ISAnmi1

  • Family IS1595
  • Group ISPna2
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
JYBN01000011 ND Aneurinibacillus migulanus
Aneurinibacillus migulanus nagano
DNA section
IS Length : 1808 bp

Ends


IR Length : 24/29

IRL : GGCTCTGTTAAACAACCATGTTGATATTTGTCCTCCCGTATATTTGATGT
IRR : GGCTCTGTTATATAATTATGTTGATTTTTAATCAAAATATAGCTTGGCTA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TCTCAGTTCATTGATAAAAAGAAAAATCA8

DNA sequence

GGCTCTGTTAAACAACCATGTTGATATTTGTCCTCCCGTATATTTGATGTTATAATGCAATTAACAAAACACAAACGTATGTGCGGGGTTTTTCCATGAG
TGCCAAAGGTTTCCGTAATTTACTTCAATATATTTCTTCAATGGATAAACCACACCAAGAACGCATTTATTATGAAATTCAACGTAAAATTTTCCCTTCA
AATGCAACTACTCGTGTTATTGATGAACTCCGTGATAAGCGTTACTCTAAGGGTTTTAATTGTGCTCATTGCAAAAGCAATTCTGTTGTTCGTTTTGGCA
AATATAATGGTCGTCAGCGGTACAAATGCAAAAATTGCGGAAAAACCTTTAGTGACCTAACTAACTCACCACTTCAAGGCACTCATTATCCAGAGAAGTG
GATTCAATTTATCGATTGTATGTTAAAAGGTATGTCACTCCGAGAGTCCTCTAAAGAGCTGGGGGTACATCATGTGACATTATTCTACTGGCGACATAAG
GTTCTTGCTGCATTAGAACAAATGCAAATTGAACAGTTTGAAGGTATTCTAGAAGTTGATGAAACCTACTTTTTATTCTCTGAAAAAGGCAAAAAGAATA
TTAATGATCGAAAACCACGCAAACGTGGAGGTGTATCACAATTCAGAGGGATCAGCAAGGAACAGGTTTGTGTAATTGTTGGTCGAGACCGCAATAAAAA
TACAGTTTCCAAGGTTGCTTGCTTAGGTCGTATCGAAAAAAACCAAGTAGAAAAGACTATTGGCAGATTTATTTCTAACGATGCAATCCTTTGTACGGAT
GGATGGAGAGGTTATAAAACTTACGCTATCGAAAAAGGGCTTGTGCATTACCGTATCGATACAAAAAAGACGGGGTATGTGATTAAAGGGCTATTCCATA
TTCAAAATGTAAATAATTATCATGGGCGGTTAAAACAATGGCTGGACCGTTTTAAAGGTGTTGCGTCAAAATATCTTGATCATTATTTAGCATGGTTCCA
TTTCTTAGAAACCATCGAATTTGAAGCGACAAAAAGCAATCTGAAGGATATGCTTATTTTTGCTTGCCTTTTTCCAGTGGACAAGACATATGATAGCCTT
AGAAAATCTAAATTTATGATTGCTTAAATGTTTGGAGGTCTTTTATTTTGATAAATATCAGTCTATATCAAAAAATGAACAGTAACGCCGAAATTAAAAA
CATCCTGTCAAATTACTATGATTTTGATATTGTAGAACCGAATTCGCACACAGAAGATTTCTATTTCAAAGCTAATGATAAAGTGACAGTTGTAGCACAG
GATGGTTCAGGAGGTGTGTATGCCTTATACGGTTCTGGTGAGGATGTGGATTTGCCAGTTGTTTTTATAAGCTCTGAAGGAGAGTTTGGGAAAGTAGGGA
GAAATTTCGAAGAATTCATTGGAATTATGATTGCTTGCCCTTATTGGAAAGATCTGTTGAAGTTTTCTGGTAATGGTAAACTATTAGAGATGCTAAAGTC
TCAACCATTCTTAGAAGATGAAGTTTTAGAGGATTTCCCTGGAATCGATGCCGCAAAGAAGAAATTAATTTCATTGTTAGACATGAGTGTGGTGCCGAAA
CCAGTGGAAATGTTGTATGAATCGATGTTTTCTGAACCTCAAATTGTTATTACTTCTCTCGAAGGTGAAAAATTTGATTCGTTATTTAACTCATTTGTAG
CAAACGATAATCCTTTATGGAAAAACAAATTTCAATAAAATTAGAAATAGCTTGGCATTAGCCAAGCTATATTTTGATTAAAAATCAACATAATTATATA
ACAGAGCC
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1032 bp343 aa961127+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MSAKGFRNLLQYISSMDKPHQERIYYEIQRKIFPSNATTRVIDELRDKRYSKGFNCAHCKSNSVVRFGKYNGRQRYKCKNCGKTFSDLTNSPLQGTHYPE
KWIQFIDCMLKGMSLRESSKELGVHHVTLFYWRHKVLAALEQMQIEQFEGILEVDETYFLFSEKGKKNINDRKPRKRGGVSQFRGISKEQVCVIVGRDRN
KNTVSKVACLGRIEKNQVEKTIGRFISNDAILCTDGWRGYKTYAIEKGLVHYRIDTKKTGYVIKGLFHIQNVNNYHGRLKQWLDRFKGVASKYLDHYLAW
FHFLETIEFEATKSNLKDMLIFACLFPVDKTYDSLRKSKFMIA

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
591 bp196 aa11481738+No
ORF function : Passenger Gene
Annotation : hypothetical proteinDescription :

ORF sequence :

MINISLYQKMNSNAEIKNILSNYYDFDIVEPNSHTEDFYFKANDKVTVVAQDGSGGVYALYGSGEDVDLPVVFISSEGEFGKVGRNFEEFIGIMIACPYW
KDLLKFSGNGKLLEMLKSQPFLEDEVLEDFPGIDAAKKKLISLLDMSVVPKPVEMLYESMFSEPQIVITSLEGEKFDSLFNSFVANDNPLWKNKFQ

 

Blast result :
Comments
ISAnmi1 is 76% (transposase) aa similar to ISBko1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Alenezi,F.N., Weitz,H.J., Belbahri,L., Ben Rebah,H., Luptakova,L., Jaspars,M. and Woodward,S. (2015) Genome Announc 3 (2).