ISLjo2

  • Family ISL3
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_005362 ND Lactobacillus johnsonii
Lactobacillus johnsonii NCC 533
DNA section
IS Length : 1461 bp

Ends


IR Length : 21/30

IRL : GGCTGTATAATTTTTCCTGTTGATGAATATCTATGATATTCTATCGACAG
IRR : GGCTCTTTTGCAAATCCTGTTGATGGATAATTTTAAGAAGGAATTAAGCA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ATTGATATAAATTAAATTGAAGAAAA8

DNA sequence

GGCTGTATAATTTTTCCTGTTGATGAATATCTATGATATTCTATCGACAGGATTTTTTTACGTAAAAAAAGAGGCCATAGTCCTCTCTTACTTAAAATCC
TTCTTCGACCAATTCAATTAAGTGTATGGAGATTTAAACTATGTCCTCTTTAAATGATTATATTAAATTTACTCTTGATATTGAAGATAAAAACATTATT
TTTTCTGATTATTCAAATGAAAATATTAACGGTAAGATTTACAAAATATATTTAGCTGAGCTGATCCAGCCTACTTGTCCTTATTGTCGTTCTACTAATC
TTAAGCATAACGGTCATTACGTCTCTAACGTTCGTTTCATTACTGCTGATGCTAGTAAGCCCGTTACTATCAGATTAAGAAAACAACGTGTTCTCTGCAA
TGACTGTTTAAAAAGATCTATGGCTCAATCTAATCTGGTTAATAAAGGCTGCTATATCTCTAACACTTCTAAGCGAAAAATACTTTCTGCTCTTACTGAA
GATCGTTCAATGACCAGCATTGCTAGAGAACATAATGTATCTGTCAACACGGTTCAAAGAGTATTAGAAGTCTGCTCTTCTAAGTTCTATGATGCCTTTG
ATCATCTCCCTGAACACTTAGCTTTTGATGAATTTAAGGGCGTAGGCAAAAAGCTTCACTTTATTTGTCTAGATGGTGATACTCACAAAGTTGTTCAAAT
TCTTAGAACTCGTTTCAAACCTGATATTCTACGCTATTTTTACAAGTTCACTCCTAAAGCTCGTGCAATGGTTAAAACAGTAACTATGGATCTTAATTGT
TATTATCCTTTAGTTGCTAGAGAATTATTTCCAAATGCTCAGATAGTTATTGACCGTTTTCATATGGTTCAAATGCTTACTAGATCGTTTAATATTTTCA
GAGTTCAAATCATGAAGCAATTTAATAAAAGAAGCCGTGAATATAAGCTTTTAAAGTCCCCTTGGAAGCTTTATCTCATGAAATATGACAAACTTAATAA
GACTACTCCTTATTACGACTGGCATTTTAAGGACTGTCTAACACAGGAACATGTTGTCTTAGATGGTTTAGATTGTGACCAAACCTTAGAAAATACTTAT
TGGGTTATGCAGGACTTTATGACTGCTATTCAGGATAACGATGAAAAGAAAGTTATCCATCTACTTCATTCAAAACAAAATGTTGGTAAACAAATGCATC
AAACTCTATTAACTTTTAAACGTAATTATTCTGGTGTCCTAAACGGTATTACCTCAACTTATTCTAATGGTTGTCTTGAAGGAGTTAACCGTAAGATTAA
ACAAATTGAACGTACTGCTTATGGTTATAGAAATTTCAAACATTTATTAATTAGAATTAGACTCGAAGAAAATATTATAAAAGAAAAGGAATCAAACAGC
TATTTCTTAGCTGCTTAATTCCTTCTTAAAATTATCCATCAACAGGATTTGCAAAAGAGCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1278 bp425 aa1411418+No
ORF function : Transposase
Chemistry : Unknow

ORF sequence :

MSSLNDYIKFTLDIEDKNIIFSDYSNENINGKIYKIYLAELIQPTCPYCRSTNLKHNGHYVSNVRFITADASKPVTIRLRKQRVLCNDCLKRSMAQSNLV
NKGCYISNTSKRKILSALTEDRSMTSIAREHNVSVNTVQRVLEVCSSKFYDAFDHLPEHLAFDEFKGVGKKLHFICLDGDTHKVVQILRTRFKPDILRYF
YKFTPKARAMVKTVTMDLNCYYPLVARELFPNAQIVIDRFHMVQMLTRSFNIFRVQIMKQFNKRSREYKLLKSPWKLYLMKYDKLNKTTPYYDWHFKDCL
TQEHVVLDGLDCDQTLENTYWVMQDFMTAIQDNDEKKVIHLLHSKQNVGKQMHQTLLTFKRNYSGVLNGITSTYSNGCLEGVNRKIKQIERTAYGYRNFK
HLLIRIRLEENIIKEKESNSYFLAA

 

Blast result :
Comments
ISLjo2 is 68% aa similar to ISL3.
References
1] Pridmore,R.D., Berger,B., Desiere,F., Vilanova,D., Barretto,C., Pittet,A.C., Zwahlen,M.C., Rouvet,M., Altermann,E., Barrangou,R., Mollet,B., Mercenier,A., Klaenhammer,T., Arigoni,F. and Schell,M.A. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (8), 2512-2517