ISFac1
- Family ISH3
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NZ_AAAA01000062 | ND | Ferroplasma acidarmanus | Ferroplasma acidarmanus Faci_62 |
DNA section
IS Length : 1477 bp
Ends
IR Length : 18
IRL : CAGACTCTCCGCATGTCTTACCATATAATTTAATTTCTTTGTAAATCCTT
IRR : CAGACTCTCCGCATGTCTATGATAGTGATGCAGAATATCATTAATTTATG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|
DNA sequence
CAGACTCTCCGCATGTCTTACCATATAATTTAATTTCTTTGTAAATCCTTGTAGTTTTATGTGTTACAGGGCAAATTATATGTACGACAAATTTAAAATT
GGAGGGAATAATTTTGAATTATGAACAACAAAACAATCCCTCCAAAATTAAATGCCAATAAGGTTAAAAAATTTTACTCTTCTCAGATGTACAATATTTT
CTCAAATAATATACATGTACAGTCAAGGTATAATTCAGGGGATATTGTAAATACAGTAAGGGATGCTATAGCACATAAAATGTATGTTGAAACATATGTA
AGGAATTACCATAGAATACATACACCATCAGGGGATACAGTGTTTAAAAGAATATATGAAGCTGCTGTTAACCATGGAATAGATCTATTAACAATGCTTA
TTGATAATACTGTTAAAATGGCTATGGAATTGAATGCATTCAATAGTTATGTAAATGTTGCAATAGATGAGCATGATGAGCCATATACTGGAAAAGACAA
CCCATATTTAATAGATGCACCATTCCATAGGTTCAGGGGCACAGACATGGCATACAGGTTTGCTACATTGGATTGTGTAGACAATAATAGATTTACTTTA
GCAGCTATGGTTAAGCATCCACTGGATGTAATTAATAATGCTAAGGAAGTTAGAATGGTTATAGAACATGCATTGTCACTGGGAATAAAGTAAATACAGT
ATTAATGGACAGGGGATACTTAGATTCCAGTGTAATGGATGCAGTGGACTCAATGAAATTGAAATATATTATACCTGCAAAGGACAATCATAAAGTTATA
AAATTCAAGAAAATGGATCTGAAATACTGCAAGGATGTATATGGAAATGAATTCCCATTTATGGTTTTAAGGGATAATATAGGATCATCAAAGAGAGTTA
ATGCCAATTTTGTCCATATAGTGTACTATTCCCATAAAAAGCATGATTTCTCATTCTATACCAATATTAATGTTAATGAAAACAATGTAATTGAACTTGC
AGAGCTGTACAGGAAAAGATGGGGAATAGAGAATGGATACCAGGAAAGGAAAATAGACATAAGGGAAAAGACACACTCAAGCCATATGGCTATAAGGCAA
TTCCTGTACTTCTTTTCCATACTGGTATACAATATATGGGTCCTTATCAACCTTATAAGGAGAATATATGGTTTATCACATATCATACTCATGGACTTTT
TAATATCCATGGGGAATAGGAAATGGAAAACAATAATAAATAACAATGGATAAATAAATAATAATTGCAGGGAAATATCCCGGTAATTATTGTATCATTA
GCTTAAGCTATGGATATTGTATTTTTAATATTCTTATAATACTGTAAAATTCATAATTTTTGTATCTTATAAAGCAACATTGGTGTATAATTCTGGTTGA
ATAGAAAATAAAATTATGCTTTATATTCATAAATTAATGATATTCTGCATCACTATCATAGACATGCGGAGAGTCTG
GGAGGGAATAATTTTGAATTATGAACAACAAAACAATCCCTCCAAAATTAAATGCCAATAAGGTTAAAAAATTTTACTCTTCTCAGATGTACAATATTTT
CTCAAATAATATACATGTACAGTCAAGGTATAATTCAGGGGATATTGTAAATACAGTAAGGGATGCTATAGCACATAAAATGTATGTTGAAACATATGTA
AGGAATTACCATAGAATACATACACCATCAGGGGATACAGTGTTTAAAAGAATATATGAAGCTGCTGTTAACCATGGAATAGATCTATTAACAATGCTTA
TTGATAATACTGTTAAAATGGCTATGGAATTGAATGCATTCAATAGTTATGTAAATGTTGCAATAGATGAGCATGATGAGCCATATACTGGAAAAGACAA
CCCATATTTAATAGATGCACCATTCCATAGGTTCAGGGGCACAGACATGGCATACAGGTTTGCTACATTGGATTGTGTAGACAATAATAGATTTACTTTA
GCAGCTATGGTTAAGCATCCACTGGATGTAATTAATAATGCTAAGGAAGTTAGAATGGTTATAGAACATGCATTGTCACTGGGAATAAAGTAAATACAGT
ATTAATGGACAGGGGATACTTAGATTCCAGTGTAATGGATGCAGTGGACTCAATGAAATTGAAATATATTATACCTGCAAAGGACAATCATAAAGTTATA
AAATTCAAGAAAATGGATCTGAAATACTGCAAGGATGTATATGGAAATGAATTCCCATTTATGGTTTTAAGGGATAATATAGGATCATCAAAGAGAGTTA
ATGCCAATTTTGTCCATATAGTGTACTATTCCCATAAAAAGCATGATTTCTCATTCTATACCAATATTAATGTTAATGAAAACAATGTAATTGAACTTGC
AGAGCTGTACAGGAAAAGATGGGGAATAGAGAATGGATACCAGGAAAGGAAAATAGACATAAGGGAAAAGACACACTCAAGCCATATGGCTATAAGGCAA
TTCCTGTACTTCTTTTCCATACTGGTATACAATATATGGGTCCTTATCAACCTTATAAGGAGAATATATGGTTTATCACATATCATACTCATGGACTTTT
TAATATCCATGGGGAATAGGAAATGGAAAACAATAATAAATAACAATGGATAAATAAATAATAATTGCAGGGAAATATCCCGGTAATTATTGTATCATTA
GCTTAAGCTATGGATATTGTATTTTTAATATTCTTATAATACTGTAAAATTCATAATTTTTGTATCTTATAAAGCAACATTGGTGTATAATTCTGGTTGA
ATAGAAAATAAAATTATGCTTTATATTCATAAATTAATGATATTCTGCATCACTATCATAGACATGCGGAGAGTCTG
Recoding section
- Recoding by frameshift
- Frame -1
- Type translational
- Experimentally demonstrated No
Stimulators :
- Shine-Dalgarno sequence : No
- Secondary structure : No-structure
Recoding motif :
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 573 bp | 190 aa | 121 | 693 | + | No |
Description : First part of the transposase
ORF sequence :
MNNKTIPPKLNANKVKKFYSSQMYNIFSNNIHVQSRYNSGDIVNTVRDAIAHKMYVETYVRNYHRIHTPSGDTVFKRIYEAAVNHGIDLLTMLIDNTVKM
AMELNAFNSYVNVAIDEHDEPYTGKDNPYLIDAPFHRFRGTDMAYRFATLDCVDNNRFTLAAMVKHPLDVINNAKEVRMVIEHALSLGIK
AMELNAFNSYVNVAIDEHDEPYTGKDNPYLIDAPFHRFRGTDMAYRFATLDCVDNNRFTLAAMVKHPLDVINNAKEVRMVIEHALSLGIK
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 600 bp | 199 aa | 654 | 1253 | + | No |
Description : Second part of the transposase
ORF sequence :
NGYRTCIVTGNKVNTVLMDRGYLDSSVMDAVDSMKLKYIIPAKDNHKVIKFKKMDLKYCKDVYGNEFPFMVLRDNIGSSKRVNANFVHIVYYSHKKHDFS
FYTNINVNENNVIELAELYRKRWGIENGYQERKIDIREKTHSSHMAIRQFLYFFSILVYNIWVLINLIRRIYGLSHIILMDFLISMGNRKWKTIINNNG
FYTNINVNENNVIELAELYRKRWGIENGYQERKIDIREKTHSSHMAIRQFLYFFSILVYNIWVLINLIRRIYGLSHIILMDFLISMGNRKWKTIINNNG
Blast result :ORF 3
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1133 bp | 377 aa | 121 | 1253 | + | Yes |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNNKTIPPKLNANKVKKFYSSQMYNIFSNNIHVQSRYNSGDIVNTVRDAIAHKMYVETYVRNYHRIHTPSGDTVFKRIYEAAVNHGIDLLTMLIDNTVKM
AMELNAFNSYVNVAIDEHDEPYTGKDNPYLIDAPFHRFRGTDMAYRFATLDCVDNNRFTLAAMVKHPLDVINNAKEVRMVIEHALSLGIKVNTVLMDRGY
LDSSVMDAVDSMKLKYIIPAKDNHKVIKFKKMDLKYCKDVYGNEFPFMVLRDNIGSSKRVNANFVHIVYYSHKKHDFSFYTNINVNENNVIELAELYRKR
WGIENGYQERKIDIREKTHSSHMAIRQFLYFFSILVYNIWVLINLIRRIYGLSHIILMDFLISMGNRKWKTIINNNG
AMELNAFNSYVNVAIDEHDEPYTGKDNPYLIDAPFHRFRGTDMAYRFATLDCVDNNRFTLAAMVKHPLDVINNAKEVRMVIEHALSLGIKVNTVLMDRGY
LDSSVMDAVDSMKLKYIIPAKDNHKVIKFKKMDLKYCKDVYGNEFPFMVLRDNIGSSKRVNANFVHIVYYSHKKHDFSFYTNINVNENNVIELAELYRKR
WGIENGYQERKIDIREKTHSSHMAIRQFLYFFSILVYNIWVLINLIRRIYGLSHIILMDFLISMGNRKWKTIINNNG
Blast result :
Comments
ISFac1 is 48% aa similar to ISMma1.
The third ORF is the putative ORFAB transposase reconstructed in silico by possible -1 frameshift.
The third ORF is the putative ORFAB transposase reconstructed in silico by possible -1 frameshift.
References