ISHp1

  • Family IS1595
  • Group ISPna2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP011484 ND Helicobacter pylori
Helicobacter pylori CC33C
DNA section
IS Length : 4405 bp

Ends


IR Length : 26/27

IRL : GGCTCTATTTGTAAAAAGTGTTGATTTTTAATAGTTATTTTGCTAAAATA
IRR : GGCTCTATTTGTAAAAAGTATTGATTTGTTCATATTATCTGTTTTTATAC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ATGCAAAGCGAGATTNNNN0

DNA sequence

GGCTCTATTTGTAAAAAGTGTTGATTTTTAATAGTTATTTTGCTAAAATATTCTGATTTAAATAAGGACTTTTAAATGCCTAGCAATGCAAATGAATTAG
AGATTATCAAACAGCTCTTTAATAATCTAACAGAAGCCAATAAAAAAGCCTTTTTAAAAACGATTAAAAATAAAAATAAGGAAAATCTTAAAACACCCAT
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TGCATTCCACTTTAAGCGTTATTATTAAACTTCTTTTAGCGCGTTTTATCAACGACAAATCCCACTTCATTGTTTTAGACAATCTTTATAAAACTGACAA
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TACAAACACAGAAATTTAGAAAAAAAAATAGACTTTAAAACAATGACACAAGGTATTGTAGGTATTGATATTAACCCTATAGCTGTGTTAATGGCTAGAG
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ACTTACAGAAAAAATGTCAAAGAAAACATAAGGCTTAATGGGTTGTTTTCTAGAGACAAAAATGTAGGGGGAAACAATCTCAATATTTGCGCCTTAATTG
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GGCTGAATTTTTAAAAACCAAATTAGGTATGTGCGAATACACCTTTAGAAAAGGCGTGAGTGTTCATTATCTCATGCGTTTAGAATTTGTAGATTTTTTT
AAAGATAACTTTAGTCGTGGAGTATTCCACCCTTACACTAAAGTTAATAATCGTTTGAGGGTGGACACTTCTAAAAAAATCATTTTAGAATTAGACTTCA
TCAAACCTTTCATTAGCGCTCCCATGTTAGAAGAACAAGCGGTGAAATGGACTAATTCTTATGTTATTTTTCCTTATCTCTATAATCAAAAACAACCATT
AAAACCAAGTGAGTTGAAAAAATTAGCTCCTTTCACCTATAAGTATTTATGCGATATAGATGAACACCTTAATAAGGGGAGCGATTTTAATTCAAGGGTG
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ATATTAGTTTAATCAAAACGCATTGGGGCAAAGCCATAACACCACTATTTGATAATCATATCAGCTATATTAGCGAACGCCCCGTTATAAACTACAAAGA
TATAAGCCAACAAGGATACAAATTGATTGATATAAGATTAGATGGAGATATTGAAATTTTTGCCCAAATAGACAACGAGAATCAAAAAATTAATAGGGTC
AATTACAACCATTATAATAGTGGATTTGTGCCAATCACTCAAAATGAAGCCCTATACATTTTAGAAAAGCTATTAGACAAAGACAATCAAGAAATCATTT
TAAAATCGCAAGATTCTCGCAGTATTTCTTCAAGGTTACCCATCAAAATTCCTTTGTATAAAAACAGATAATATGAACAAATCAATACTTTTTACAAATA
GAGCC
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1017 bp338 aa761092+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MPSNANELEIIKQLFNNLTEANKKAFLKTIKNKNKENLKTPIQKEIKECPHCKSTSFVKNGKKDNRQRFSCKACSKTFTYTNNTILFSTKKDIKVWKKFI
HCMVEKYSLKKTAQICNIDVTTAFYWRHKILDTLQNIQNGVKLDGIVEADETYFPLSFKGHHRDFKLPRLSKKRGTQAAKRGLSKEQVCVTSGVNLNGKS
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FAKESYKEIILLEHIQNSECVSKSLEISHRSAIPLLAV

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
3273 bp1090 aa10994371+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : N-6 DNA MethylaseDescription :

ORF sequence :

MMTLYDFSQLDKEQTKIYNDFLLKLSSADSPLNQQGSENDLAHIFENELNALLRGLSFTSSNYENFRHENNNAYGRTDFQYGNTIIEYKKYNRLKNEKET
HKASEQVKNYLKDERFNGFKMFGFLFDGASVHAYIKETNNEITYKEEYSGSLNARNLDFFIKSLFNSGLVNISPTNFKKDFGIIDTDNKLLDNHEIRDLA
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DISQQGYKLIDIRLDGDIEIFAQIDNENQKINRVNYNHYNSGFVPITQNEALYILEKLLDKDNQEIILKSQDSRSISSRLPIKIPLYKNR

 

Blast result :
Comments
ISHp1 is 81% (transposase) aa similar to ISCaje5.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Montano,V., Didelot,X., Foll,M., Linz,B., Reinhardt,R., Suerbaum,S., Moodley,Y. and Jensen,J.D. (2014) Direct GenBank submission.