ISHps3

  • Family IS1595
  • Group IS1016
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
APBU01000059 ND Haemophilus parasuis
Haemophilus parasuis SW114
Haemophilus parasuis SC1401
DNA section
IS Length : 720 bp

Ends


IR Length : 18

IRL : GGGGCTGTCCTAGATAACGACTAAAAGCTCTATTTTAGGTTAAAATAACC
IRR : GGGGCTGTCCTAGATAACTAACTTAAGCTGCCCTTAACTAATTGTTTTAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ATGTGACATTTTAAATAGTTAAATTAATATCAAGCT0
AAAAGAAGCATTAAATTAATCTTTTATATATCTACT0
TAAGAATGTTAATTTTTTTTATAAAAATG7
ATGTGACATTTTAAATAGAATAGTTTTT8

DNA sequence

GGGGCTGTCCTAGATAACGACTAAAAGCTCTATTTTAGGTTAAAATAACCAAATGAGAAAAAGTCGTCTAAGTCAGCATAAACAAAATAAACTCATTGAG
CTGTTTGTGGCAGGTGTCACTGCTCGAACAACAGCTGAGTTGGTAAATGTAAATAAAACGACAGCAGCCTATTACTTCTATCGTCTGCGATTGCTTATCT
ATCAAAACAGCCCACATATGGAGATGTTTGAAGGTGAAATTGAAGCCGATGAAAGCTATTTTGGCGGCACTCACAAAGGTAAACGAGGTCGTGGAGCTGT
GGGTAAAACCGCTGTATTCGGGCTTTTAAAGCGTGATGGTAAGGTGTATACCGTCGTTGTACCGAATACTCAATCTGCGACACTTTTACCGATTATTCGA
GAAAAGGTGAAGCCTGACAGCATTGTTTACACCGATTTTTATCGAAGCTATGATGTTCTTGATGTGAGTGAGTTTAATCATTTTCGTATCAATCACAGTA
CTCATTTCGCAGAAAAACAAAATCATGTAAACGGAATTGAGAATTTTGGGAACCAAGCTAAACGTCATTTACGCAAGTTTAACGGTATTCCCAAAGCACA
TTTTGAGTTGTATTTGAAGGAATGCGAATGGCGTTTTAATCACAGTAACTTAAAATCTCAAATTTCCATTTTAAAACAATTAGTTAAGGGCAGCTTAAGT
TAGTTATCTAGGACAGCCCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
651 bp216 aa51701+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MRKSRLSQHKQNKLIELFVAGVTARTTAELVNVNKTTAAYYFYRLRLLIYQNSPHMEMFEGEIEADESYFGGTHKGKRGRGAVGKTAVFGLLKRDGKVYT
VVVPNTQSATLLPIIREKVKPDSIVYTDFYRSYDVLDVSEFNHFRINHSTHFAEKQNHVNGIENFGNQAKRHLRKFNGIPKAHFELYLKECEWRFNHSNL
KSQISILKQLVKGSLS

 

Blast result :
Comments
ISHps3 is 95% aa similar to ISMha4.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Kuehn,J.S., Register,K.B. and Phillips,G.J. (2013) Genome Announc 1 (5), e00739-13.