ISHco1
- Family ISNCY
- Group ISFsi2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
FNHK01000048 | ND | Halanaerobium congolense | Halanaerobium congolense WG9 |
DNA section
IS Length : 1494 bp
Ends
IR Length : 33/35
IRL : AAGGAGTTTCCCCATTTTTTAAAATAGCAAAAACTCAAAGTTATCAACAG
IRR : AAGACTTTCCCCATTTTTTAAAATAGCAAAAACTGTCCTTACTGTCACAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
CCAACTGTCAAAC | TATCCAGTAT | TTCTTCGGTAGTT | 10 |
DNA sequence
AAGGAGTTTCCCCATTTTTTAAAATAGCAAAAACTCAAAGTTATCAACAGGCAAAATTGTGGATAATTAACTCTTAGAAACTATTAAAATAGATTATCCA
CAGATTACGTAAAAAAGGTGAAACAAGCTCCTGTTTTTGGTATAATTAGTTCACACACAAAAAACACCAAAAAGGAGTTGTTTCACCGTGAATAATTATA
CCAGATTTATCTATGAAATGAAACGAAAAGTAAGTAATTTTTCTAAAAATATTTCGAATAAATTGTCAAAACCAAAATCTAAATTCATTGCTCAGATGAT
TTATGGCTTTTTAAAGTCTCAATCAGTTCTTTTAAGTGAGATTTCTCGTGCTTTAAAGGAAAATATTCTGCTTAAAAAAACTATTGAAAGATTATCCAGA
AATCTTGAAAATTTTGATGATCAAAAAGAATTAATAGAGGAATATATAAGAAAAATAAAACCTCATATTAATGAGAATACTGTTTTTTGCTGTGATAAAT
CAGATTTAGTTAAACCCCACAGCTATGAATTAGAATTACTTGATAGGGTTAGAGATGGCAGCACTGGTGAAACTGAAAAAGGTTATGATACTTTTGAAAT
TGCTGCTTTAACTGAAAACAAAGAACTACCTATTGAAATATATTCTCGTATCTATTCAAGTCTGGAAAAAGGCTTTAAAAGCCAGAATATTGAAGCTTTA
AATGGACTGGATTTTGTAGAAAAACATTTTGGTAAAAAGGGCATCTATGCCCTTGATAGAGGCTATGATGCTAATAGATACTTTAAATATTTTTCTAAAG
GAAATAAAGATTTTGTAATTAGAGCTACAAAAAAACGTAATGTTATCTATAAAGGTAAAAGCTTAAATATAGAAAAGGTAGCTGCTCTTTACAAGGGTAA
ATATGCTTATCATTATAAAAATAAAAAGAATAAAGAAAGAAACTTAAAATTCAGCTACGCTCCAATTAAATTACCTGCCTTAAAAGATAAAGAACTTACT
CTTGTAATTATTAGAGGTCTGGGTAAAAAACCTATGCTTTTAATTAGTAATTTAAGACCTGATGCCAAAAAACTTACACTGGCAATTTTAAAAACATATA
TTAGAAGATGGAAAATAGAAGAATATTTCAGATTCAAAAAGCAAAAATTTGATTCAGAAAATTTCAGAGTTAGATCAATGAAAAAAATTAGAAATTTAGA
CTTGATTTTATCAATAACCATAGGATTTCTAGCTCTATTTTCAGATAAAAGACGAAAGACAAAACTAAGAATTATAGTTAAGAAAGTTTCAGAAAGAATC
TATGACATTCCAGACTTTGATTACTATGCATTAGCCGATGGAATAAAAGAAATATTGACTAAATCATATTCTGGAATAACTTCATTTTTAAATAGTTATT
ACAAAAAACGACGATCACAAAAGAGATTAAGGCTCTCTTTACCCTTGTGACAGTAAGGACAGTTTTTGCTATTTTAAAAAATGGGGAAAGTCTT
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ACAAAAAACGACGATCACAAAAGAGATTAAGGCTCTCTTTACCCTTGTGACAGTAAGGACAGTTTTTGCTATTTTAAAAAATGGGGAAAGTCTT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1263 bp | 420 aa | 188 | 1450 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNNYTRFIYEMKRKVSNFSKNISNKLSKPKSKFIAQMIYGFLKSQSVLLSEISRALKENILLKKTIERLSRNLENFDDQKELIEEYIRKIKPHINENTVF
CCDKSDLVKPHSYELELLDRVRDGSTGETEKGYDTFEIAALTENKELPIEIYSRIYSSLEKGFKSQNIEALNGLDFVEKHFGKKGIYALDRGYDANRYFK
YFSKGNKDFVIRATKKRNVIYKGKSLNIEKVAALYKGKYAYHYKNKKNKERNLKFSYAPIKLPALKDKELTLVIIRGLGKKPMLLISNLRPDAKKLTLAI
LKTYIRRWKIEEYFRFKKQKFDSENFRVRSMKKIRNLDLILSITIGFLALFSDKRRKTKLRIIVKKVSERIYDIPDFDYYALADGIKEILTKSYSGITSF
LNSYYKKRRSQKRLRLSLPL
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Blast result :
Comments
ISHco1 is 51% aa similar to ISFsi2.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.
2] Varghese,N. and Submissions,S. (2016) Direct GenBank submission.