ISHco1

  • Family ISNCY
  • Group ISFsi2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
FNHK01000048 ND Halanaerobium congolense
Halanaerobium congolense WG9
DNA section
IS Length : 1494 bp

Ends


IR Length : 33/35

IRL : AAGGAGTTTCCCCATTTTTTAAAATAGCAAAAACTCAAAGTTATCAACAG
IRR : AAGACTTTCCCCATTTTTTAAAATAGCAAAAACTGTCCTTACTGTCACAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CCAACTGTCAAACTATCCAGTATTTCTTCGGTAGTT10

DNA sequence

AAGGAGTTTCCCCATTTTTTAAAATAGCAAAAACTCAAAGTTATCAACAGGCAAAATTGTGGATAATTAACTCTTAGAAACTATTAAAATAGATTATCCA
CAGATTACGTAAAAAAGGTGAAACAAGCTCCTGTTTTTGGTATAATTAGTTCACACACAAAAAACACCAAAAAGGAGTTGTTTCACCGTGAATAATTATA
CCAGATTTATCTATGAAATGAAACGAAAAGTAAGTAATTTTTCTAAAAATATTTCGAATAAATTGTCAAAACCAAAATCTAAATTCATTGCTCAGATGAT
TTATGGCTTTTTAAAGTCTCAATCAGTTCTTTTAAGTGAGATTTCTCGTGCTTTAAAGGAAAATATTCTGCTTAAAAAAACTATTGAAAGATTATCCAGA
AATCTTGAAAATTTTGATGATCAAAAAGAATTAATAGAGGAATATATAAGAAAAATAAAACCTCATATTAATGAGAATACTGTTTTTTGCTGTGATAAAT
CAGATTTAGTTAAACCCCACAGCTATGAATTAGAATTACTTGATAGGGTTAGAGATGGCAGCACTGGTGAAACTGAAAAAGGTTATGATACTTTTGAAAT
TGCTGCTTTAACTGAAAACAAAGAACTACCTATTGAAATATATTCTCGTATCTATTCAAGTCTGGAAAAAGGCTTTAAAAGCCAGAATATTGAAGCTTTA
AATGGACTGGATTTTGTAGAAAAACATTTTGGTAAAAAGGGCATCTATGCCCTTGATAGAGGCTATGATGCTAATAGATACTTTAAATATTTTTCTAAAG
GAAATAAAGATTTTGTAATTAGAGCTACAAAAAAACGTAATGTTATCTATAAAGGTAAAAGCTTAAATATAGAAAAGGTAGCTGCTCTTTACAAGGGTAA
ATATGCTTATCATTATAAAAATAAAAAGAATAAAGAAAGAAACTTAAAATTCAGCTACGCTCCAATTAAATTACCTGCCTTAAAAGATAAAGAACTTACT
CTTGTAATTATTAGAGGTCTGGGTAAAAAACCTATGCTTTTAATTAGTAATTTAAGACCTGATGCCAAAAAACTTACACTGGCAATTTTAAAAACATATA
TTAGAAGATGGAAAATAGAAGAATATTTCAGATTCAAAAAGCAAAAATTTGATTCAGAAAATTTCAGAGTTAGATCAATGAAAAAAATTAGAAATTTAGA
CTTGATTTTATCAATAACCATAGGATTTCTAGCTCTATTTTCAGATAAAAGACGAAAGACAAAACTAAGAATTATAGTTAAGAAAGTTTCAGAAAGAATC
TATGACATTCCAGACTTTGATTACTATGCATTAGCCGATGGAATAAAAGAAATATTGACTAAATCATATTCTGGAATAACTTCATTTTTAAATAGTTATT
ACAAAAAACGACGATCACAAAAGAGATTAAGGCTCTCTTTACCCTTGTGACAGTAAGGACAGTTTTTGCTATTTTAAAAAATGGGGAAAGTCTT
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1263 bp420 aa1881450+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MNNYTRFIYEMKRKVSNFSKNISNKLSKPKSKFIAQMIYGFLKSQSVLLSEISRALKENILLKKTIERLSRNLENFDDQKELIEEYIRKIKPHINENTVF
CCDKSDLVKPHSYELELLDRVRDGSTGETEKGYDTFEIAALTENKELPIEIYSRIYSSLEKGFKSQNIEALNGLDFVEKHFGKKGIYALDRGYDANRYFK
YFSKGNKDFVIRATKKRNVIYKGKSLNIEKVAALYKGKYAYHYKNKKNKERNLKFSYAPIKLPALKDKELTLVIIRGLGKKPMLLISNLRPDAKKLTLAI
LKTYIRRWKIEEYFRFKKQKFDSENFRVRSMKKIRNLDLILSITIGFLALFSDKRRKTKLRIIVKKVSERIYDIPDFDYYALADGIKEILTKSYSGITSF
LNSYYKKRRSQKRLRLSLPL

 

Blast result :
Comments
ISHco1 is 51% aa similar to ISFsi2.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.