ISIse1
- Family IS1595
- Group IS1016
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AP014564 | ND | Ichthyobacterium seriolicida | Ichthyobacterium seriolicida |
DNA section
IS Length : 740 bp
Ends
IR Length : 23/26
IRL : GGTTCAAGACAACTTAAGGTAAATTTACATGCGTGTAACCCCTTATGTTA
IRR : GGTTCAAGACAACTTAAGGGGATTTTTTCTTATCCATTTTAACATACAAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ACACCCGATA | ATAATAA | TCTTGATGGA | 7 |
DNA sequence
GGTTCAAGACAACTTAAGGTAAATTTACATGCGTGTAACCCCTTATGTTATCTATGAAAACCAAGTATATAATTCGTTCAAGAATTTCTGAGGCAAAATT
CAGGTCTATTTTACGGTTATTTTGCCTAGATATTGAAGCGAAAAAAGTTAGTAAATTGACTAATGTAAGTCGTTATACTATCAACAAAATTTTTGACAAA
TTACGTTTGTTAATTGTTCAAAAATGCGAAGAAGAAAGTCCCTTTAATCAAGGGGAAATAGAATTAGATGAGAGTTATTTTGGAGCTAAACGAGTTAGGG
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AAAATGGATAAGAAAAAATCCCCTTAAGTTGTCTTGAACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
693 bp | 230 aa | 45 | 737 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLSMKTKYIIRSRISEAKFRSILRLFCLDIEAKKVSKLTNVSRYTINKIFDKLRLLIVQKCEEESPFNQGEIELDESYFGAKRVRGKRGRGSGGKVPVFG
MLKREGKVYTQIVKNCSSSVIMPIIESRASKESTIYTDGFKSYDGLVNYGYKRHYRVKHSENEFAKGVNHINGIENFWGLCKVRLSRFRGVHKHKFYYHL
KECELRFNYRNENLYFCMLKWIRKNPLKLS
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KECELRFNYRNENLYFCMLKWIRKNPLKLS
Blast result :
Comments
ISIse1 is 76% aa similar to ISDli1.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Takano,T., Nakamura,Y., Takuma,S., Yasuike,M., Matsuyama,T., Sakai,T., Fujiwara,A., Kimoto,K., Fukuda,Y., Kondo,H., Hirono,I. and Nakayasu,C. (2014) Direct GenBank submission.
2] Takano,T., Nakamura,Y., Takuma,S., Yasuike,M., Matsuyama,T., Sakai,T., Fujiwara,A., Kimoto,K., Fukuda,Y., Kondo,H., Hirono,I. and Nakayasu,C. (2014) Direct GenBank submission.