ISLjo2
- Family ISL3
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_005362 | ND | Lactobacillus johnsonii | Lactobacillus johnsonii NCC 533 |
DNA section
IS Length : 1461 bp
Ends
IR Length : 21/30
IRL : GGCTGTATAATTTTTCCTGTTGATGAATATCTATGATATTCTATCGACAG
IRR : GGCTCTTTTGCAAATCCTGTTGATGGATAATTTTAAGAAGGAATTAAGCA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATTGATATAA | ATTAAATT | GAAGAAAA | 8 |
DNA sequence
GGCTGTATAATTTTTCCTGTTGATGAATATCTATGATATTCTATCGACAGGATTTTTTTACGTAAAAAAAGAGGCCATAGTCCTCTCTTACTTAAAATCC
TTCTTCGACCAATTCAATTAAGTGTATGGAGATTTAAACTATGTCCTCTTTAAATGATTATATTAAATTTACTCTTGATATTGAAGATAAAAACATTATT
TTTTCTGATTATTCAAATGAAAATATTAACGGTAAGATTTACAAAATATATTTAGCTGAGCTGATCCAGCCTACTTGTCCTTATTGTCGTTCTACTAATC
TTAAGCATAACGGTCATTACGTCTCTAACGTTCGTTTCATTACTGCTGATGCTAGTAAGCCCGTTACTATCAGATTAAGAAAACAACGTGTTCTCTGCAA
TGACTGTTTAAAAAGATCTATGGCTCAATCTAATCTGGTTAATAAAGGCTGCTATATCTCTAACACTTCTAAGCGAAAAATACTTTCTGCTCTTACTGAA
GATCGTTCAATGACCAGCATTGCTAGAGAACATAATGTATCTGTCAACACGGTTCAAAGAGTATTAGAAGTCTGCTCTTCTAAGTTCTATGATGCCTTTG
ATCATCTCCCTGAACACTTAGCTTTTGATGAATTTAAGGGCGTAGGCAAAAAGCTTCACTTTATTTGTCTAGATGGTGATACTCACAAAGTTGTTCAAAT
TCTTAGAACTCGTTTCAAACCTGATATTCTACGCTATTTTTACAAGTTCACTCCTAAAGCTCGTGCAATGGTTAAAACAGTAACTATGGATCTTAATTGT
TATTATCCTTTAGTTGCTAGAGAATTATTTCCAAATGCTCAGATAGTTATTGACCGTTTTCATATGGTTCAAATGCTTACTAGATCGTTTAATATTTTCA
GAGTTCAAATCATGAAGCAATTTAATAAAAGAAGCCGTGAATATAAGCTTTTAAAGTCCCCTTGGAAGCTTTATCTCATGAAATATGACAAACTTAATAA
GACTACTCCTTATTACGACTGGCATTTTAAGGACTGTCTAACACAGGAACATGTTGTCTTAGATGGTTTAGATTGTGACCAAACCTTAGAAAATACTTAT
TGGGTTATGCAGGACTTTATGACTGCTATTCAGGATAACGATGAAAAGAAAGTTATCCATCTACTTCATTCAAAACAAAATGTTGGTAAACAAATGCATC
AAACTCTATTAACTTTTAAACGTAATTATTCTGGTGTCCTAAACGGTATTACCTCAACTTATTCTAATGGTTGTCTTGAAGGAGTTAACCGTAAGATTAA
ACAAATTGAACGTACTGCTTATGGTTATAGAAATTTCAAACATTTATTAATTAGAATTAGACTCGAAGAAAATATTATAAAAGAAAAGGAATCAAACAGC
TATTTCTTAGCTGCTTAATTCCTTCTTAAAATTATCCATCAACAGGATTTGCAAAAGAGCC
TTCTTCGACCAATTCAATTAAGTGTATGGAGATTTAAACTATGTCCTCTTTAAATGATTATATTAAATTTACTCTTGATATTGAAGATAAAAACATTATT
TTTTCTGATTATTCAAATGAAAATATTAACGGTAAGATTTACAAAATATATTTAGCTGAGCTGATCCAGCCTACTTGTCCTTATTGTCGTTCTACTAATC
TTAAGCATAACGGTCATTACGTCTCTAACGTTCGTTTCATTACTGCTGATGCTAGTAAGCCCGTTACTATCAGATTAAGAAAACAACGTGTTCTCTGCAA
TGACTGTTTAAAAAGATCTATGGCTCAATCTAATCTGGTTAATAAAGGCTGCTATATCTCTAACACTTCTAAGCGAAAAATACTTTCTGCTCTTACTGAA
GATCGTTCAATGACCAGCATTGCTAGAGAACATAATGTATCTGTCAACACGGTTCAAAGAGTATTAGAAGTCTGCTCTTCTAAGTTCTATGATGCCTTTG
ATCATCTCCCTGAACACTTAGCTTTTGATGAATTTAAGGGCGTAGGCAAAAAGCTTCACTTTATTTGTCTAGATGGTGATACTCACAAAGTTGTTCAAAT
TCTTAGAACTCGTTTCAAACCTGATATTCTACGCTATTTTTACAAGTTCACTCCTAAAGCTCGTGCAATGGTTAAAACAGTAACTATGGATCTTAATTGT
TATTATCCTTTAGTTGCTAGAGAATTATTTCCAAATGCTCAGATAGTTATTGACCGTTTTCATATGGTTCAAATGCTTACTAGATCGTTTAATATTTTCA
GAGTTCAAATCATGAAGCAATTTAATAAAAGAAGCCGTGAATATAAGCTTTTAAAGTCCCCTTGGAAGCTTTATCTCATGAAATATGACAAACTTAATAA
GACTACTCCTTATTACGACTGGCATTTTAAGGACTGTCTAACACAGGAACATGTTGTCTTAGATGGTTTAGATTGTGACCAAACCTTAGAAAATACTTAT
TGGGTTATGCAGGACTTTATGACTGCTATTCAGGATAACGATGAAAAGAAAGTTATCCATCTACTTCATTCAAAACAAAATGTTGGTAAACAAATGCATC
AAACTCTATTAACTTTTAAACGTAATTATTCTGGTGTCCTAAACGGTATTACCTCAACTTATTCTAATGGTTGTCTTGAAGGAGTTAACCGTAAGATTAA
ACAAATTGAACGTACTGCTTATGGTTATAGAAATTTCAAACATTTATTAATTAGAATTAGACTCGAAGAAAATATTATAAAAGAAAAGGAATCAAACAGC
TATTTCTTAGCTGCTTAATTCCTTCTTAAAATTATCCATCAACAGGATTTGCAAAAGAGCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1278 bp | 425 aa | 141 | 1418 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MSSLNDYIKFTLDIEDKNIIFSDYSNENINGKIYKIYLAELIQPTCPYCRSTNLKHNGHYVSNVRFITADASKPVTIRLRKQRVLCNDCLKRSMAQSNLV
NKGCYISNTSKRKILSALTEDRSMTSIAREHNVSVNTVQRVLEVCSSKFYDAFDHLPEHLAFDEFKGVGKKLHFICLDGDTHKVVQILRTRFKPDILRYF
YKFTPKARAMVKTVTMDLNCYYPLVARELFPNAQIVIDRFHMVQMLTRSFNIFRVQIMKQFNKRSREYKLLKSPWKLYLMKYDKLNKTTPYYDWHFKDCL
TQEHVVLDGLDCDQTLENTYWVMQDFMTAIQDNDEKKVIHLLHSKQNVGKQMHQTLLTFKRNYSGVLNGITSTYSNGCLEGVNRKIKQIERTAYGYRNFK
HLLIRIRLEENIIKEKESNSYFLAA
NKGCYISNTSKRKILSALTEDRSMTSIAREHNVSVNTVQRVLEVCSSKFYDAFDHLPEHLAFDEFKGVGKKLHFICLDGDTHKVVQILRTRFKPDILRYF
YKFTPKARAMVKTVTMDLNCYYPLVARELFPNAQIVIDRFHMVQMLTRSFNIFRVQIMKQFNKRSREYKLLKSPWKLYLMKYDKLNKTTPYYDWHFKDCL
TQEHVVLDGLDCDQTLENTYWVMQDFMTAIQDNDEKKVIHLLHSKQNVGKQMHQTLLTFKRNYSGVLNGITSTYSNGCLEGVNRKIKQIERTAYGYRNFK
HLLIRIRLEENIIKEKESNSYFLAA
Blast result :
Comments
ISLjo2 is 68% aa similar to ISL3.
References
1] Pridmore,R.D., Berger,B., Desiere,F., Vilanova,D., Barretto,C., Pittet,A.C., Zwahlen,M.C., Rouvet,M., Altermann,E., Barrangou,R., Mollet,B., Mercenier,A., Klaenhammer,T., Arigoni,F. and Schell,M.A. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (8), 2512-2517