ISLga1
- Family IS30
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AF479752 | ND | Lactobacillus gasseri | Lactobacillus gasseri ADH |
DNA section
IS Length : 1179 bp
Ends
IR Length : 21/25
IRL : ATTGTAAAATCAAATTGAACACTTTAGAAAAATAAAAAGTCCATTCGGAC
IRR : ATTGCAATAATAAATTGAACACTTTTAGTTAAGCTGCTTGATAGATTCGA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
ATTGTAAAATCAAATTGAACACTTTAGAAAAATAAAAAGTCCATTCGGACCTGTTTGATAGAATGTTAATAACCACAAAAACTTTCTATTGGAGGTCAAA
ATGGACTCTTTACATTCTACCATGAATCGGCACGTTAAAGGAAAGCATTTATCATTTGAAGAGCGAGTTATTATTCAATTGCGTTTGAAAGATGGCTGCT
CTTTGCGTGCAATTGCTCGTGAACTCAACTGTTCTCCTTCTACTATCAGTTATGAGGTTAAACGTGGCACTGTAAAACTGTATCATGGTAAAGTCAAAAG
ATACAAGGCTACTCAAGGACATGATGTATATCAAGCTCATCGTAAAAAATTGTGGGGCGTAAATCAGACTTTCTCAAAAAAATCAATTTATTCACTAATG
TCCACAAACATTTCTTTAAAGACGGTTGGTCGCTTGATGTTTGCAGTAATCGTGCCACTGTTGCTGGCGAATTCTCTAGCAGCGATGTTGTCTGCACCAA
AACTCTTTATAATTACGTTGATAAGGGCTTATTAGGCATTTATAATTACGACTTGCCTGAGAAGCTTAAACGCAATACCAAGCTTCATCGTGTGCGCAAA
AACAAGAAAAAGCTTGGCAGAAGTATTGAAGAACGTCCAAAAGAAATTAGTGAACGTAATGAATTCGGTCATTGGGAATGCGATTTGGTCCTTGGACATA
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GGCCTTTAAAGAACTCCAAAGACAATACAGTGAACACTGGAATGATATTTTTAAAACTATTACCACTGATAATGGTTCAGAATTTGCGGATCTTTCCAAC
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TTCCTAAAGGAGAAGCAATAGCTAACTATTCTTTACAAAATATCATTGACATTGAAACCTGGTGCAACTCATTGCCAAGAAAAATTTTAGCTTATCACAC
ACCAGATGAATCTTTGAAAGAGAATTAGATCGAATCTATCAAGCAGCTTAACTAAAAGTGTTCAATTTATTATTGCAAT
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ACCAGATGAATCTTTGAAAGAGAATTAGATCGAATCTATCAAGCAGCTTAACTAAAAGTGTTCAATTTATTATTGCAAT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1051 bp | 349 aa | 101 | 1151 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MDSLHSTMNQHVKGKHLSFEERVIIQLRLKDGCSLRAIARELNCSPSTISYEIKRGTVKLYHGKVKRYKATQGHDVYQAHRKNCGRKSDFLKKTQFIHYV
HKHFFKDGWSLDVCSNRATVAGEFSSSDVVCTKTLYNYVDKGLLGIYNYDLPEKLKRNTKLHRVRKNKKKLGRSIEERPKEISERNEFGHWECDLVLGHK
TKDDEVLLTLSERMSREFLIIRIPDKTSISVMQAFKELQRQYSEHWNDIFKTITTDNGSEFADLSNLEEASNTLVYYAHPYTSCDKGTVERHNGLIRRFI
PKGEAIANYSLQNIIDIETWCNSLPRKILAYHTPDEIFERELDRIYQAA
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TKDDEVLLTLSERMSREFLIIRIPDKTSISVMQAFKELQRQYSEHWNDIFKTITTDNGSEFADLSNLEEASNTLVYYAHPYTSCDKGTVERHNGLIRRFI
PKGEAIANYSLQNIIDIETWCNSLPRKILAYHTPDEIFERELDRIYQAA
Blast result :
Comments
ISLga1 is 89% aa similar to ISLjo1.
References
1] Walker,D.C., Russell,W.M. and Klaenhammer,T.R. (2002) Direct submission GenBank.