ISCaje5
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ARWS01000006 | ND | Campylobacter jejuni | Campylobacter jejuni 255 Campylobacter lari RM16712 |
DNA section
IS Length : 2899 bp
Ends
IR Length : 20/24
IRL : GGCTATGTTTTTATTAAGTATTGAAATTTAAGCTTTATTTTGCTAAAATA
IRR : GGCTCTGTTTTTATAGTGTATTGATTTCTAAAAAATGCTATCAATAGAGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
ATAATTTAAT | AAAATTTT | TAGCATTAAA | 8 |
GAGAGCATAT | TTTTAATT | TCATTTCCTA | 8 |
DNA sequence
GGCTATGTTTTTATTAAGTATTGAAATTTAAGCTTTATTTTGCTAAAATATCTACATTAAAAATAGCACAATAAAGGCGGTAAAATGGCAACTTCTAACG
CAGAACTTGAAATCGTAAAACAGCTTTTTAGCACTCTAAGCGATGATGATAAAAAATCATTTCTAAAATCTATCAAAAACAAAGAAAAATCAGAGCAAAA
TTTAATACTCTCAAAAGAGATAAAAGCGTGTCCGCATTGCAAATCTACTAATTTTGTGAAAAATGGAAAAAAAGATGGCAAACAAAGATTTATGTGTATG
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GAAAAGATAAAGAACAAATTTTGCTAAACCATATACTAAACACAAATTGCATAAGCCAAAGCATAAGCGTAGCAAATAGACCTGCCGTGCCGTTATTGGT
AGCGTAAGCTGTAAAAAATTTAAAAAAGGAATAAAATTGTCATATAAAAAATATTTAAACAATGTTACATTGGGTGATTGCTGTGAGCTAATGAAAAATA
TTCCTAATAATTATATTTCAGGCTGCATAACTGACCCACCATATAATTATGAATTTTTTGGTAGAAATTGGGATAATGTAGAAATAAAACGCAGAAAAAA
TAAAGCAAATAACAATAAAAATATATTGGTAAAAAATATACCTTATGGCAGTGGGTTAGCAGGAGGAGTTAAAAATGAAAGATGGTATAAAAAAAATAGG
GATAATATTTTAGAATATCAATCTTGGGTGGAGCATTGGGGGAAAGAGTTATATAGAATTTTAAAGCCTGGTGCGTTTATAATGGTATTTAATAGCAATA
GGAGTGTGGCACATATTCAAATAGCACTTGAAAACGCGGGTTTTTATACCAAAGATATGTTTATATGGATAAGAAATAGTGGTATTCCAAAAGGCTTAAA
TGCTTATGAAAAAATGAAAAAAGATGGATATGAATTGGCAGAAAATTGGAAAGGCTGGCATAGTGCAACAAGAAACAATTACGAGGCAGTATCTGTCTTG
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ATATATTTGAAGGCTATCAAAGAGATAAAAAAGATGATTTCAATAAGCATATAACGGTTAAACCAATAAAACTTATAGAAAAATTAGCAGAGATGATTGT
TCCAAAACAAACAAATAATATTATAATTGACCCTTTTATGGGAAGTGGGACAACAGCATTAGCTTGTAAAAATTTAGGTATTCCATATATTGGTTTTGAA
TTAAATGAAGAGTATATTAAAATAGCAAATATGCGATTATCTTAAAAATCATATTTGGCTTTTAAACAAGCCAAATATTGAACTATATCTATTCCACCAT
AGTTTATGATAAAATCAAAAGCATCTTTGTCAGAGATAATTTCCCAACCGCCGTTTATAGCAGCAGTAATAGCCGCTGGTAGGTTATCGTTTCTTAAAAT
CAGGAAAACTGGATTATATCCCATTTCTTTTAACATTTTTCCATATAATTTAAATTTTTTCAGCGTTCCACTATCGCCTGAACCAATTCGATATTTAGCA
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TGGTTATTAATTCTCAAACTCTTCCAAGCTCTCTATTCCAATATTGCATATTTTGCATTTTTGTTTCATAAGTTATATTAAAAAAATCCATTAAAATATC
TGAGTCAGAAACAATTGTGTCAAATTTCTTTGATTTAAAATTACTTTTATATTGCGACAAAATATCAATAACATTACGTTCTATTTGCTCTATAACTATA
TTCATCATTTTAGTAACTCCGACAAATCAGCTCCTAGAGCTTTTGCAATTTTATAAGCATTTATTAGGGTAATATTTTTCTCACATCTTTCTATACTGCC
AATATAAGTTCTATGCAGACTAGATAATTCTGCTAACTTTTCCTGAGTAATATTTAGTGCTTGTCGTCTTTTGCGAACATTTTTTGCAAATATGTTTAAA
ATGGAAATCATAATTTATATTTTATAAATAAGTAACAAAATAAATCAACACTCTATTGATAGCATTTTTTAGAAATCAATACACTATAAAAACAGAGCC
CAGAACTTGAAATCGTAAAACAGCTTTTTAGCACTCTAAGCGATGATGATAAAAAATCATTTCTAAAATCTATCAAAAACAAAGAAAAATCAGAGCAAAA
TTTAATACTCTCAAAAGAGATAAAAGCGTGTCCGCATTGCAAATCTACTAATTTTGTGAAAAATGGAAAAAAAGATGGCAAACAAAGATTTATGTGTATG
GATTGTCATAAGACATTTACTGTTACAAATAACTCAATCTTTTTTAAAACCCAAAAAGACCTTGAAATTTGGCAAAAATATATCCATTGTATGATTGAAA
AATACTCACTTAGAAAAACCGCTGAAATTTGTGGCATTGCACTATCTACTGCGTTTTTTTGGCGACATAAAATCTTAGACACATTGCAAAAAATGCAAGA
TGAAGTAAAACTTAATGGCATAGTAGAAGCAGATGAAACATTTATGCCTATCTCATATAAAGGTCATCACAAGGATTTTAACTTTCCACGCTTAGCAAAG
AAAAGAGGAACTGCAAACACTAAGCGTGGCTTATCAAAAGAACTTGTTTGCATACCTTGCGTAGTAAATTTAAATGGCAAATCAATAGCAAAAATATCTA
ATCTGGGTAAGCCAAATATTGCTAGTTTATCCAAAGTAATACAAGGCAAAGTTGAGAAAGAAAGCGTATTTGTAACTGATAGCCTACGCTCATATTTAAA
ACTATCAAATGAAATGAGCCTAAACCATATCCGCATACCACGAAACAAACATAGTAACGGCTCGTTTAATATTCAAGTCGTAAATAACTACCATAGCAGA
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GAAAAGATAAAGAACAAATTTTGCTAAACCATATACTAAACACAAATTGCATAAGCCAAAGCATAAGCGTAGCAAATAGACCTGCCGTGCCGTTATTGGT
AGCGTAAGCTGTAAAAAATTTAAAAAAGGAATAAAATTGTCATATAAAAAATATTTAAACAATGTTACATTGGGTGATTGCTGTGAGCTAATGAAAAATA
TTCCTAATAATTATATTTCAGGCTGCATAACTGACCCACCATATAATTATGAATTTTTTGGTAGAAATTGGGATAATGTAGAAATAAAACGCAGAAAAAA
TAAAGCAAATAACAATAAAAATATATTGGTAAAAAATATACCTTATGGCAGTGGGTTAGCAGGAGGAGTTAAAAATGAAAGATGGTATAAAAAAAATAGG
GATAATATTTTAGAATATCAATCTTGGGTGGAGCATTGGGGGAAAGAGTTATATAGAATTTTAAAGCCTGGTGCGTTTATAATGGTATTTAATAGCAATA
GGAGTGTGGCACATATTCAAATAGCACTTGAAAACGCGGGTTTTTATACCAAAGATATGTTTATATGGATAAGAAATAGTGGTATTCCAAAAGGCTTAAA
TGCTTATGAAAAAATGAAAAAAGATGGATATGAATTGGCAGAAAATTGGAAAGGCTGGCATAGTGCAACAAGAAACAATTACGAGGCAGTATCTGTCTTG
CAAAAACCAATAGAAAACAATTATGTAAACAATGTAAAGAAATACGGAGTAGGACTTTTAAAAACAGAAGGCTATATAAATCATAATGGCTTTCTATCAA
ATATATTTGAAGGCTATCAAAGAGATAAAAAAGATGATTTCAATAAGCATATAACGGTTAAACCAATAAAACTTATAGAAAAATTAGCAGAGATGATTGT
TCCAAAACAAACAAATAATATTATAATTGACCCTTTTATGGGAAGTGGGACAACAGCATTAGCTTGTAAAAATTTAGGTATTCCATATATTGGTTTTGAA
TTAAATGAAGAGTATATTAAAATAGCAAATATGCGATTATCTTAAAAATCATATTTGGCTTTTAAACAAGCCAAATATTGAACTATATCTATTCCACCAT
AGTTTATGATAAAATCAAAAGCATCTTTGTCAGAGATAATTTCCCAACCGCCGTTTATAGCAGCAGTAATAGCCGCTGGTAGGTTATCGTTTCTTAAAAT
CAGGAAAACTGGATTATATCCCATTTCTTTTAACATTTTTCCATATAATTTAAATTTTTTCAGCGTTCCACTATCGCCTGAACCAATTCGATATTTAGCA
TCAATTGCCAAATTACCTATGAAATAATCTACAGGGTGGTCTGTTCCAAAATCAACACTTTCTGGTGGCTTAAATAGATTATTGGAAGTAAAAAGCTCTT
TGGTTATTAATTCTCAAACTCTTCCAAGCTCTCTATTCCAATATTGCATATTTTGCATTTTTGTTTCATAAGTTATATTAAAAAAATCCATTAAAATATC
TGAGTCAGAAACAATTGTGTCAAATTTCTTTGATTTAAAATTACTTTTATATTGCGACAAAATATCAATAACATTACGTTCTATTTGCTCTATAACTATA
TTCATCATTTTAGTAACTCCGACAAATCAGCTCCTAGAGCTTTTGCAATTTTATAAGCATTTATTAGGGTAATATTTTTCTCACATCTTTCTATACTGCC
AATATAAGTTCTATGCAGACTAGATAATTCTGCTAACTTTTCCTGAGTAATATTTAGTGCTTGTCGTCTTTTGCGAACATTTTTTGCAAATATGTTTAAA
ATGGAAATCATAATTTATATTTTATAAATAAGTAACAAAATAAATCAACACTCTATTGATAGCATTTTTTAGAAATCAATACACTATAAAAACAGAGCC
Protein section
ORF number : 4
ORF 4
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
209 bp | 68 aa | 2813 | 2605 | - | No |
Annotation : XRE family transcriptional regulatorDescription : Transcriptional Regulator factor
ORF sequence :
MISILNIFAKNVRKRRQALNITQEKLAELSSLHRTYIGSIERCEKNITLINAYKIAKALGADLSELLK
Blast result :ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1023 bp | 340 aa | 85 | 1107 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MATSNAELEIVKQLFSTLSDDDKKSFLKSIKNKEKSEQNLILSKEIKACPHCKSTNFVKNGKKDGKQRFMCMDCHKTFTVTNNSIFFKTQKDLEIWQKYI
HCMIEKYSLRKTAEICGIALSTAFFWRHKILDTLQKMQDEVKLNGIVEADETFMPISYKGHHKDFNFPRLAKKRGTANTKRGLSKELVCIPCVVNLNGKS
IAKISNLGKPNIASLSKVIQGKVEKESVFVTDSLRSYLKLSNEMSLNHIRIPRNKHSNGSFNIQVVNNYHSRLKSMLVYNFKGVATKYLNNYLVYHNFVN
FAKESRKDKEQILLNHILNTNCISQSISVANRPAVPLLVA
HCMIEKYSLRKTAEICGIALSTAFFWRHKILDTLQKMQDEVKLNGIVEADETFMPISYKGHHKDFNFPRLAKKRGTANTKRGLSKELVCIPCVVNLNGKS
IAKISNLGKPNIASLSKVIQGKVEKESVFVTDSLRSYLKLSNEMSLNHIRIPRNKHSNGSFNIQVVNNYHSRLKSMLVYNFKGVATKYLNNYLVYHNFVN
FAKESRKDKEQILLNHILNTNCISQSISVANRPAVPLLVA
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
915 bp | 304 aa | 1131 | 2045 | + | No |
Annotation : DNA methyltransferaseDescription :
ORF sequence :
MKLSYKKYLNNVTLGDCCELMKNIPNNYISGCITDPPYNYEFFGRNWDNVEIKRRKNKANNNKNILVKNIPYGSGLAGGVKNERWYKKNRDNILEYQSWV
EHWGKELYRILKPGAFIMVFNSNRSVAHIQIALENAGFYTKDMFIWIRNSGIPKGLNAYEKMKKDGYELAENWKGWHSATRNNYEAVSVLQKPIENNYVN
NVKKYGVGLLKTEGYINHNGFLSNIFEGYQRDKKDDFNKHITVKPIKLIEKLAEMIVPKQTNNIIIDPFMGSGTTALACKNLGIPYIGFELNEEYIKIAN
MRLS
EHWGKELYRILKPGAFIMVFNSNRSVAHIQIALENAGFYTKDMFIWIRNSGIPKGLNAYEKMKKDGYELAENWKGWHSATRNNYEAVSVLQKPIENNYVN
NVKKYGVGLLKTEGYINHNGFLSNIFEGYQRDKKDDFNKHITVKPIKLIEKLAEMIVPKQTNNIIIDPFMGSGTTALACKNLGIPYIGFELNEEYIKIAN
MRLS
Blast result :ORF 3
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
564 bp | 0 aa | 2605 | 2042 | - | No |
Annotation : Putative restriction endonucleaseDescription :
ORF sequence :
MNIVIEQIERNVIDILSQYKSNFKSKKFDTIVSDSDILMDFFNITYETKMQNMQYWNRELGRVWELITKELFTSNNLFKPPESVDFGTDHPVDYFIGNLA
IDAKYRIGSGDSGTLKKFKLYGKMLKEMEYNPVFLILRNDNLPAAITAAINGGWEIISDKDAFNFIINYSGIDIVQYLACLKAKYDFLR
IDAKYRIGSGDSGTLKKFKLYGKMLKEMEYNPVFLILRNDNLPAAITAAINGGWEIISDKDAFNFIINYSGIDIVQYLACLKAKYDFLR
Blast result :
Comments
ISCaje5 is 63% (transposase) aa similar to ISCco2.
References
1] ISfinder annotation (2017)
2] Harrison,J.W., Dung,T.T., Siddiqui,F., Korbrisate,S., Bukhari,H., Tra,M.P., Hoang,N.V., Carrique-Mas,J., Bryant,J., Campbell,J.I., Studholme,D.J., Wren,B.W., Baker,S., Titball,R.W. and Champion,O.L. (2014) Emerging Infect. Dis. 20 (6), 1026-1029.
2] Harrison,J.W., Dung,T.T., Siddiqui,F., Korbrisate,S., Bukhari,H., Tra,M.P., Hoang,N.V., Carrique-Mas,J., Bryant,J., Campbell,J.I., Studholme,D.J., Wren,B.W., Baker,S., Titball,R.W. and Champion,O.L. (2014) Emerging Infect. Dis. 20 (6), 1026-1029.