATTGGTGGGGAATTAATTGAAAAACTTATTGAAAAGCACAATATTTTTGAATCACTTCCTAAAAGTAGGC
ATAAAAATATGAAACAAATTTTTAACTACTTAATTTCAAAGCGAATTACTGATCCTGGTAGCATTATTAATGCTTTTGATAAAAAGGATGATTACTCAAA
TCAAATAAATACTTCCAAAAATAGCTTTTATAGACTCTTAGATCTTGTCTATGAATCACAAAATCAACTTTTAGATAGTCTTAACAAAATGGTTATAAGC
GAGCTTGGAAAAAGGGACAATGAATTTTATTTTGATTCATCAACAGTCTATTTTGAGACATTTGAAAGAAATGGATTAAGAATTCCTGGCTATTCTAAAG
ATGCTAAATTCAAAGAAGATCAAATTGTCATTGCTTTAGCATGCGATAAAAATGGCATTCCTTTTCATATTAAAGTTTTTAAAGGAAATACAGCCGATTC
TAGTACGCTAATCCCTTTTGTATTAGATATTGAATCCAAATATAATATCAAAAATATGACAATAATTGCTGACCGTGGCATGTCCACTGCTGCAAATATT
CGATTTCTTGAATCAAAAGAATATAATTTCATTATTTCTTATCGTGCAAAGATAGGCAGTCAAAAATTTAAAGATTATTTATTAGATCCTAGCGATTATG
TTGATGTAAATGCAGATTTTAAGTATAAAAAAGAAGAATTTTATTCATCTTATAAAAATAAAAGATACACTGAAAATATTAGAAGAAGAGTTATTACTTA
CAGTAAAAAAAGAGCAATAAAAGACAGCAAGGCTCGCGAAGAGCAAATCCAAAGTTTTATTAAAAAACAAAATAAAGATGGTTTTATTGAAGTAAACAAA
TTGTTTGGTAAAAAACCTAAATATTTTAGGGAAATTTCAAATATGAAATTTGAATTAGATCAAAGTAAAATTGACAAGGACAAACAATTTGATGGTTACT
ATGTCTATGAAACAAATATACTAAATTTAAATGTCTTAGACATAGTTGAAAAATACCAAAAACAGTGAAATATTGAAGCTAATTTTAGAAGTCTAAAAGG
TTTATTGAATATTCGTCCTGTATTTTTAAGAATAGATGAGCATATCCTAGCTCATACATTTTTGTGCTTTATCTCATTAGTTATTTTAAAAACTATAATT
TTTAAAATCAACAAACATATTAGTGATAACAAGTTATTTGCAAACAGTCAATTAACTGAAGTTGGTTTAGTAACGATGTTGCAAAAATTAAGACAAAGGG
TTGAATTTAACACTTTAGATCAACAAATGATATTTAAAAATCGCGATGGTGTTCCTAGCAATCCCAATATTTGAAATAGGTATGATTTCTACTTTGATAT
CTTAATAAATCAGTAAAAAAATAGGTAATTAACTTTTGGCAAAAAACTTAAAAAAGCACGGGAAACCGGACACTTTTTTAAAATTATCTCATCAAACTGG
GAAACTCGGG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1659 bp552 aa1591817+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MKKHNLILFNVWGSSKDKIYKYVGWTQGYGKAPKRWFSIGNVQTLEKINPNAIQIIKEKLKLFSNLDDKDKIKTTLLDSLKNSAIIEGSVFIGGELIEKL
IEKHNIFESLPKSRHKNMKQIFNYLISKRITDPGSIINAFDKKDDYSNQINTSKNSFYRLLDLVYESQNQLLDSLNKMVISELGKRDNEFYFDSSTVYFE
TFERNGLRIPGYSKDAKFKEDQIVIALACDKNGIPFHIKVFKGNTADSSTLIPFVLDIESKYNIKNMTIIADRGMSTAANIRFLESKEYNFIISYRAKIG
SQKFKDYLLDPSDYVDVNADFKYKKEEFYSSYKNKRYTENIRRRVITYSKKRAIKDSKAREEQIQSFIKKQNKDGFIEVNKLFGKKPKYFREISNMKFEL
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EVGLVTMLQKLRQRVEFNTLDQQMIFKNRDGVPSNPNIWNRYDFYFDILINQ

 

Blast result :
Comments
ISMhp1 is 62%aa similar to IS1634.
References
1] Calcutt,M.J. and Wise,K.S.(2000) Direct submission GenBank.