ISEc57

  • Family IS21
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
KT282968 ND Escherichia coli
Escherichia coli plasmid pEC012
DNA section
IS Length : 1960 bp

Ends


IR Length : 23/27

IRL : TGTTAGCGGCAATGTAAAAATGACCCCCCAACAGCATTTGAAAATTGACC
IRR : TGTCAACGGCAATTTAAAACTGACCCCTTTTACCTTAAAACAGCAAAGTA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TGCCGGGCTATGTGCAACGGGAAT4

DNA sequence

TGTTAGCGGCAATGTAAAAATGACCCCCCAACAGCATTTGAAAATTGACCCCCTTGGTTAATATAGTGGTCTTTTTGGACTGCTCAACATGTTAACTTTG
GAGCAAGCAGTGACAATCCAAATACTTCATCAACAAGGTCAATCTATTAAGGCAATTAGCCGCGAACTCGGTATTTCTAGAAATACTGAGCGTAAATATT
TACGATCTCAAGTAACACCTAAATATCAACGAACACAATCTAAAGTGAGTATTCTTGAGCCTTATAAACCGTATTTAATCAAACGTGTAAATGCCGCCGA
TCCAGAATGGATACCGGCTGCAGTGTTGTATCAAGAAATCTTGCAAAAAGGCTACACGGGGAAAATTAGAACACTACAAAATTATCTCAATACATTAAAG
CCAACTAAACAACCAGAGCCGATTAAGCGATTTGAGACTCAACCAGGTCAACAAATGCAGGTTGATTTCACAACAATTCGACGTCATCACACCACATTAA
AAGCATTTGTTGCAACTTTGGGATACTCTAGAGCAACCTTTGTTAAGTTTTATGATCATGAACGTTCTGATGCATGGATTGATGGCTTAGAAAGTGCTTT
TCAGTTCTTTGGTGGTGTTCCTAAAGATGTATTATTTGATAATGCTAAGGCCATTATCATTGAACGTGATGCTTATCAAGATGGTCAACATCGCTGGAAT
GCTAAATTACTTGATTGTGCTAAGAAATATAACTTCCGAGCACGTGTTTGTAAGCCATATCGTGCGCAAACAAAAGGTAAAGTAGAACGCTTTAATAGTT
ATTTGAAATCAAGTTTTATCGTGCCATTAAAAGCAAGTTTAAAGGTGGTTGACCTTAGCTTAGATGTTGATATGGCAAATGCCTATATTGGTCGATGGCT
TAGTGAAACAGCAAATCAACGCATTCATGCAACAACTAAAGAAAAACCAAGTACTCGTTTGCTTGAAGAACAACAATTTTTTTCTTCATTACCTTTATTT
AATGATGGTTCTAAAAAATCTGTAATTGATGATGTTAGCCCATCATCACTCATACCTCATGAGAGTGTTCAACACCCCTTATCAATCTATGATGAATTAC
TGGAGGTTTCTTAATGAATTTACAGTATGAGCGTATTGAACAGCTTTGCCGTCAGCTTGGTCTACAAACAGTGGCATCACAATGGTCACATCATGCACAA
CAAACCTTAGCAAAGGATGGCAGTTATGCAGATTTCGTTGAAGCTATGCTATTACATGAATACACAGCCAAGCAGCAACGTAGTCAACAGATTCTTTTAC
AACTTTCAGGTCTTACTCAAATCAAAACGTTGGAGGCTTATGATTTTAATTATGCTTTAGGTGCTCCAAAGTCGCAGTTGCTTGAACTATTTAATTTAAG
CTTTATTCCAAGAGCTGAAAATGTTGTATTTATTGGTGCAAGTGGTGTTGGGAAAACACATCTATCAATGGCTTTAGGCTATAAGGCAATTATGAATAAT
ATTAAGACTAAGTTTATTACTGCAGCTGATTTAATGTTGCAACTTAGCCTAGCTTATCAACAAGGTAAATTAAAAAACTACATGCAACGTGTTGTACTTG
CTCCAAAGTTATTGATTATCGATGAAATAGGATATTTACCATTTGGTCGTGAAGAAGCAAATTTATTTTTTAATGTTATTGCCAAGCGCTATGAAAAAGG
CAGTACGATTTTGACCAGTAATTTACCATTTAGCCAGTGGTCTAAATCATTCGCAGATGATGTTACTTTGACAGCAGCAATGTTGGATCGTTTATTACAT
CATTGTCATGTTGTACAAATATCTGGGGAAAGTTATCGTCTAAAAGATAAAAAGAGAGTAGGAATTCAACCACAAATTGAGTCTTAATAAATCATCAAAG
GGGTCAATTTTACTTTGCTGTTTTAAGGTAAAAGGGGTCAGTTTTAAATTGCCGTTGACA
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1026 bp341 aa891114+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MLTLEQAVTIQILHQQGQSIKAISRELGISRNTERKYLRSQVTPKYQRTQSKVSILEPYKPYLIKRVNAADPEWIPAAVLYQEILQKGYTGKIRTLQNYL
NTLKPTKQPEPIKRFETQPGQQMQVDFTTIRRHHTTLKAFVATLGYSRATFVKFYDHERSDAWIDGLESAFQFFGGVPKDVLFDNAKAIIIERDAYQDGQ
HRWNAKLLDCAKKYNFRARVCKPYRAQTKGKVERFNSYLKSSFIVPLKASLKVVDLSLDVDMANAYIGRWLSETANQRIHATTKEKPSTRLLEEQQFFSS
LPLFNDGSKKSVIDDVSPSSLIPHESVQHPLSIYDELLEVS

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
774 bp257 aa11141887+No
ORF function : Accessory Gene
AG : IS21 helper

ORF sequence :

MNLQYERIEQLCRQLGLQTVASQWSHHAQQTLAKDGSYADFVEAMLLHEYTAKQQRSQQILLQLSGLTQIKTLEAYDFNYALGAPKSQLLELFNLSFIPR
AENVVFIGASGVGKTHLSMALGYKAIMNNIKTKFITAADLMLQLSLAYQQGKLKNYMQRVVLAPKLLIIDEIGYLPFGREEANLFFNVIAKRYEKGSTIL
TSNLPFSQWSKSFADDVTLTAAMLDRLLHHCHVVQISGESYRLKDKKRVGIQPQIES

 

Blast result :
Comments
ISEc57 is 87% (ORFA : the transposase)and 94% (ORFB : the helper of transposition) aa similar to ISAba8.
References
1] Yu-Shan Pan (2015) Direct submission
2] Laurent Poirel, Wejdene Mansour, Olfa Bouallegue and Patrice Nordmann. AC (2008) 52(5):1613-1617