ISTeha5
- Family IS4
- Group IS4Sa
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
LC430897 | Y | Tetragenococcus halophilus | Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 Tetragenococcus halophilus Tetragenococcus halophilus KUD23 Tetragenococcus halophilus MJ4 |
DNA section
IS Length : 1385 bp
Ends
IR Length : 15/17
IRL : CACTAGTGGTGCATGAAACATTTTAAATTAGCTCTTTATGTTTCACACTA
IRR : CACTAGTGGTGCATTAATATGATCAGAATATTCAGATTTTAACTTTTTTC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AACATTAATT | GGCTTACTC | ATAACTTAAG | 9 |
GTAAATTAAACAGATATTAT | ATTTTTAATATATTTTTCTT | 0 |
DNA sequence
CACTAGTGGTGCATGAAACATTTTAAATTAGCTCTTTATGTTTCACACTATTTTCATTCATAAAAAAATCCTTTATACTGAGCTTGGATGACTTATCCAA
GACCAATACAAAGGAACTTAATATGGATAAGTATAAAACAATTTCAGCTTTTAATAAATGGTTTTCGAACATAAATTTCAAAAAATTACCTTTTTCTATT
CGTGAGAAAATTTCTCAAGCCGACAAGTATCATAAAAAATTTGCTTTTGAACACTTTTTGAAGGTGTTTCTCTATGGCATCGATCATGAGTGTGAAAGTT
TACGTGAAATGGATACGGCATTTGTTTCCCCTGATCTACAACAGACCATGGCGTTAGATGCCATCAGCCATTCGCAGCTTTCCCGTGAGCTCGCCCAGAT
GGATGACGAAATTTTGTGGGCGATTTTCGCACAGTTACTGGAAAAAGCACGGTCAAAAACACCGGTGACTAAACGAAATGCGCTCTATCTCGTGGATTCT
TCTACCTTTCCGTTAAATACCACTCGATATCCTTGGGCGGACTTTCGCTCAACCAAAGCGGGGATCAAGCTTCACTTAAAACTTTGTTTTATGGATAAAG
AACACTTGTATCCGGATCAGTTTGAAGTCACGAATGCGGTTGAACATGATGACAATCACTTAGAAGTTTTTGTCAATCAACCGGAAGCGACCTATATCTT
TGACCGTGGTTATATTGATTACGAGCGACTGGATGAAATGGAAGCCGATGGCTATTTTTTCGTCACAAGAGTGAAGAAAAACACCAAAATCCATGTCAGA
GAAACTTATGATACTTCTCAGAGTAAAAACATTTTGCGTGACCAAATGGTGGTGTTAGGTACGCAGGTTTATTTAACCTCCCCGTTTCGCTTAGTGACGA
TTCAGGATGAAAAGGGAAAACAATTACGTTTTGTCACTAACCGTTTTGATGTGACCGCCCAAGAAGTGGCCGACATGTACAAAGCTCGTTGGCAAATTGA
ACTATTTTTTAAGCACATCAAGCAACATATGACGATAAAAAAGCTATTTTCCCACAGTGAAAAAGGGGTAAGCAATCAAATCATTCTCGCCATGATTGCC
AGTCTACTGACGTATTTACTCAAAGTGGAGACAGGAAGTAAGAAATCTCCTTTTCAAATCAAGCGTCTATTGAAACACTTGCTTTTTCAACCTTTTGAAG
AATTATGGGTGTTGCTCGTTCCTACGTGACGAAATAGCATTTGTCGTTGTTGCAATAGTATTCAGATAAATAATGAAAATTTTTTTCTGGAAAAGTCATC
CTTGCGCAAGCATTTGATTTTTTTGTCATTTTTTAGAAAAAAGTTAAAATCTGAATATTCTGATCATATTAATGCACCACTAGTG
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CTTGCGCAAGCATTTGATTTTTTTGTCATTTTTTAGAAAAAAGTTAAAATCTGAATATTCTGATCATATTAATGCACCACTAGTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1107 bp | 368 aa | 123 | 1229 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MDKYKTISAFNKWFSNINFKKLPFSIREKISQADKYHKKFAFEHFLKVFLYGIDHECESLREMDTAFVSPDLQQTMALDAISHSQLSRELAQMDDEILWA
IFAQLLEKARSKTPVTKRNALYLVDSSTFPLNTTRYPWADFRSTKAGIKLHLKLCFMDKEHLYPDQFEVTNAVEHDDNHLEVFVNQPEATYIFDRGYIDY
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QHMTIKKLFSHSEKGVSNQIILAMIASLLTYLLKVETGSKKSPFQIKRLLKHLLFQPFEELWVLLVPT
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Blast result :
Comments
ISTeha5 is 64% aa similar to IS641.
References
1] Takura Wakinaka (2018) Direct submission.
2] Wakinaka, T., & Watanabe, J. (2019) Appl. Environ. Microbiol 2;85(10)
2] Wakinaka, T., & Watanabe, J. (2019) Appl. Environ. Microbiol 2;85(10)