ISMbov8

  • Family IS1634
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP002058 ND Mycoplasma bovis
Mycoplasma bovis HB0801
DNA section
IS Length : 2195 bp

Ends


IR Length : 16/24

IRL : CAACTCATGTGTTTTTGAACTATTTCTCATAATCAAATATGAGCAATGAT
IRR : CATTTCATTAGTGTTTTTAAACTACATCATCTACATTCTAAATTCAAAAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ATTAACCAAAATATTTTGAAACATAAACAGATGTA0

DNA sequence

CAACTCATGTGTTTTTGAACTATTTCTCATAATCAAATATGAGCAATGATGTATAATTTTTTTTAGTAAAAATAATACATTGTATAGTTACATGGAGATT
ATATGAAGGAAGCAAGTGACATTAAAAAGGTAGAAAGACCAAAAAGCACAGTTGTGCGCAATTATTTTGGTACATACAAAGTTATAAGAAGAACTAGTAA
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TAAACTTCCAGTTAAGCTTTATTCTAAGAATCAAAAGAATATCGTTTATGCCTTAAGTTATCTAATTATTGAAAACAAAAACTCATTCAATGTTAAATTA
AACAATATTAATGAATATTCATTAACAAAGCAAAAAGCACCACAAGTTAACTTGCGGCGCTTTTTCCTACGTTTCCCAGTTTAAGCATAAAACAAGAAAA
CATAATTATGTAAATTTTTGATTTCATAAGTTATGTTTTTTTATAATGTAATGTCTAAGTGACTTTTTCTTTTGTTAAAAGTTCTAATAATATTTGATAA
GTTTGCCAACTTTCTTGTAACTCGTCGTTATAAACTTGTATAGTTTCGATTTTTTGTTTATTTACAAATACTTCAATTTCTTTAACTTCTTTGATAACAT
TAATCACTTTATGCTCGGTGATTTTACTTTTTCCAGTCAGTCCTAATTTTGAATTTAGAATGTAGATGATGTAGTTTAAAAACACTAATGAAATG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1437 bp478 aa1031539+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MKEASDIKKVERPKSTVVRNYFGTYKVIRRTSKRVGNKIIPVDVEIVGEIKNNKFVEYLHPIPVGQKKKAKQNIIDIKDYGNIALFINNSNDLLASLNDV
FDKKAAETLYSMAILRCIYPKVSNNVLNHYFMTSYLSEIFKNVDLSIDSINDLFYTLANNYQQIETFMDKRIKKYKYPNDTFLVRLRRYQKPFAYLKDYY
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Blast result :
Comments
ISMbov8 is 54% aa similar to ISMbov5.
References
1] ISfinder submission (2018)
2] Qi,J., Guo,A., Cui,P., Chen,Y., Mustafa,R., Ba,X., Hu,C., Bai,Z., Chen,X., Shi,L. and Chen,H. (2012) PLoS ONE 7 (5), E38239.