ISfinder Mirror Site

ISAsp6

Family IS200/IS605
Group IS605

MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)

Accession number	Transposition	Origin	Host
NC_019427	ND	Anabaena sp.	Anabaena sp. 90

DNA section

IS Length : 1964 bp

Ends

Left end : AGCCCCTTTTTAAACACCCTCTCATAAGACCTCACGGTAAGTGGGAAACGAGCGCGTCTTTAGACCAGGGAGGGAAGCGGCGCGAGCGGTTTTAACCGCT II struct. : Yes
Right end : TAGACGGTGTTTGACTACCGTAGCGAGAATTAGACTTTGGGCGTTACCTAAGTTTACTCTGTCCGCAGAATCTCAGTCCCTTTAGGGCTGAGAGTGTCAA II struct. : Yes

Insertion site

Left flank	LE cleavage site	Right flank	RE cleavage site
TTAGCCATAC	TTCT	AGACCAATAG	tcaa

DNA sequence

AGCCCCTTTTTAAACACCCTCTCATAAGACCTCACGGTAAGTGGGAAACGAGCGCGTCTTTAGACCAGGGAGGGAAGCGGCGCGAGCGGTTTTAACCGCT
GTGGTATTTTCTGTATTATCCGTGATGCGGATCTTCAATATATTTCCTCACCGATTCACTACTAACATTTCCCGCAGTGCTTACAAAATAGCTACTTGTC
CAAAGAGACGGTAGTTTTTTTAATTGGGGAAATTCTTTTCTCAAGTAGAAACTAGAACGCCCTTTAAATGCCTTGATAACTAAATGTGGGGTATCTGTAG
GCTTAACGCTAATAAATAAATGGATATGGTCTGGGGCTACTTCTAAGGCTAAAATATCCCAACCTTTTTCTATAGCTAGTTCAGCAAAAATCTGTCTTAT
CCTTGTTGCTATATCCCCTGTTAAAACTTTTTTCCGGCGCTTGGGTATCCAGACAAAGTGGTAGTTAACCAAGAATTTAATGTAGTTATGGGTTTTGTAG
TCTTCTTGCGTTAACATATTTTTGTGTTGTTTTCTCTATATCTATTGACAATCCTAGTTTAATCAATTATTATTGAGAAGTCAACTTTCATTACATCAAA
AATTGGTGGTAAAAAATAAAAAGTCAATGGGAGTGCAACAAGTTTTGTTATCTCCTGATGATGAAACTAAGGCAGTATTAGAATATCTTTGTCAGCAGTC
GGGGAAACTCTATAACAGTGGTGTTTATTTCGCTCGACAAACATTTTTTAAAACCGGAAAACTTTTAACGGGTAAATTTGATTTAGCCTACGAACCTTCA
GTTTCTAAAACTATGGTTGCTCAATCAGTGCCATCTACCCCAGCACAACAAACTTTATTGTCTGTAATTGAGGCTTTTAAATCTTTCAAAGGATTACGCT
CTTTGTTCCTTAACGGACAATTACATTTTAAACCGAAAGCTCCCGGCTATCTAACAGGTTCTAAACTTTTCAAAGTTGCCTATCCTAATAGCGGTGGACA
AAAACCAACTCTAATTAATGGACAACTTAGATTTTCGTTAGGACTAACTGTAAAAAGATGGTTTGGAATTTCTGAATTTTTCCTACCAATGCCGTCAAAT
ATAGACATTGCAAAGGTTAAAGAGTTTACTATCCTACCTAAAAACGGTGCTTTTTATTTAGAAATATCTTATGAGGTTGAGAAACAACACCACGTCTTAG
ACATCAATCAAGCTCTGTCTATTGACCTGGGAACGGCTGATAATCTAGCGGCTTGTGTTGATACATTGGGTAATTCCCTATTGATTGATGCCCGTGCAAT
GAAGTCAATGAATCAACTTTGGAATAAGAAAGTATCAACACGAAAAGAAGGGAAATCAGAAGCTTATTGGGATAATTGGTTAGACAAAGTAACTCGTAAA
CGTAACCATCAAATGCGTGACGGCATTAATAAAGCTGCAAAACTAATTATTGACCATTGCTTAAAATACGGCATTGGTACATTGGTTATTGGTTGGAATG
AAGGCTTTAAATCTAACGCTAACATGGGGAGAATTAATAATCAAAAGTTTGTCCAAATGCCGTTAGGTAAACTCAAGGATAGGTTAAAACAATTATGCGA
TTTGCACGGTATTAGATTTCAAGAAACCGAAGAGGCGTATACATCCAAAGCTAGTTTTCTAGATGGAGACTCCCTACCTAAGTTTGGTGTTAGCGAAGCG
GGGCGAAGCCCAAAACCAGACGGGTGGAAAGCATCTGGAAGACGGATTGAGCGTGGTTTGTACAAGTCGGGTAATGGTTCAATGATCAATGCAGATTTGA
ACGGCGCAGCTAATATTCTGCGAAAAGTAGCCAGCAATCTAAGCTTAGACTTGGGCTTACTGGGTAGACGGTGTTTGACTACCGTAGCGAGAATTAGACT
TTGGGCGTTACCTAAGTTTACTCTGTCCGCAGAATCTCAGTCCCTTTAGGGCTGAGAGTGTCAA

Protein section

ORF number : 2

ORF 1

Length		Begin	End	Strand	Fusion ORF
401 bp	133 aa	117	517	-	No

ORF function : Transposase
Chemistry : Y1

ORF sequence :

MLTQEDYKTHNYIKFLVNYHFVWIPKRRKKVLTGDIATRIRQIFAELAIEKGWDILALEVAPDHIHLFISVKPTDTPHLVIKAFKGRSSFYLRKEFPQLK
KLPSLWTSSYFVSTAGNVSSESVRKYIEDPHHG

Blast result :

ORF 2

Length		Begin	End	Strand	Fusion ORF
1323 bp	440 aa	627	1949	+	No

ORF function : Accessory Gene
AG : TnpB

ORF sequence :

MGVQQVLLSPDDETKAVLEYLCQQSGKLYNSGVYFARQTFFKTGKLLTGKFDLAYEPSVSKTMVAQSVPSTPAQQTLLSVIEAFKSFKGLRSLFLNGQLH
FKPKAPGYLTGSKLFKVAYPNSGGQKPTLINGQLRFSLGLTVKRWFGISEFFLPMPSNIDIAKVKEFTILPKNGAFYLEISYEVEKQHHVLDINQALSID
LGTADNLAACVDTLGNSLLIDARAMKSMNQLWNKKVSTRKEGKSEAYWDNWLDKVTRKRNHQMRDGINKAAKLIIDHCLKYGIGTLVIGWNEGFKSNANM
GRINNQKFVQMPLGKLKDRLKQLCDLHGIRFQETEEAYTSKASFLDGDSLPKFGVSEAGRSPKPDGWKASGRRIERGLYKSGNGSMINADLNGAANILRK
VASNLSLDLGLLGRRCLTTVARIRLWALPKFTLSAESQSL

Blast result :

Comments

ISAsp6 is 75% (TnpA: the transposase) and 61% (TnpB) aa similar to ISSoc6.

References

1] Wang,H., Sivonen,K., Rouhiainen,L., Fewer,D.P., Lyra,C., Rantala-Ylinen,A., Vestola,J., Jokela,J., Rantasarkka,K., Li,Z. and Liu,B. (2012) BMC Genomics 13, 613.