ISEc57
- Family IS21
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
KT282968 | ND | Escherichia coli | Escherichia coli plasmid pEC012 |
DNA section
IS Length : 1960 bp
Ends
IR Length : 23/27
IRL : TGTTAGCGGCAATGTAAAAATGACCCCCCAACAGCATTTGAAAATTGACC
IRR : TGTCAACGGCAATTTAAAACTGACCCCTTTTACCTTAAAACAGCAAAGTA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TGCCGGGCTA | TGTG | CAACGGGAAT | 4 |
DNA sequence
TGTTAGCGGCAATGTAAAAATGACCCCCCAACAGCATTTGAAAATTGACCCCCTTGGTTAATATAGTGGTCTTTTTGGACTGCTCAACATGTTAACTTTG
GAGCAAGCAGTGACAATCCAAATACTTCATCAACAAGGTCAATCTATTAAGGCAATTAGCCGCGAACTCGGTATTTCTAGAAATACTGAGCGTAAATATT
TACGATCTCAAGTAACACCTAAATATCAACGAACACAATCTAAAGTGAGTATTCTTGAGCCTTATAAACCGTATTTAATCAAACGTGTAAATGCCGCCGA
TCCAGAATGGATACCGGCTGCAGTGTTGTATCAAGAAATCTTGCAAAAAGGCTACACGGGGAAAATTAGAACACTACAAAATTATCTCAATACATTAAAG
CCAACTAAACAACCAGAGCCGATTAAGCGATTTGAGACTCAACCAGGTCAACAAATGCAGGTTGATTTCACAACAATTCGACGTCATCACACCACATTAA
AAGCATTTGTTGCAACTTTGGGATACTCTAGAGCAACCTTTGTTAAGTTTTATGATCATGAACGTTCTGATGCATGGATTGATGGCTTAGAAAGTGCTTT
TCAGTTCTTTGGTGGTGTTCCTAAAGATGTATTATTTGATAATGCTAAGGCCATTATCATTGAACGTGATGCTTATCAAGATGGTCAACATCGCTGGAAT
GCTAAATTACTTGATTGTGCTAAGAAATATAACTTCCGAGCACGTGTTTGTAAGCCATATCGTGCGCAAACAAAAGGTAAAGTAGAACGCTTTAATAGTT
ATTTGAAATCAAGTTTTATCGTGCCATTAAAAGCAAGTTTAAAGGTGGTTGACCTTAGCTTAGATGTTGATATGGCAAATGCCTATATTGGTCGATGGCT
TAGTGAAACAGCAAATCAACGCATTCATGCAACAACTAAAGAAAAACCAAGTACTCGTTTGCTTGAAGAACAACAATTTTTTTCTTCATTACCTTTATTT
AATGATGGTTCTAAAAAATCTGTAATTGATGATGTTAGCCCATCATCACTCATACCTCATGAGAGTGTTCAACACCCCTTATCAATCTATGATGAATTAC
TGGAGGTTTCTTAATGAATTTACAGTATGAGCGTATTGAACAGCTTTGCCGTCAGCTTGGTCTACAAACAGTGGCATCACAATGGTCACATCATGCACAA
CAAACCTTAGCAAAGGATGGCAGTTATGCAGATTTCGTTGAAGCTATGCTATTACATGAATACACAGCCAAGCAGCAACGTAGTCAACAGATTCTTTTAC
AACTTTCAGGTCTTACTCAAATCAAAACGTTGGAGGCTTATGATTTTAATTATGCTTTAGGTGCTCCAAAGTCGCAGTTGCTTGAACTATTTAATTTAAG
CTTTATTCCAAGAGCTGAAAATGTTGTATTTATTGGTGCAAGTGGTGTTGGGAAAACACATCTATCAATGGCTTTAGGCTATAAGGCAATTATGAATAAT
ATTAAGACTAAGTTTATTACTGCAGCTGATTTAATGTTGCAACTTAGCCTAGCTTATCAACAAGGTAAATTAAAAAACTACATGCAACGTGTTGTACTTG
CTCCAAAGTTATTGATTATCGATGAAATAGGATATTTACCATTTGGTCGTGAAGAAGCAAATTTATTTTTTAATGTTATTGCCAAGCGCTATGAAAAAGG
CAGTACGATTTTGACCAGTAATTTACCATTTAGCCAGTGGTCTAAATCATTCGCAGATGATGTTACTTTGACAGCAGCAATGTTGGATCGTTTATTACAT
CATTGTCATGTTGTACAAATATCTGGGGAAAGTTATCGTCTAAAAGATAAAAAGAGAGTAGGAATTCAACCACAAATTGAGTCTTAATAAATCATCAAAG
GGGTCAATTTTACTTTGCTGTTTTAAGGTAAAAGGGGTCAGTTTTAAATTGCCGTTGACA
GAGCAAGCAGTGACAATCCAAATACTTCATCAACAAGGTCAATCTATTAAGGCAATTAGCCGCGAACTCGGTATTTCTAGAAATACTGAGCGTAAATATT
TACGATCTCAAGTAACACCTAAATATCAACGAACACAATCTAAAGTGAGTATTCTTGAGCCTTATAAACCGTATTTAATCAAACGTGTAAATGCCGCCGA
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AAGCATTTGTTGCAACTTTGGGATACTCTAGAGCAACCTTTGTTAAGTTTTATGATCATGAACGTTCTGATGCATGGATTGATGGCTTAGAAAGTGCTTT
TCAGTTCTTTGGTGGTGTTCCTAAAGATGTATTATTTGATAATGCTAAGGCCATTATCATTGAACGTGATGCTTATCAAGATGGTCAACATCGCTGGAAT
GCTAAATTACTTGATTGTGCTAAGAAATATAACTTCCGAGCACGTGTTTGTAAGCCATATCGTGCGCAAACAAAAGGTAAAGTAGAACGCTTTAATAGTT
ATTTGAAATCAAGTTTTATCGTGCCATTAAAAGCAAGTTTAAAGGTGGTTGACCTTAGCTTAGATGTTGATATGGCAAATGCCTATATTGGTCGATGGCT
TAGTGAAACAGCAAATCAACGCATTCATGCAACAACTAAAGAAAAACCAAGTACTCGTTTGCTTGAAGAACAACAATTTTTTTCTTCATTACCTTTATTT
AATGATGGTTCTAAAAAATCTGTAATTGATGATGTTAGCCCATCATCACTCATACCTCATGAGAGTGTTCAACACCCCTTATCAATCTATGATGAATTAC
TGGAGGTTTCTTAATGAATTTACAGTATGAGCGTATTGAACAGCTTTGCCGTCAGCTTGGTCTACAAACAGTGGCATCACAATGGTCACATCATGCACAA
CAAACCTTAGCAAAGGATGGCAGTTATGCAGATTTCGTTGAAGCTATGCTATTACATGAATACACAGCCAAGCAGCAACGTAGTCAACAGATTCTTTTAC
AACTTTCAGGTCTTACTCAAATCAAAACGTTGGAGGCTTATGATTTTAATTATGCTTTAGGTGCTCCAAAGTCGCAGTTGCTTGAACTATTTAATTTAAG
CTTTATTCCAAGAGCTGAAAATGTTGTATTTATTGGTGCAAGTGGTGTTGGGAAAACACATCTATCAATGGCTTTAGGCTATAAGGCAATTATGAATAAT
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CTCCAAAGTTATTGATTATCGATGAAATAGGATATTTACCATTTGGTCGTGAAGAAGCAAATTTATTTTTTAATGTTATTGCCAAGCGCTATGAAAAAGG
CAGTACGATTTTGACCAGTAATTTACCATTTAGCCAGTGGTCTAAATCATTCGCAGATGATGTTACTTTGACAGCAGCAATGTTGGATCGTTTATTACAT
CATTGTCATGTTGTACAAATATCTGGGGAAAGTTATCGTCTAAAAGATAAAAAGAGAGTAGGAATTCAACCACAAATTGAGTCTTAATAAATCATCAAAG
GGGTCAATTTTACTTTGCTGTTTTAAGGTAAAAGGGGTCAGTTTTAAATTGCCGTTGACA
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1026 bp | 341 aa | 89 | 1114 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLTLEQAVTIQILHQQGQSIKAISRELGISRNTERKYLRSQVTPKYQRTQSKVSILEPYKPYLIKRVNAADPEWIPAAVLYQEILQKGYTGKIRTLQNYL
NTLKPTKQPEPIKRFETQPGQQMQVDFTTIRRHHTTLKAFVATLGYSRATFVKFYDHERSDAWIDGLESAFQFFGGVPKDVLFDNAKAIIIERDAYQDGQ
HRWNAKLLDCAKKYNFRARVCKPYRAQTKGKVERFNSYLKSSFIVPLKASLKVVDLSLDVDMANAYIGRWLSETANQRIHATTKEKPSTRLLEEQQFFSS
LPLFNDGSKKSVIDDVSPSSLIPHESVQHPLSIYDELLEVS
NTLKPTKQPEPIKRFETQPGQQMQVDFTTIRRHHTTLKAFVATLGYSRATFVKFYDHERSDAWIDGLESAFQFFGGVPKDVLFDNAKAIIIERDAYQDGQ
HRWNAKLLDCAKKYNFRARVCKPYRAQTKGKVERFNSYLKSSFIVPLKASLKVVDLSLDVDMANAYIGRWLSETANQRIHATTKEKPSTRLLEEQQFFSS
LPLFNDGSKKSVIDDVSPSSLIPHESVQHPLSIYDELLEVS
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
774 bp | 257 aa | 1114 | 1887 | + | No |
AG : IS21 helper
ORF sequence :
MNLQYERIEQLCRQLGLQTVASQWSHHAQQTLAKDGSYADFVEAMLLHEYTAKQQRSQQILLQLSGLTQIKTLEAYDFNYALGAPKSQLLELFNLSFIPR
AENVVFIGASGVGKTHLSMALGYKAIMNNIKTKFITAADLMLQLSLAYQQGKLKNYMQRVVLAPKLLIIDEIGYLPFGREEANLFFNVIAKRYEKGSTIL
TSNLPFSQWSKSFADDVTLTAAMLDRLLHHCHVVQISGESYRLKDKKRVGIQPQIES
AENVVFIGASGVGKTHLSMALGYKAIMNNIKTKFITAADLMLQLSLAYQQGKLKNYMQRVVLAPKLLIIDEIGYLPFGREEANLFFNVIAKRYEKGSTIL
TSNLPFSQWSKSFADDVTLTAAMLDRLLHHCHVVQISGESYRLKDKKRVGIQPQIES
Blast result :
Comments
ISEc57 is 87% (ORFA : the transposase)and 94% (ORFB : the helper of transposition) aa similar to ISAba8.
References
1] Yu-Shan Pan (2015) Direct submission
2] Laurent Poirel, Wejdene Mansour, Olfa Bouallegue and Patrice Nordmann. AC (2008) 52(5):1613-1617
2] Laurent Poirel, Wejdene Mansour, Olfa Bouallegue and Patrice Nordmann. AC (2008) 52(5):1613-1617