ISFnu4
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_003454 | ND | Fusobacterium nucleatum | Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 |
DNA section
IS Length : 1562 bp
Ends
Left end : CTTGTATGATAAATATATAAAATATTTATCTATACAACCTCCTTTCATAGTTTATTTTATTTATTATTTTTTATATAATCTATTTATACTGTGGACTTTT
Right end : TATTGAAAAAACTAAGAGTTTAAAACTCTAATTTTGTTATGCCAAAAATTCTTATTTAAATTTTTTTAAAAAAGTTCTTGACTTTTCATAGTTGGTCTCC
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|
DNA sequence
CTTGTATGATAAATATATAAAATATTTATCTATACAACCTCCTTTCATAGTTTATTTTATTTATTATTTTTTATATAATCTATTTATACTGTGGACTTTT
TATATTCACTTAAAGAGCTTTTGCTACTTTTTTAGGGAGATTACTGCCACACTCTTTTAACTCATATACTTATAGTTGGATAAGTCTTTAAACTTTCATT
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TGATAAAGAAGAATATTGTTTATCAGGAAGAAAATTTAGAATAGTATTTATTAAATTTCAACTATTGAAAAAACTAAGAGTTTAAAACTCTAATTTTGTT
ATGCCAAAAATTCTTATTTAAATTTTTTTAAAAAAGTTCTTGACTTTTCATAGTTGGTCTCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1176 bp | 391 aa | 269 | 1444 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MFLLGIDIAKLNHVASCIDSSTNEIVFSNFKFKNDFKGFSTLLDKIKTFDTKNLIIGLESTSHYGENLINFLFKQHFKVALINPLQTSHLRKANIRDAKN
DNLDSLNIAKSLIFAKLNFISEKNINCFSLKKLTRFRSSLIKQRSKAKIQLTSLLDLLFPELQYLFKSKIHSKAIYSLLKKYPSTEEIAALKDDEISNLL
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Blast result :
Comments
ISFnu4 is 46% aa similar to IS650 and 95% aa similar to ISFnu3.
There is 3 copies of ISFnu4 in Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum genome.
There is 3 copies of ISFnu4 in Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum genome.
References
1] Kapatral,V., Anderson,I., Ivanova,N., Reznik,G., Los,T., Lykidis,A., Bhattacharyya,A., Bartman,A., Gardner,W., Grechkin,G., Zhu,L., Vasieva,O., Chu,L., Kogan,Y., Chaga,O., Goltsman,E., Bernal,A., Larsen,N., D'Souza,M., Walunas,T., Pusch,G.,Haselkorn,R., Fonstein,M., Kyrpides,N. and Overbeek,R. (2002) J. Bacteriol. 184 (7), 2005-2018