ISBun1
- Family IS1595
- Group ISNwi1
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AAYH02000038 | ND | Bacteroides uniformis | Bacteroides uniformis ATCC 8492 |
DNA section
IS Length : 2700 bp
Ends
IR Length : 28/30
IRL : GGTAACTATATACCACTTTGCACTAAATATTAAATTCAATAAAGAATAGA
IRR : GGTAACTATATACCATTTTGCACTAAAAATGCTTGGGCATATAGTTACCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AGAGAAAACTCAAT | AAAAAAAG | AAAGGACAAAAAATGA | 8 |
DNA sequence
GGTAACTATATACCACTTTGCACTAAATATTAAATTCAATAAAGAATAGAAAGTTATGGAAATGAACGAGGAAAGTATTAAAAATTTATGGGTAATAGTA
GAAAAGACCCATAAGCAAGTTTTAGCGATGAAGTTTTTAGGCGAATTTAAAGCTTATGTAGTAAGTGGGTTTTCAACGAAGACAAGGGATAACCCTTTTA
ATGAAGCTTACAATGCGATTGATATTACAGATATATCGGTTAACTTGCCTATTTTACCGTCGGAATTAAACCCTCAATCTTTTGAAGAAAAGCTACGAGG
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GGAATGACGGAAGAAATGCTGTATAAGCGTTGTATAGGATTGGGATGTACAGAAGAGGAAGCAAAGATGTTGGTACAAAAATGCTTCCACCCTACAGAAA
AAGATTTAGAACTTGAAAGATTATAATAAAAGAATACCTTTATTTAGATTCTTTTTCTTTATTCTCGTTTTTCAAATCTTCCTCATAATCTTTTAAATAA
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GAAAAGACCCATAAGCAAGTTTTAGCGATGAAGTTTTTAGGCGAATTTAAAGCTTATGTAGTAAGTGGGTTTTCAACGAAGACAAGGGATAACCCTTTTA
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GGAATGACGGAAGAAATGCTGTATAAGCGTTGTATAGGATTGGGATGTACAGAAGAGGAAGCAAAGATGTTGGTACAAAAATGCTTCCACCCTACAGAAA
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GAATCTTCATACATAATTCCGGGAGTGCCAATAATCTCTTCTTTGATTTTTAATTCACCACAGTGAATACATTTAAAGTAAGCATTATGCTCTTCCCAAA
CATGGTTGCATTTTTTGTTCTCCATAATATTTTCTTATTTGTTTGACATTGCAAATGTAGCAAATATCACTATATTTGCAAATGTTCTATAGAACAAACG
TTTTAGAGAAAATATTCGGGAGTGCCTTACTTCGTTAAAATCGCCAGTTTTAACACGCACACAAGGCACAAGCCCTCACTGTACCAAGTGGGTTGCTTGT
CTGCGTGTGCATAGGTCTCTGGCGATACCTTACGAAGTTGTGGACTGTGACCCACTTCCTTTTAGGTACAGCCTTTATAGGTCACGTGAAGGCAGAAATA
CGAATAGTTATGAAAAAGTTTGTATTATTGATTTTGTTTGTTTTTTCTTGTACGTTATCATCTTATGCACAATTCGATAACGGATTACAATTTAGGGATT
CTCTTGCAGGATGGACTGCAAGACATGCAAAAATTAGTGAGATAGAACCAATTCTAAAAAAATACAATATTGATTCTTCTGGAAAGCGAATGATTATAAA
AATAGATGAGAATAATATTTTTAGAATTAGATGTAACGTTGATTCACAAGATGAAATAGAGTGGATAAGTATGACAACTTTATATGATTCAACGGATTCC
GGAATGAAAGCTGATATTATGGTAATGACTACACTTTTAGAAAATTCTAAATATTTAGGATTGAAATTTAAAGAAGAAGCTTATTTTCAAATGAGTAGTG
AAAACAACATGTTTTTTGTTTCAGAAAAATTGGGGATTACTGTTGTTCTTACTACATGCTCAATGTCTCGAAGATATGGATGTCCTACTTTGGAAATATC
ATTTATAAAAGGAACTGATTATAAAAAATGGATTAAACAATAAATAATAAAGGTAACTATATGCCCAAGCATTTTTAGTGCAAAATGGTATATAGTTACC
Protein section
ORF number : 5
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
324 bp | 107 aa | 56 | 379 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MEMNEESIKNLWVIVEKTHKQVLAMKFLGEFKAYVVSGFSTKTRDNPFNEAYNAIDITDISVNLPILPSELNPQSFEEKLRGRSVKNFKFGGDDYFWLIK
SGKTEYL
SGKTEYL
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
918 bp | 305 aa | 452 | 1369 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MIDVNSFNSLFELLEAFPTEQSCIEYLKKVRWGEKVKSPFSPGSKVYVCGNNTYLCKDTGRRFNVKTGTIFENTKMSLRKWFMAVWMVLSNKKGISSLQL
ARDIKVTQKTAWYVLQRIRICLVCENQGKLHNEVEADETFVGGKNKNRHNDKKVKACQGRSFKDKTPVLGMVERKGKVIGIVIKNTSKEELTPKILEFVD
RNAILYTDEWYGYNEIDKMYYHYSIDHSKKQYGYGRINTNTIEGFWTLLKRGYVGIYHYMSSKHLQRYVNEFVFRYNTRKISENSRFNLLLCNMNYHITY
KKLTA
ARDIKVTQKTAWYVLQRIRICLVCENQGKLHNEVEADETFVGGKNKNRHNDKKVKACQGRSFKDKTPVLGMVERKGKVIGIVIKNTSKEELTPKILEFVD
RNAILYTDEWYGYNEIDKMYYHYSIDHSKKQYGYGRINTNTIEGFWTLLKRGYVGIYHYMSSKHLQRYVNEFVFRYNTRKISENSRFNLLLCNMNYHITY
KKLTA
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
263 bp | 86 aa | 1366 | 1628 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MSKKEMTIGEEFENFMSFAMRYNFKKKKKVKLYKPTEIAKIYRENGMTEEMLYKRCIGLGCTEEEAKMLVQKCFHPTEKDLELERL
Blast result :ORF 4
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
186 bp | 61 aa | 1640 | 1825 | - | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MENKKCNHVWEEHNAYFKCIHCGELKIKEEIIGTPGIMYEDSYLKDYEEDLKNENKEKESK
Blast result :ORF 5
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
597 bp | 198 aa | 2047 | 2643 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MTHFLLGTAFIGHVKAEIRIVMKKFVLLILFVFSCTLSSYAQFDNGLQFRDSLAGWTARHAKISEIEPILKKYNIDSSGKRMIIKIDENNIFRIRCNVDS
QDEIEWISMTTLYDSTDSGMKADIMVMTTLLENSKYLGLKFKEEAYFQMSSENNMFFVSEKLGITVVLTTCSMSRRYGCPTLEISFIKGTDYKKWIKQ
QDEIEWISMTTLYDSTDSGMKADIMVMTTLLENSKYLGLKFKEEAYFQMSSENNMFFVSEKLGITVVLTTCSMSRRYGCPTLEISFIKGTDYKKWIKQ
Blast result :
Comments
ISBun1 is 60% aa similar to ISRhba1. The second ORF is the transposase, the others are passengers genes.
References
1] Fulton,L., Clifton,S., Fulton,B., Xu,J., Minx,P., Mardis,E.R. and Wilson,R.K. (2007) Direct submission GenBank.