ISMaca1
- Family IS21
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| MK422159 | ND | Macrococcus canis | Macrococcus canis Macrococcus canis KM0218 |
DNA section
IS Length : 2665 bp
Ends
IR Length : 25/33
IRL : TGTTAAATAATGAATTGCATACGATACGACACCTCTATGGAACCATAAAA
IRR : TGCATACGACGGCTTTATAGAACCATAAAAACGCGATTTACGGTACCATG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TTTTTTATTTTAATA | TTGATG | ACTAAAAATTAAACTC | 6 |
DNA sequence
TGTTAAATAATGAATTGCATACGATACGACACCTCTATGGAACCATAAAAAAGAAAACTACATAGATTAGTTTTCTTTTTTATTTTAATATTGATGTGAA
AACGACGCTCTAACAGTACCATAAAAACGGTGTAAACGAGACCACCCAAATCGCATTTCTCAATCGCATCAAAAACGCTAATTTGATACCACTTTCGTAA
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TTATTGCCAAAATGCGTAACTATCAGTGCTTTAGTATTGAACAATATAATGAACTGCTGATGTTAGAACTAGAAAAATTTAATAAAAAACCGTTCCAGAA
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GAAAAACGCGATTTACATGGTACCGTAAATCGCGTTTTTATGGTTCTATAAAGCCGTCGTATGCA
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AGCAACTATCTACAAACAACTATATACTTTCCAACAATAATGTCATTATTCAAGGTGCCACCGGCACTGGTAAAAGTTATATTGCCTGCGCTTTAATAAA
TCATGCGATTGATAATGGATATACTGGACTATTCTTTAGAATGACAGATTTATTAAGTAAGTTGCAACAAGCTGATTATAATAATAACTTAGACAGACTA
TTAAAGAAGATTAGCAGAACAGATATTTTAGTGATTGATGATTTTTTATTAACGAATACAACTGAACAAGAACAAAAGTATCTCATGGAGGTATTCGAAA
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TCGTGCTGTATCAAAATCATATAAAATATTTTTAGAAGGAGAATCGTTGAGAAAAATTAAATAAAATCACTGGTACCAATCGTCCGATTTGTATGGTACT
GAAAAACGCGATTTACATGGTACCGTAAATCGCGTTTTTATGGTTCTATAAAGCCGTCGTATGCA
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1536 bp | 511 aa | 296 | 1831 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPNYLEIIRLHELSFSQRKICESVGSGRTLVKRTIDTAEQNQLSYQTLRDWDADRISEIFDVRKNQSKRIVRDEAFTMPDYKELSKSLSQPGVTMKLLWE
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VNSSTHGEWNSKRYIKWASRIGPNTRIVVEKMFEDGPEQRHYKRVHSLLKLADKYSDRTLDNACLISLEKSMNPGVNLIKNILSSGAFQLDSNIGNAPEQ
SFLRGANYYDK
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VNSSTHGEWNSKRYIKWASRIGPNTRIVVEKMFEDGPEQRHYKRVHSLLKLADKYSDRTLDNACLISLEKSMNPGVNLIKNILSSGAFQLDSNIGNAPEQ
SFLRGANYYDK
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 744 bp | 247 aa | 1821 | 2564 | + | No |
AG : IS21 helper
ORF sequence :
MINNNERLSNLTRLLREMKMSVMADHLSDIYTNQSNQNLSTLDILEKIITEESDTRSRNKKERYRKAANLSVINARLENLIYSSKRKLKPETIEQLSTNN
YILSNNNVIIQGATGTGKSYIACALINHAIDNGYTGLFFRMTDLLSKLQQADYNNNLDRLLKKISRTDILVIDDFLLTNTTEQEQKYLMEVFEIRSREKS
LILCSQMTSVEWHKKLGGGAIADAILDRAVSKSYKIFLEGESLRKIK
YILSNNNVIIQGATGTGKSYIACALINHAIDNGYTGLFFRMTDLLSKLQQADYNNNLDRLLKKISRTDILVIDDFLLTNTTEQEQKYLMEVFEIRSREKS
LILCSQMTSVEWHKKLGGGAIADAILDRAVSKSYKIFLEGESLRKIK
Blast result :
Comments
ISMaca1 is 55% aa similar to ISAar33.
References
1] Sybille Schwendener (20149) Direct submission.