ISHahy15
- Family IS1182
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP002304 | ND | Halanaerobium hydrogeniformans | Halanaerobium hydrogeniformans |
DNA section
IS Length : 1920 bp
Ends
IR Length : 30/33
IRL : GGTTTGCCCCCAAAAAGCCTAAATAAATTTCATCAATAACCAAATAATAA
IRR : GGTTTGCCCCCAAAAAGACTAAATAAATATCCTTAGAAATAAAATTATCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AAATTGATAATTGC | ATAATATAGAATTA | 0 | |
TTCATTAAAGATAA | ACTATTTGAGCAAT | 0 |
DNA sequence
GGTTTGCCCCCAAAAAGCCTAAATAAATTTCATCAATAACCAAATAATAACAATTAATTTTTCTTTTATCATCCTAAAATTAATTAGATTAATCCGCCAT
AATCCTTTATATGACAGGCTTTCTTTGATATAATTAACTTAATAAATCATAGAAAGGATGATAGAATGTTTGTTCCCAACAGTCACCAGCAGTTAAGTCT
TTACGACTCATTTAAGGATTTACCTAAATATCTACAGGAATATCTTTTAAATTCCTGGGCCGATACTTTTCAGGAAATTATCTTCCCTGCAATTGATGAA
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GGAAGTTTTTGACGACGATAATTCTGTAATTACAACCTATGATTTTAAGCCTAACATATATTCTGATCAGGACTTTAGTGCTGATACTTTAGAAAAGCTG
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TGTTTTAAGCTGTGCCAATGATGTAGAACCTGATTATCAGGAGAAAGACCCTGATAAGAATTCATTCTATGCCATCTTTGATAAAGAAAAGTGTGCTGGC
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AGTCTTTTTGGGGGCAAACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1545 bp | 514 aa | 166 | 1710 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MFVPNSHQQLSLYDSFKDLPKYLQEYLLNSWADTFQEIIFPAIDEERFAVLYSDKGSRPNTPVNIIISSLVIKELFDLTDERLVANIHLSMEYQYALRLT
SEERPPVSKNTFSNFRERVTDYYKETGIDLIQQEVESLAELITDNLEIEGDRARIDSFMVSSSARELSRIELVYTVNANFIKMLSQSFEDLIPEGLEVYL
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FRRKYDVDDMPVRG
Blast result :
Comments
ISHahy15 is 39% aa similar to ISAcfe2.
References
1] Bassett K. (2018) Direct Submission.
2] Brown S.D., Begemann M.B., Mormile M.R., Wall J.D., Han C.S., Goodwin L.A., Pitluck S., Land M.L., Hauser L.J. and Elias D.A. (2011) J. Bacteriol. 193, 3682-3683
2] Brown S.D., Begemann M.B., Mormile M.R., Wall J.D., Han C.S., Goodwin L.A., Pitluck S., Land M.L., Hauser L.J. and Elias D.A. (2011) J. Bacteriol. 193, 3682-3683