ISAcsp6

  • Family IS1595
  • Group ISPna2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
LSZI01000012 ND Acinetobacter sp.
Acinetobacter sp. SFA
DNA section
IS Length : 1490 bp

Ends


IR Length : 22/26

IRL : GGCTGTGTTTTAAATAATCGTTGATTGATTAATATTTGTGCGATATGTTT
IRR : GGCTGTGTTTTAAGAATACGTTGATTTAAGAAATGAAACTATGATTTTCA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
ATCCGAGCTTTAGTAAAAATATAATTTC8

DNA sequence

GGCTGTGTTTTAAATAATCGTTGATTGATTAATATTTGTGCGATATGTTTAAAGCTAAATAGTGATTGGCAAGGTGATACATTATGGATGTTACTAAAAA
CCTTGATGTTATAAAACAATTATTTAGCAATCTTTCTGAGCATGATAAGCAAGCTTTCTTATTGTCTGTATCAGCAAAAGATAATATTAAAAAAGTTATT
CAACCTAAAAAAATTTCTTGTTGTTTGCATTGCGAGTCTAAACATTTTGTAAAGAATGGAAAAGAAAATAACAATCAACGCTATTTATGTAGGATTTGTA
AAAAATCCTTTGTAGAACAAACAGGTACTATTCTATATAAGACTCATAAAAGTATAGATGTTTGGGATAAATATATTGAGTGCTTTTTAGAGAAATACTC
AATTCGCAAAAGCGCTCGAATTTGTAAAATCAACATTGCAACAGCATTTGCTTGGCGACATAAAATACTTGATGCCTTACAAAAAATGATGGATGAAGTT
GAATTGTATGGGGTAGTACAAGCAGATGAAACATATACGACTATATCTTACAAAGGTAATCATAAACACTTTATGTTGCCACGCCCAGCGCATCAGCGAG
GGACAAAAGCAACCAAACGAGGAATATCTCAAGAGCAGGTCTGTGTTACCTGTGGTGTAAATCTCAGTGGGCTATCTATTGCTAAAATATCTAATCTTGG
TCGCCCAACTTTATCGGATGTACAAAAGGTTTTAGATGGAAAAATTAAAACTGAGTCGATTTTTGTTACTGATTCCCTGCGCCCATATCAAAAGCTATCA
AATGATATGAATCTGAATCATATACGCATTGATACCGATAAGCGCTCTAAAGGTATATTTAATATTCAAACCATTAATAATTATCATAGTTGCTTAAAAG
CTATGATTATTAATACATTTAAAGGAGTAGCAACAAAATATTTGAATAACTATCTTGTGTATCATAATTTCGTTAATTTTTATAAAGATACGATTGAGAA
TAAAAATTTAATTTTAATTGAGTACATTAGAGATACTATCTGTTTAAGTAAATCTATTGATATTTCAAAAAGACCATGTGTACCGATTTGATGTAATTCA
AAATAAATCAAGCACTTGTGATTTTATATTAATAAAAAAATTACTCTGAGGATGGGGAATGAATAATCAAGAGCGATTAATAACGGCACTGTATTACTCA
ATAGGTGGGGTTATTCTAGGATTGGGATTGGCGATTTTTACATCATTTTATCTCAGCACTTCATTTAGTTCAGTTAAAATAGTTATTATCACTATAATTT
CTTGCTTCATTATAGGTTATTTATTTCCAAATTTTATTGGAAATATATTTAGATGGGTTTGGAAAATTTTCGTAAATTAGATTTTTTATAAAAAATTAAT
TTATTGCCTTAATTAAAAATAAAACTATGAGTTTTACAAATGAAAATCATAGTTTCATTTCTTAAATCAACGTATTCTTAAAACACAGCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1008 bp335 aa841091+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MDVTKNLDVIKQLFSNLSEHDKQAFLLSVSAKDNIKKVIQPKKISCCLHCESKHFVKNGKENNNQRYLCRICKKSFVEQTGTILYKTHKSIDVWDKYIEC
FLEKYSIRKSARICKINIATAFAWRHKILDALQKMMDEVELYGVVQADETYTTISYKGNHKHFMLPRPAHQRGTKATKRGISQEQVCVTCGVNLSGLSIA
KISNLGRPTLSDVQKVLDGKIKTESIFVTDSLRPYQKLSNDMNLNHIRIDTDKRSKGIFNIQTINNYHSCLKAMIINTFKGVATKYLNNYLVYHNFVNFY
KDTIENKNLILIEYIRDTICLSKSIDISKRPCVPI

 

Blast result :
Comments
ISAcsp6 is 64% (transposase) aa similar to ISCCo2.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Lopes,B., Forbes,K. and Lal,R. (2016) Direct GenBank submission.