ISClbu2
- Family IS701
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| ND | Clostridium butyricum | Clostridium butyricum E4 str. BoNT E BL5262 Clostridium butyricum 5521 |
DNA section
IS Length : 1387 bp
Ends
IR Length : 24/31
IRL : CTTGACTTGTGCATTAATTTAAGAAAATTTACCATTGGATTTTAATTGAT
IRR : CTAGACTTGTGCAGTAAATAGGAAAAATTTAAGCTACTAGTCCTAATTTG
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| ACTAATTAAT | TAAATAA | TAAAATGTCT | 7 |
| CAAATTTATA | TATTAAA | AATAAAGAAA | 7 |
| AATGTTTTAT | TAATAATA | ATTAAATAAC | 8 |
| GTACTTTAAT | TAATTATA | ATTTATATTA | 8 |
| ATATATTTAA | TAAATAA | TAAAAGTTAA | 7 |
| TTATTGTTAT | TTAATTA | TTTAAAAACT | 7 |
| AAATTTTATA | TTAATAA | TGTTTAGAAA | 7 |
| AAATTTTATA | TTAATAA | TGTTTAGAAA | 7 |
| CAAATTTATA | TATTAAA | TATTAAAAAT | 7 |
| ACTAATTAAT | TAAATAA | TAAAATGTCT | 7 |
| AATGTTTTAT | TAATAATA | TAATAATAAT | 8 |
| TTATTGTTAT | TTAATTA | TTAATTATTT | 7 |
| GTACTTTAAT | TAATTATA | ATTTATATTA | 8 |
| CTTTATTAAA | TATGTTA | ATTAAAAATTC | 7 |
| TACCATTTAG | TTATAATA | TTATAATATA | 8 |
DNA sequence
CTTGACTTGTGCATTAATTTAAGAAAATTTACCATTGGATTTTAATTGATATTTTACCAGTATAATTTTGAATAAAAAAGTAGCATATAAACCTCAAACA
TGTTAGATTATTGTTCTCAACCAAAATCTAAGGAGATTTATATGCCGACAACAATATTAAACCAAAACCAATTTATTAGCAACTATATTTTAGAGTTAAA
TCTGCCATATTCTTCTGCGATAAAGAATCATATGATAAATTTAACATCTGGAATAATCGTAACCGAAGGAAATAAAACAATTTCCTCAGCTTATAGCAAG
CTTACATCTAATCGACACAGAAGTACTGGTTCAAGATTTCTAAGTTCATATTCATGGAATCATGAATATGTCACGGAGGAACGCATATTTCATGCAATCT
CTGAAATTTCAAATACTTATGAAGACAATGATGTTGGATTCTTAATTATTGATGATACTTTAAGTAAGAAAAATACTTCAACTAAAAAAATCGAAGGTTT
AGATTTTCACAATTCTCATGCAGATGGTAACAAACCAAAGTGGTCACATTGTTTGGTTACATCTCACTATAAGATTAAAGATTATTCTATACCCTTAAAT
TTCAAGCAATATTACCGAAAGGAATCTAGTAAAAATCTATCTAAAAAGTTTTTAGATAAAAATGAGCTTGCAATGAAACTAATAAGTGAATTCACTCCGG
CAACTAAAATCAATTATTTGTTGGTTGATTCATGGTATACTTCAGCAAAAATTTTGCTTCACGGTTTAATTAATGGTTGTCATACTATTGGCAGAATAAA
ATCTAACAGAGTAATATATCCAGCGGGCATTAAAACAAATGTCAAAGAGTTTTCTTCATACATTAGAACTAATGAAACTAGCTTAGTTACAGCTAGTAGC
AACAAGTACTATGTTTATAGATATGAAGGAAAACTTAATGATATAGAAAATGCTGTTGTACTTATAAGTTGGACTAAAGAAGATTTATCTGATAATCCAT
CATTTATTATAAGTACAGATGTATCGCTTGATAATAAAACTATAATTTCATATTACGAAAAGCGATGGGATATAGAGGTTAGTTATAGATATCATAAAAC
TACTCTTGGGTTTGATGAATTTCAAATTCAATCATTAGAATCAATACATAGATATTGGAGTATGATATTTTTAACATATACTTTCCTCGAGCTTTTCAGA
ATGAAATATGGTAAATTATATAAATTAAAAAATATTGGAGATGTAATATTACACTTCCGAAACAACTATTTGGTAAAAATAGTTGCTTTTGCACATGAAT
GTGCAGATAACGGGATTAGTCTAGAGTCTACTATTTCCAAATTAGGACTAGTAGCTTAAATTTTTCCTATTTACTGCACAAGTCTAG
TGTTAGATTATTGTTCTCAACCAAAATCTAAGGAGATTTATATGCCGACAACAATATTAAACCAAAACCAATTTATTAGCAACTATATTTTAGAGTTAAA
TCTGCCATATTCTTCTGCGATAAAGAATCATATGATAAATTTAACATCTGGAATAATCGTAACCGAAGGAAATAAAACAATTTCCTCAGCTTATAGCAAG
CTTACATCTAATCGACACAGAAGTACTGGTTCAAGATTTCTAAGTTCATATTCATGGAATCATGAATATGTCACGGAGGAACGCATATTTCATGCAATCT
CTGAAATTTCAAATACTTATGAAGACAATGATGTTGGATTCTTAATTATTGATGATACTTTAAGTAAGAAAAATACTTCAACTAAAAAAATCGAAGGTTT
AGATTTTCACAATTCTCATGCAGATGGTAACAAACCAAAGTGGTCACATTGTTTGGTTACATCTCACTATAAGATTAAAGATTATTCTATACCCTTAAAT
TTCAAGCAATATTACCGAAAGGAATCTAGTAAAAATCTATCTAAAAAGTTTTTAGATAAAAATGAGCTTGCAATGAAACTAATAAGTGAATTCACTCCGG
CAACTAAAATCAATTATTTGTTGGTTGATTCATGGTATACTTCAGCAAAAATTTTGCTTCACGGTTTAATTAATGGTTGTCATACTATTGGCAGAATAAA
ATCTAACAGAGTAATATATCCAGCGGGCATTAAAACAAATGTCAAAGAGTTTTCTTCATACATTAGAACTAATGAAACTAGCTTAGTTACAGCTAGTAGC
AACAAGTACTATGTTTATAGATATGAAGGAAAACTTAATGATATAGAAAATGCTGTTGTACTTATAAGTTGGACTAAAGAAGATTTATCTGATAATCCAT
CATTTATTATAAGTACAGATGTATCGCTTGATAATAAAACTATAATTTCATATTACGAAAAGCGATGGGATATAGAGGTTAGTTATAGATATCATAAAAC
TACTCTTGGGTTTGATGAATTTCAAATTCAATCATTAGAATCAATACATAGATATTGGAGTATGATATTTTTAACATATACTTTCCTCGAGCTTTTCAGA
ATGAAATATGGTAAATTATATAAATTAAAAAATATTGGAGATGTAATATTACACTTCCGAAACAACTATTTGGTAAAAATAGTTGCTTTTGCACATGAAT
GTGCAGATAACGGGATTAGTCTAGAGTCTACTATTTCCAAATTAGGACTAGTAGCTTAAATTTTTCCTATTTACTGCACAAGTCTAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1260 bp | 419 aa | 100 | 1359 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLDYCSQPKSKEIYMPTTILNQNQFISNYILELNLPYSSAIKNHMINLTSGIIVTEGNKTISSAYSKLTSNRHRSTGSRFLSSYSWNHEYVTEERIFHAI
SEISNTYEDNDVGFLIIDDTLSKKNTSTKKIEGLDFHNSHADGNKPKWSHCLVTSHYKIKDYSIPLNFKQYYRKESSKNLSKKFLDKNELAMKLISEFTP
ATKINYLLVDSWYTSAKILLHGLINGCHTIGRIKSNRVIYPAGIKTNVKEFSSYIRTNETSLVTASSNKYYVYRYEGKLNDIENAVVLISWTKEDLSDNP
SFIISTDVSLDNKTIISYYEKRWDIEVSYRYHKTTLGFDEFQIQSLESIHRYWSMIFLTYTFLELFRMKYGKLYKLKNIGDVILHFRNNYLVKIVAFAHE
CADNGISLESTISKLGLVA
SEISNTYEDNDVGFLIIDDTLSKKNTSTKKIEGLDFHNSHADGNKPKWSHCLVTSHYKIKDYSIPLNFKQYYRKESSKNLSKKFLDKNELAMKLISEFTP
ATKINYLLVDSWYTSAKILLHGLINGCHTIGRIKSNRVIYPAGIKTNVKEFSSYIRTNETSLVTASSNKYYVYRYEGKLNDIENAVVLISWTKEDLSDNP
SFIISTDVSLDNKTIISYYEKRWDIEVSYRYHKTTLGFDEFQIQSLESIHRYWSMIFLTYTFLELFRMKYGKLYKLKNIGDVILHFRNNYLVKIVAFAHE
CADNGISLESTISKLGLVA
Blast result :
Comments
ISClbu2 is 77% aa similar to ISCth16.
Genome in progress : Accession number : NZ_ABDT01000000 and NZ_ACOM01000005.
Genome in progress : Accession number : NZ_ABDT01000000 and NZ_ACOM01000005.
References
1] ISfinder submission (2012)
2] Paulsen,I. and Sebastian,Y. (2007) Direct submission GenBank.
3] Shrivastava,S., Brinkac,L.B., Brown,J.L., Bruce,D.B., Detter,C., Green,L.D., Munk,C.A., Rogers,Y.C., Tapia,R., Sims,D.R.,
Smith,L.A., Smith,T.J., Sutton,G. and Brettin,T. (2009) Direct submission GenBank.
2] Paulsen,I. and Sebastian,Y. (2007) Direct submission GenBank.
3] Shrivastava,S., Brinkac,L.B., Brown,J.L., Bruce,D.B., Detter,C., Green,L.D., Munk,C.A., Rogers,Y.C., Tapia,R., Sims,D.R.,
Smith,L.A., Smith,T.J., Sutton,G. and Brettin,T. (2009) Direct submission GenBank.