ISMmi1

  • Family IS5
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP011266 ND Methanobrevibacter millerae
Methanobrevibacter millerae SM9
DNA section
IS Length : 1251 bp

Ends


IR Length : 14/15

IRL : GGGGTCTGAATTTTTCTGATATAAATTCCGCTTAATTTTTCTTATTTTTT
IRR : GGGGCCTGAATTTTTTAGTTTTCAGATAGTTGTTGTATGGCTGTTTTCGA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
CATTAAACATCAAATATAAATATAAATGATATTATAACCAAATAATAAC0

DNA sequence

GGGGTCTGAATTTTTCTGATATAAATTCCGCTTAATTTTTCTTATTTTTTTAATATTTTATAATGATTAGTTTTGGTTTCTAAAAATACATTTGAATAAT
TCTTAATTTTTAAAAAGGGTACTATAATATCGTTAAATTTAAGTATTATGTGTTACATATATTTATTTGGAGATAAACATGAAACACAGATTAAATTTAG
ATATTAAAGACCCAAATTATACTTTGTTAAAGAAAATATTTAAAATTATTGATTCTAGAAAATCTTTGGAAATTTTAGCATCATATGGATTTAAAAACTT
AAATAAACAAATATTTGCATTTAAAATCATATTTATAAGCATGTTCTTTGGATTAGATATTTCATTTATTTTAAATGAACTTGAATCTAAAAAAGAACTA
CGTGATTACTTTAAAATTTCTGAAATTTTAACTGCAAATCAAGTTTACAAAATTTTTTCACAACAAAATCCTGAAAACCTTTTAAAAGCATTAAATAGAG
TATTAAATCATCAAAATAAGGTTAAAAGAAGAGGAAAAAAGACATTTATTGTTGATGCAACGCCAGTTGACTTGGATTTTAATTTTAACAGAAATAAAAA
GACAAAAGAACATCTCAAAACATTAAATTTAAAATGGAGTTATTCATCTTCTAAAGGATTTTATATTGGATTTAAAGCCACAGTAATCATTGATTACGAT
AGTATGAATCCTGTTTCTATTTTAATTCATTCTGGAGCACCAAATGATGCAAAACTTTTCGATGAAATAATGGAAAACCTACAAAAAAGACGAATCATAC
GAAAAGGAGACACCATAATTTTAGATAAAGGTTATTACAGTTATAAAAACTATCAATTAGGAATTAGCAAATATAAAATAGTTCCTTTTATTTTTCCAAA
AGACAATTTCAATAAAACAAAGCTTAACGACCAATTATCTTACCCATTACAAGTATTTAACAAAACAAAGAAAATATTAGCACAAAAACAATTTTATAAC
AACCTTAAAATAGAGTTATTTAAAAAATTAGATGATTGGAAGAAATTCAAACCAATTCGAGGAAAAATAGAAGACTTTTTTAAATTACTCAAACAAGGAC
TCAACATGAGAGAAATACACAAATATACACCGAAATCTGTAACAAAAACAGTATATTTAAATGTATTTTTAGGAGTCCTAATTGTATCACAAGGGTTTTA
CTCGAAAACAGCCATACAACAACTATCTGAAAACTAAAAAATTCAGGCCCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1059 bp352 aa1791237+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MKHRLNLDIKDPNYTLLKKIFKIIDSRKSLEILASYGFKNLNKQIFAFKIIFISMFFGLDISFILNELESKKELRDYFKISEILTANQVYKIFSQQNPEN
LLKALNRVLNHQNKVKRRGKKTFIVDATPVDLDFNFNRNKKTKEHLKTLNLKWSYSSSKGFYIGFKATVIIDYDSMNPVSILIHSGAPNDAKLFDEIMEN
LQKRRIIRKGDTIILDKGYYSYKNYQLGISKYKIVPFIFPKDNFNKTKLNDQLSYPLQVFNKTKKILAQKQFYNNLKIELFKKLDDWKKFKPIRGKIEDF
FKLLKQGLNMREIHKYTPKSVTKTVYLNVFLGVLIVSQGFYSKTAIQQLSEN

 

Blast result :
Comments
ISMmi1 is 92% aa similar to ISMru1.
References
1] ISfinder annotation (2016)
2] Leahy,S.C., Kelly,W.J., Pacheco,D.M., Li,D., Altermann,E. and Attwood,G.T. (2015) Direct submission GenBank.