ISPrre12

  • Family ISKra4
  • Group ISAzba1
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
KX832928 Y Providencia rettgeri
Providencia rettgeri
Providencia rettgeri plasmid p06-1619-NDM
DNA section
IS Length : 2776 bp

Ends


IR Length : 25

IRL : GAGAGCATAAAAATGTGTGGGGTATCCCTTTAATCAATTAATATGATCGT
IRR : GAGAGCATAAAAATGTGTGGGGTATTTACGCAGCCATTGTATCTAACTTA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ttggccctcaaacccCTTATACGTtaagtataaaaaagc9
acgatcccctgcttggcgggtctttggagt0
actttgatgatgttgCTCGGCTTTCGGGTG0
actttgatgatgttggcgggtctttggagt0

DNA sequence

GAGAGCATAAAAATGTGTGGGGTATCCCTTTAATCAATTAATATGATCGTTCTCGTATTGATTGTGACTAAGAGGAAAAATCATGTCTGTCTATAAGGTC
AAAGTGGCTATTCGAGATATTAGCCCGATGATTTGGCGACGTTTTCGTGTTCACAGTGACATGTCACTTGGCGCTTTCCATTTTCTCCTGCAATTTGCAT
TTGGTTGGGATAATGGTCACCTTCATTCCTTTCATATTCATGGCAAAGACTACGGTATTAGCTATGAAGGTGGATTGAGCTTTTATGATAATCCTTGGGC
AATTTCGCTTGCCTCATTTCAGTTTGAAAATCGCGATAAATTTACTTATGAATATAATTTTTACCGACATTGGTTATTAGATATCCGTATTGAAGCAATT
GAATCAAAAGGAAATAAAACCACGCCATTTTGTCTTGGTGGCGAAGGAATGCCCGATGCTACCGCATATGATGAAACCGAAGCCACGATTAAACTTTTAG
AAGCCATAGCAGAAAGTAATGACTACACGACCTGGGCAGATATTCAGGAGTTTATCGATGAATACAACCGAGTCAAATTTAACCGCCAACGCCTCAATCA
GTTATTAAAGCGTTATGATTTTGACACTCCGAACTATTCACAAGGCTTAGATTGGACTCTCTAAAGGTATACTTTTACGTAAATAGAGATCTCTGTCCTT
AAATTGTCTCTAAAGGTGGTATAAATTGGGGTTTAGAGAGTATTATGAAAACCTCTATAACCTTTATGGATTATTCTATGATTTATGCTTACATTCGTAT
CAGTTCTGCTGAGCAGAATTCCGCACGACAAGAAATTGCGATTCAAAATTCAGGTTATAAAGTCAAAACCGTTTTTACTGATATTGCCAGCGGCAAAGAT
ACGCATCGACCCAATTTACAACAATTATTAGCGTTACTCGTATCTGGAGATATGTTAATTGTTCATTCTATTGATCGTTTATGCCGTAATATGATGGATA
TGTGTTATTTAACGTTAGATCTGAAACAGCGAGGAGTTTCACTAATTTTTCTCAAAGAAAATATTTGCTTTTCAGCGAATGAAAACAATCCATTACAAGA
GCTTCAATTGCATATGATGTCCGCATTTAGTCAATTTGAACGAGCGCTAATTAGGGAACGCCAAGCGGAAGGAATTGCGGCTAAAAAACATCGAGGGGAA
CAAACGGGGCGCCCTCCTGCAGATAAGCGTAAGGTTGTCATGGTTGATGAATTAAAAGCGAAAGGCATTCGTCTTAAATTAGCCTGCGATAACGTTGGAA
TAGGTGTTTCAACTTACTATAAGTTAAGGAAAAAATAATCCATTAACTTTGGAGGTCGTATGATGAAGATCGTAGTGACAGTAAAGGTTATACACGATGA
TGGTTCCGCCTATCAAGAAACCTTATTGACGTTACAGAAAACCGCCGAACAAGGTGAACCTTTGGGGTTATCCCTTAACGAATCAAAGATATTACTCAAT
AGTACTCAATTAGCCATTATACAGGCCCAAAGCCAATCCTACATGCAAGCGCATCGAGAATGCCCACTCTGTCATCAACGTCGTCAAATAAAAGATCATC
AGACCCGCCATTATCATACTTTATTTGGCGTCATTCCGATTAAAGGGCTTCGGCTTTACCGCTGTCGCTGTGAGACAAATAATACAAAATCAGTGAGTTT
GCTCAGTGAATGGCTACCCGAAAATACCCATCCCGAACTAAAATATATTGAAGCTAAATGGGCGTCATTGATGTCTTATGATCTTACCGTCGATAGATTA
AAAGATATTTTACCGATCAATAACGCGCTAAATGCTTCCACAGTACGTAATCACTTAATCAGCGTCGCTAAACGGCAAGAAGCTGAGTTAGCCGAGCAAC
CCGATTTTCTCGATAAATTCGCTTATGACAATAAGCAGTTGCCTCGTCCAGGAAAACCGATGGTGATTGGGTTTGATGGTGGTTACGTCCGAGATTGCCA
TAACCGAAAAAACAATTTTGAAATCATTACAGGAAAAGCTTACGCTGAAAACCTTCAAGCAAAACGGTTTGGCTATGTTCACACATTTGAAAACAACCCA
AGAAAACGCTTGCTTTCTGTACTTAATGCTCAAGGAATGCAAACGAACCAACAGATATCATTTTTGTCGGATGGGGCTGATAATTTGAGAATGATGCAAA
TCGGTATTTATCCCGAGGCCGAGCATATTTTAGATTGGTTTCATATTAGTATGCGCCTAACAGTGCTTAACCAGTGTGCTAAAGGTCTTGGCTCACAATC
CTCAGGGATTGGTATAGAATTAAGAGATTTACTTGAAAAAACAAAATGGTACTTATGGCATGGTAATGTCGATGAGGCGTTAGATAAGCTAGATAGTTGT
TTATATATTTGTGATGAAGAAGAAGATAGCCAAGTTTATAAAAACAGTAAAAAAATGGTACGGTATTTAGGGGAAGTGATAACTTATATTGATAATAACC
AAGCTATGATCCCAAATTATGGGGAACGGTATCGCTATGGTGAACCCATTTCAACGGCATTTGTGGAATCAACAGTAAATGAAGTTATTGCAAAACGAAT
GGCAAAAAAACAGCAAATGCAGTGGAGCCAAGAAGGCGCACATTATCTTTTACAAACCCGAGTGGCCGTTTTAAATGATGAATTAGAGGGCATCTTTTAC
CGTTGGTATCCTAAACTAAGTAGCACTAAGTTAGATACAATGGCTGCGTAAATACCCCACACATTTTTATGCTCTC
Protein section
ORF number : 3

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
582 bp193 aa83664+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : TnpMDescription : Transcriptional Regulator factor

ORF sequence :

MSVYKVKVAIRDISPMIWRRFRVHSDMSLGAFHFLLQFAFGWDNGHLHSFHIHGKDYGISYEGGLSFYDNPWAISLASFQFENRDKFTYEYNFYRHWLLD
IRIEAIESKGNKTTPFCLGGEGMPDATAYDETEATIKLLEAIAESNDYTTWADIQEFIDEYNRVKFNRQRLNQLLKRYDFDTPNYSQGLDWTL

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
594 bp197 aa7451338+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : TnpR-ResolvaseDescription :

ORF sequence :

MKTSITFMDYSMIYAYIRISSAEQNSARQEIAIQNSGYKVKTVFTDIASGKDTHRPNLQQLLALLVSGDMLIVHSIDRLCRNMMDMCYLTLDLKQRGVSL
IFLKENICFSANENNPLQELQLHMMSAFSQFERALIRERQAEGIAAKKHRGEQTGRPPADKRKVVMVDELKAKGIRLKLACDNVGIGVSTYYKLRKK

 

Blast result :
ORF 3
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1392 bp463 aa13602751+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MMKIVVTVKVIHDDGSAYQETLLTLQKTAEQGEPLGLSLNESKILLNSTQLAIIQAQSQSYMQAHRECPLCHQRRQIKDHQTRHYHTLFGVIPIKGLRLY
RCRCETNNTKSVSLLSEWLPENTHPELKYIEAKWASLMSYDLTVDRLKDILPINNALNASTVRNHLISVAKRQEAELAEQPDFLDKFAYDNKQLPRPGKP
MVIGFDGGYVRDCHNRKNNFEIITGKAYAENLQAKRFGYVHTFENNPRKRLLSVLNAQGMQTNQQISFLSDGADNLRMMQIGIYPEAEHILDWFHISMRL
TVLNQCAKGLGSQSSGIGIELRDLLEKTKWYLWHGNVDEALDKLDSCLYICDEEEDSQVYKNSKKMVRYLGEVITYIDNNQAMIPNYGERYRYGEPISTA
FVESTVNEVIAKRMAKKQQMQWSQEGAHYLLQTRVAVLNDELEGIFYRWYPKLSSTKLDTMAA

 

Blast result :
Comments
ISPrre12 is 74% (transposase) aa similar to ISXne1.
References