ISAlw20
- Family IS982
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| ND | Acinetobacter lwoffii | Acinetobacter lwoffii Acinetobacter lwoffii M2a Acinetobacter lwoffii ZS207 Acinetobacter sp. ACNIH1 Acinetobacter sp. TTH0-4 |
DNA section
IS Length : 979 bp
Ends
IR Length : 12
IRL : ACCTGAGTTCGACATAAAAAATAAATAAAAAAAAGCCTTAGCATCTGTAA
IRR : ACCTGAGTTCGATGAAATATTTTAGCTTTTTAGCAAGTTTTGGAAAGTTG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| ctaatttgaagtcagcgttc | aaatta | tttttattaaaggtttatgg | 6 |
| gttttgatccagccggaaaa | taattt | ttctcgatcaaatcaaaaat | 6 |
| cttattttttagtatcgtac | tactta | atatttccccactaatacct | 6 |
| aattaaaaaacaggataaaa | taatga | ttttatttaactttaagtat | 6 |
| aggtgtgtagtacattattc | tatata | gtagaaaaaagaaaattcat | 6 |
| ttcggcgtggttttttttat | tattttta | tatattccggacaatatata | 8 |
| ttaagctattaaggtaaaagtaatta | tatagatagtaaattccttaacaaaa | 0 | |
| TAGCTTCAAAGAATTATTGC | TATTTA | TATAGAAAATCGAGATGAGT | 6 |
| GTTTCATTAATTTTTCAATC | TAAATA | ATATAGTTATTGGATCTAGC | 6 |
| CTATATAAAAACAGTAATAA | TAAGAA | GTATGTAATTTGACCATTAA | 6 |
| AGACCCAACAGGCAAGAAAA | TAAATA | AAAGGCCAATCGGGTTATGT | 6 |
| AGGTTATGATTTGATAGAAA | TAATTA | TTAAAAAGAGTGGTCATGAA | 6 |
| TGCAAAAGCGAACAAAGATA | TACTTA | ATACAGTGAGTCCAATGAGC | 6 |
| TCAAAAAGAATGAAATAGTC | TAAACTA | GCCTTTTTGCACCAAATAAT | 7 |
| ACTTGGCTGAATGGGCTTTT | TATGGATA | AATTATTTTTGCAAAAAGGC | 8 |
| ATTGATCTTGTTTTTATATT | TATTAA | AATATCTTAGACCTCGTGAT | 6 |
| TCAGAGTCTGGATGATGTTT | TAAATA | CTATTGAACAAACCAATTCG | 0 |
DNA sequence
ACCTGAGTTCGACATAAAAAATAAATAAAAAAAAGCCTTAGCATCTGTAATATCTTGGTTACGAAGACAAAACATTTCAGAGCAAGGCTTTTTCATGGAC
TATATTACCGAATTATTTTGTATCTTGGATGATTTCTGCAAAAAGTTTAATGAATCTTTAGAGAAAGCTCTAATTTCTGATCAAAAAACAACAATGAAAA
AGTCAGCTTTAAGCTTGTCTGAAGTCATGACCATTGTCATTTTATTTCATAAATCCGGGTTTAGATTTTTCAAATATTTTTATTGTCATATGATCATCCC
ATTTTGGAAATCAGCTTTTCCCAAGCTTCTTAGTTACAATCGTTTTATTGAAATTATGCCGCGTTGTTTGCAAGCTTTGAGTAGTTTCTTCCATCAAGTT
AAAGGAGAAGATACCGGAATTTGTATTATTGATTCGACTAAATTGGTCGTTTGCCATAATCTTAGAATTAAAAGACATCGTGTATTTAAAGGCTTAGCTG
GTCGTGGTAAAAGTAGCACAGGTTGGTTTTATGGATTTAAAGTCCATATTGTTATCAACAACTTGGGTGAAATTATTAATCTCAAGATTACATCGGGAAG
TGTTCATGATGTTGCTGTACTTGAATCTTTAACCCAAGAGTTAAAAGGTATTTTACTGGGCGATAAAGGCTATCTGAGTAAAGCAAAAACTGAAGCTTTA
GCAGCAAGGGGGCTCAGACTATTAACCCCGTCACGCAAGAATATGAAAAATAAACCCATCCAAACTGAAGAAGAAAAACAATTGCTTTGCAGAAGAGGAT
TGATCGAAACAGTGAATGATCAGTTAAAAAACTTACATCAAATTGACCATTCACGTCATCGTTCGGTGAATAACTTTATGGTGAATATTATGGCTGCTAT
AGTGGCTTATTGCTTAAATCCAAATAAGCCAACTTTCCAAAACTTGCTAAAAAGCTAAAATATTTCATCGAACTCAGGT
TATATTACCGAATTATTTTGTATCTTGGATGATTTCTGCAAAAAGTTTAATGAATCTTTAGAGAAAGCTCTAATTTCTGATCAAAAAACAACAATGAAAA
AGTCAGCTTTAAGCTTGTCTGAAGTCATGACCATTGTCATTTTATTTCATAAATCCGGGTTTAGATTTTTCAAATATTTTTATTGTCATATGATCATCCC
ATTTTGGAAATCAGCTTTTCCCAAGCTTCTTAGTTACAATCGTTTTATTGAAATTATGCCGCGTTGTTTGCAAGCTTTGAGTAGTTTCTTCCATCAAGTT
AAAGGAGAAGATACCGGAATTTGTATTATTGATTCGACTAAATTGGTCGTTTGCCATAATCTTAGAATTAAAAGACATCGTGTATTTAAAGGCTTAGCTG
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AGTGGCTTATTGCTTAAATCCAAATAAGCCAACTTTCCAAAACTTGCTAAAAAGCTAAAATATTTCATCGAACTCAGGT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 864 bp | 287 aa | 95 | 958 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MDYITELFCILDDFCKKFNESLEKALISDQKTTMKKSALSLSEVMTIVILFHKSGFRFFKYFYCHMIIPFWKSAFPKLLSYNRFIEIMPRCLQALSSFFH
QVKGEDTGICIIDSTKLVVCHNLRIKRHRVFKGLAGRGKSSTGWFYGFKVHIVINNLGEIINLKITSGSVHDVAVLESLTQELKGILLGDKGYLSKAKTE
ALAARGLRLLTPSRKNMKNKPIQTEEEKQLLCRRGLIETVNDQLKNLHQIDHSRHRSVNNFMVNIMAAIVAYCLNPNKPTFQNLLKS
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Blast result :
Comments
ISAlw20 is 70% aa similar to ISNeu1.
References