ISPrre12
- Family ISKra4
- Group ISAzba1
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
KX832928 | Y | Providencia rettgeri | Providencia rettgeri Providencia rettgeri plasmid p06-1619-NDM |
DNA section
IS Length : 2776 bp
Ends
IR Length : 25
IRL : GAGAGCATAAAAATGTGTGGGGTATCCCTTTAATCAATTAATATGATCGT
IRR : GAGAGCATAAAAATGTGTGGGGTATTTACGCAGCCATTGTATCTAACTTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ttggccctcaaaccc | CTTATACGT | taagtataaaaaagc | 9 |
acgatcccctgcttg | gcgggtctttggagt | 0 | |
actttgatgatgttg | CTCGGCTTTCGGGTG | 0 | |
actttgatgatgttg | gcgggtctttggagt | 0 |
DNA sequence
GAGAGCATAAAAATGTGTGGGGTATCCCTTTAATCAATTAATATGATCGTTCTCGTATTGATTGTGACTAAGAGGAAAAATCATGTCTGTCTATAAGGTC
AAAGTGGCTATTCGAGATATTAGCCCGATGATTTGGCGACGTTTTCGTGTTCACAGTGACATGTCACTTGGCGCTTTCCATTTTCTCCTGCAATTTGCAT
TTGGTTGGGATAATGGTCACCTTCATTCCTTTCATATTCATGGCAAAGACTACGGTATTAGCTATGAAGGTGGATTGAGCTTTTATGATAATCCTTGGGC
AATTTCGCTTGCCTCATTTCAGTTTGAAAATCGCGATAAATTTACTTATGAATATAATTTTTACCGACATTGGTTATTAGATATCCGTATTGAAGCAATT
GAATCAAAAGGAAATAAAACCACGCCATTTTGTCTTGGTGGCGAAGGAATGCCCGATGCTACCGCATATGATGAAACCGAAGCCACGATTAAACTTTTAG
AAGCCATAGCAGAAAGTAATGACTACACGACCTGGGCAGATATTCAGGAGTTTATCGATGAATACAACCGAGTCAAATTTAACCGCCAACGCCTCAATCA
GTTATTAAAGCGTTATGATTTTGACACTCCGAACTATTCACAAGGCTTAGATTGGACTCTCTAAAGGTATACTTTTACGTAAATAGAGATCTCTGTCCTT
AAATTGTCTCTAAAGGTGGTATAAATTGGGGTTTAGAGAGTATTATGAAAACCTCTATAACCTTTATGGATTATTCTATGATTTATGCTTACATTCGTAT
CAGTTCTGCTGAGCAGAATTCCGCACGACAAGAAATTGCGATTCAAAATTCAGGTTATAAAGTCAAAACCGTTTTTACTGATATTGCCAGCGGCAAAGAT
ACGCATCGACCCAATTTACAACAATTATTAGCGTTACTCGTATCTGGAGATATGTTAATTGTTCATTCTATTGATCGTTTATGCCGTAATATGATGGATA
TGTGTTATTTAACGTTAGATCTGAAACAGCGAGGAGTTTCACTAATTTTTCTCAAAGAAAATATTTGCTTTTCAGCGAATGAAAACAATCCATTACAAGA
GCTTCAATTGCATATGATGTCCGCATTTAGTCAATTTGAACGAGCGCTAATTAGGGAACGCCAAGCGGAAGGAATTGCGGCTAAAAAACATCGAGGGGAA
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TAGGTGTTTCAACTTACTATAAGTTAAGGAAAAAATAATCCATTAACTTTGGAGGTCGTATGATGAAGATCGTAGTGACAGTAAAGGTTATACACGATGA
TGGTTCCGCCTATCAAGAAACCTTATTGACGTTACAGAAAACCGCCGAACAAGGTGAACCTTTGGGGTTATCCCTTAACGAATCAAAGATATTACTCAAT
AGTACTCAATTAGCCATTATACAGGCCCAAAGCCAATCCTACATGCAAGCGCATCGAGAATGCCCACTCTGTCATCAACGTCGTCAAATAAAAGATCATC
AGACCCGCCATTATCATACTTTATTTGGCGTCATTCCGATTAAAGGGCTTCGGCTTTACCGCTGTCGCTGTGAGACAAATAATACAAAATCAGTGAGTTT
GCTCAGTGAATGGCTACCCGAAAATACCCATCCCGAACTAAAATATATTGAAGCTAAATGGGCGTCATTGATGTCTTATGATCTTACCGTCGATAGATTA
AAAGATATTTTACCGATCAATAACGCGCTAAATGCTTCCACAGTACGTAATCACTTAATCAGCGTCGCTAAACGGCAAGAAGCTGAGTTAGCCGAGCAAC
CCGATTTTCTCGATAAATTCGCTTATGACAATAAGCAGTTGCCTCGTCCAGGAAAACCGATGGTGATTGGGTTTGATGGTGGTTACGTCCGAGATTGCCA
TAACCGAAAAAACAATTTTGAAATCATTACAGGAAAAGCTTACGCTGAAAACCTTCAAGCAAAACGGTTTGGCTATGTTCACACATTTGAAAACAACCCA
AGAAAACGCTTGCTTTCTGTACTTAATGCTCAAGGAATGCAAACGAACCAACAGATATCATTTTTGTCGGATGGGGCTGATAATTTGAGAATGATGCAAA
TCGGTATTTATCCCGAGGCCGAGCATATTTTAGATTGGTTTCATATTAGTATGCGCCTAACAGTGCTTAACCAGTGTGCTAAAGGTCTTGGCTCACAATC
CTCAGGGATTGGTATAGAATTAAGAGATTTACTTGAAAAAACAAAATGGTACTTATGGCATGGTAATGTCGATGAGGCGTTAGATAAGCTAGATAGTTGT
TTATATATTTGTGATGAAGAAGAAGATAGCCAAGTTTATAAAAACAGTAAAAAAATGGTACGGTATTTAGGGGAAGTGATAACTTATATTGATAATAACC
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GGCAAAAAAACAGCAAATGCAGTGGAGCCAAGAAGGCGCACATTATCTTTTACAAACCCGAGTGGCCGTTTTAAATGATGAATTAGAGGGCATCTTTTAC
CGTTGGTATCCTAAACTAAGTAGCACTAAGTTAGATACAATGGCTGCGTAAATACCCCACACATTTTTATGCTCTC
AAAGTGGCTATTCGAGATATTAGCCCGATGATTTGGCGACGTTTTCGTGTTCACAGTGACATGTCACTTGGCGCTTTCCATTTTCTCCTGCAATTTGCAT
TTGGTTGGGATAATGGTCACCTTCATTCCTTTCATATTCATGGCAAAGACTACGGTATTAGCTATGAAGGTGGATTGAGCTTTTATGATAATCCTTGGGC
AATTTCGCTTGCCTCATTTCAGTTTGAAAATCGCGATAAATTTACTTATGAATATAATTTTTACCGACATTGGTTATTAGATATCCGTATTGAAGCAATT
GAATCAAAAGGAAATAAAACCACGCCATTTTGTCTTGGTGGCGAAGGAATGCCCGATGCTACCGCATATGATGAAACCGAAGCCACGATTAAACTTTTAG
AAGCCATAGCAGAAAGTAATGACTACACGACCTGGGCAGATATTCAGGAGTTTATCGATGAATACAACCGAGTCAAATTTAACCGCCAACGCCTCAATCA
GTTATTAAAGCGTTATGATTTTGACACTCCGAACTATTCACAAGGCTTAGATTGGACTCTCTAAAGGTATACTTTTACGTAAATAGAGATCTCTGTCCTT
AAATTGTCTCTAAAGGTGGTATAAATTGGGGTTTAGAGAGTATTATGAAAACCTCTATAACCTTTATGGATTATTCTATGATTTATGCTTACATTCGTAT
CAGTTCTGCTGAGCAGAATTCCGCACGACAAGAAATTGCGATTCAAAATTCAGGTTATAAAGTCAAAACCGTTTTTACTGATATTGCCAGCGGCAAAGAT
ACGCATCGACCCAATTTACAACAATTATTAGCGTTACTCGTATCTGGAGATATGTTAATTGTTCATTCTATTGATCGTTTATGCCGTAATATGATGGATA
TGTGTTATTTAACGTTAGATCTGAAACAGCGAGGAGTTTCACTAATTTTTCTCAAAGAAAATATTTGCTTTTCAGCGAATGAAAACAATCCATTACAAGA
GCTTCAATTGCATATGATGTCCGCATTTAGTCAATTTGAACGAGCGCTAATTAGGGAACGCCAAGCGGAAGGAATTGCGGCTAAAAAACATCGAGGGGAA
CAAACGGGGCGCCCTCCTGCAGATAAGCGTAAGGTTGTCATGGTTGATGAATTAAAAGCGAAAGGCATTCGTCTTAAATTAGCCTGCGATAACGTTGGAA
TAGGTGTTTCAACTTACTATAAGTTAAGGAAAAAATAATCCATTAACTTTGGAGGTCGTATGATGAAGATCGTAGTGACAGTAAAGGTTATACACGATGA
TGGTTCCGCCTATCAAGAAACCTTATTGACGTTACAGAAAACCGCCGAACAAGGTGAACCTTTGGGGTTATCCCTTAACGAATCAAAGATATTACTCAAT
AGTACTCAATTAGCCATTATACAGGCCCAAAGCCAATCCTACATGCAAGCGCATCGAGAATGCCCACTCTGTCATCAACGTCGTCAAATAAAAGATCATC
AGACCCGCCATTATCATACTTTATTTGGCGTCATTCCGATTAAAGGGCTTCGGCTTTACCGCTGTCGCTGTGAGACAAATAATACAAAATCAGTGAGTTT
GCTCAGTGAATGGCTACCCGAAAATACCCATCCCGAACTAAAATATATTGAAGCTAAATGGGCGTCATTGATGTCTTATGATCTTACCGTCGATAGATTA
AAAGATATTTTACCGATCAATAACGCGCTAAATGCTTCCACAGTACGTAATCACTTAATCAGCGTCGCTAAACGGCAAGAAGCTGAGTTAGCCGAGCAAC
CCGATTTTCTCGATAAATTCGCTTATGACAATAAGCAGTTGCCTCGTCCAGGAAAACCGATGGTGATTGGGTTTGATGGTGGTTACGTCCGAGATTGCCA
TAACCGAAAAAACAATTTTGAAATCATTACAGGAAAAGCTTACGCTGAAAACCTTCAAGCAAAACGGTTTGGCTATGTTCACACATTTGAAAACAACCCA
AGAAAACGCTTGCTTTCTGTACTTAATGCTCAAGGAATGCAAACGAACCAACAGATATCATTTTTGTCGGATGGGGCTGATAATTTGAGAATGATGCAAA
TCGGTATTTATCCCGAGGCCGAGCATATTTTAGATTGGTTTCATATTAGTATGCGCCTAACAGTGCTTAACCAGTGTGCTAAAGGTCTTGGCTCACAATC
CTCAGGGATTGGTATAGAATTAAGAGATTTACTTGAAAAAACAAAATGGTACTTATGGCATGGTAATGTCGATGAGGCGTTAGATAAGCTAGATAGTTGT
TTATATATTTGTGATGAAGAAGAAGATAGCCAAGTTTATAAAAACAGTAAAAAAATGGTACGGTATTTAGGGGAAGTGATAACTTATATTGATAATAACC
AAGCTATGATCCCAAATTATGGGGAACGGTATCGCTATGGTGAACCCATTTCAACGGCATTTGTGGAATCAACAGTAAATGAAGTTATTGCAAAACGAAT
GGCAAAAAAACAGCAAATGCAGTGGAGCCAAGAAGGCGCACATTATCTTTTACAAACCCGAGTGGCCGTTTTAAATGATGAATTAGAGGGCATCTTTTAC
CGTTGGTATCCTAAACTAAGTAGCACTAAGTTAGATACAATGGCTGCGTAAATACCCCACACATTTTTATGCTCTC
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
582 bp | 193 aa | 83 | 664 | + | No |
Annotation : TnpMDescription : Transcriptional Regulator factor
ORF sequence :
MSVYKVKVAIRDISPMIWRRFRVHSDMSLGAFHFLLQFAFGWDNGHLHSFHIHGKDYGISYEGGLSFYDNPWAISLASFQFENRDKFTYEYNFYRHWLLD
IRIEAIESKGNKTTPFCLGGEGMPDATAYDETEATIKLLEAIAESNDYTTWADIQEFIDEYNRVKFNRQRLNQLLKRYDFDTPNYSQGLDWTL
IRIEAIESKGNKTTPFCLGGEGMPDATAYDETEATIKLLEAIAESNDYTTWADIQEFIDEYNRVKFNRQRLNQLLKRYDFDTPNYSQGLDWTL
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
594 bp | 197 aa | 745 | 1338 | + | No |
Annotation : TnpR-ResolvaseDescription :
ORF sequence :
MKTSITFMDYSMIYAYIRISSAEQNSARQEIAIQNSGYKVKTVFTDIASGKDTHRPNLQQLLALLVSGDMLIVHSIDRLCRNMMDMCYLTLDLKQRGVSL
IFLKENICFSANENNPLQELQLHMMSAFSQFERALIRERQAEGIAAKKHRGEQTGRPPADKRKVVMVDELKAKGIRLKLACDNVGIGVSTYYKLRKK
IFLKENICFSANENNPLQELQLHMMSAFSQFERALIRERQAEGIAAKKHRGEQTGRPPADKRKVVMVDELKAKGIRLKLACDNVGIGVSTYYKLRKK
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1392 bp | 463 aa | 1360 | 2751 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MMKIVVTVKVIHDDGSAYQETLLTLQKTAEQGEPLGLSLNESKILLNSTQLAIIQAQSQSYMQAHRECPLCHQRRQIKDHQTRHYHTLFGVIPIKGLRLY
RCRCETNNTKSVSLLSEWLPENTHPELKYIEAKWASLMSYDLTVDRLKDILPINNALNASTVRNHLISVAKRQEAELAEQPDFLDKFAYDNKQLPRPGKP
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RCRCETNNTKSVSLLSEWLPENTHPELKYIEAKWASLMSYDLTVDRLKDILPINNALNASTVRNHLISVAKRQEAELAEQPDFLDKFAYDNKQLPRPGKP
MVIGFDGGYVRDCHNRKNNFEIITGKAYAENLQAKRFGYVHTFENNPRKRLLSVLNAQGMQTNQQISFLSDGADNLRMMQIGIYPEAEHILDWFHISMRL
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FVESTVNEVIAKRMAKKQQMQWSQEGAHYLLQTRVAVLNDELEGIFYRWYPKLSSTKLDTMAA
Blast result :
Comments
ISPrre12 is 74% (transposase) aa similar to ISXne1.
References