ISHps3
- Family IS1595
- Group IS1016
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
APBU01000059 | ND | Haemophilus parasuis | Haemophilus parasuis SW114 Haemophilus parasuis SC1401 |
DNA section
IS Length : 720 bp
Ends
IR Length : 18
IRL : GGGGCTGTCCTAGATAACGACTAAAAGCTCTATTTTAGGTTAAAATAACC
IRR : GGGGCTGTCCTAGATAACTAACTTAAGCTGCCCTTAACTAATTGTTTTAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATGTGACATTTTAAATAG | TTAAATTAATATCAAGCT | 0 | |
AAAAGAAGCATTAAATTA | ATCTTTTATATATCTACT | 0 | |
TAAGAATGTTA | ATTTTTT | TTATAAAAATG | 7 |
ATGTGACATT | TTAAATAG | AATAGTTTTT | 8 |
DNA sequence
GGGGCTGTCCTAGATAACGACTAAAAGCTCTATTTTAGGTTAAAATAACCAAATGAGAAAAAGTCGTCTAAGTCAGCATAAACAAAATAAACTCATTGAG
CTGTTTGTGGCAGGTGTCACTGCTCGAACAACAGCTGAGTTGGTAAATGTAAATAAAACGACAGCAGCCTATTACTTCTATCGTCTGCGATTGCTTATCT
ATCAAAACAGCCCACATATGGAGATGTTTGAAGGTGAAATTGAAGCCGATGAAAGCTATTTTGGCGGCACTCACAAAGGTAAACGAGGTCGTGGAGCTGT
GGGTAAAACCGCTGTATTCGGGCTTTTAAAGCGTGATGGTAAGGTGTATACCGTCGTTGTACCGAATACTCAATCTGCGACACTTTTACCGATTATTCGA
GAAAAGGTGAAGCCTGACAGCATTGTTTACACCGATTTTTATCGAAGCTATGATGTTCTTGATGTGAGTGAGTTTAATCATTTTCGTATCAATCACAGTA
CTCATTTCGCAGAAAAACAAAATCATGTAAACGGAATTGAGAATTTTGGGAACCAAGCTAAACGTCATTTACGCAAGTTTAACGGTATTCCCAAAGCACA
TTTTGAGTTGTATTTGAAGGAATGCGAATGGCGTTTTAATCACAGTAACTTAAAATCTCAAATTTCCATTTTAAAACAATTAGTTAAGGGCAGCTTAAGT
TAGTTATCTAGGACAGCCCC
CTGTTTGTGGCAGGTGTCACTGCTCGAACAACAGCTGAGTTGGTAAATGTAAATAAAACGACAGCAGCCTATTACTTCTATCGTCTGCGATTGCTTATCT
ATCAAAACAGCCCACATATGGAGATGTTTGAAGGTGAAATTGAAGCCGATGAAAGCTATTTTGGCGGCACTCACAAAGGTAAACGAGGTCGTGGAGCTGT
GGGTAAAACCGCTGTATTCGGGCTTTTAAAGCGTGATGGTAAGGTGTATACCGTCGTTGTACCGAATACTCAATCTGCGACACTTTTACCGATTATTCGA
GAAAAGGTGAAGCCTGACAGCATTGTTTACACCGATTTTTATCGAAGCTATGATGTTCTTGATGTGAGTGAGTTTAATCATTTTCGTATCAATCACAGTA
CTCATTTCGCAGAAAAACAAAATCATGTAAACGGAATTGAGAATTTTGGGAACCAAGCTAAACGTCATTTACGCAAGTTTAACGGTATTCCCAAAGCACA
TTTTGAGTTGTATTTGAAGGAATGCGAATGGCGTTTTAATCACAGTAACTTAAAATCTCAAATTTCCATTTTAAAACAATTAGTTAAGGGCAGCTTAAGT
TAGTTATCTAGGACAGCCCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
651 bp | 216 aa | 51 | 701 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MRKSRLSQHKQNKLIELFVAGVTARTTAELVNVNKTTAAYYFYRLRLLIYQNSPHMEMFEGEIEADESYFGGTHKGKRGRGAVGKTAVFGLLKRDGKVYT
VVVPNTQSATLLPIIREKVKPDSIVYTDFYRSYDVLDVSEFNHFRINHSTHFAEKQNHVNGIENFGNQAKRHLRKFNGIPKAHFELYLKECEWRFNHSNL
KSQISILKQLVKGSLS
VVVPNTQSATLLPIIREKVKPDSIVYTDFYRSYDVLDVSEFNHFRINHSTHFAEKQNHVNGIENFGNQAKRHLRKFNGIPKAHFELYLKECEWRFNHSNL
KSQISILKQLVKGSLS
Blast result :
Comments
ISHps3 is 95% aa similar to ISMha4.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Kuehn,J.S., Register,K.B. and Phillips,G.J. (2013) Genome Announc 1 (5), e00739-13.
2] Kuehn,J.S., Register,K.B. and Phillips,G.J. (2013) Genome Announc 1 (5), e00739-13.