ISCca3
- Family IS5
- Group IS5
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CBQZ010000001 | ND | Candidatus Cardinium | Candidatus Cardinium hertigii BtQ-VLC Cardinium endosymbiont cBtQ1 of Bemisia tabaci, WGS project CBQZ00000000, contig |
DNA section
IS Length : 1286 bp
Ends
IR Length : 17
IRL : GAGACCGTTGCAATAGACTTTTAAGATTTGTATTAAACAAGTACTTTTAT
IRR : GAGACCGTTGCAATAGATAGTTATTGTAATTTTTGATAAGTTTCTAGTGT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TGAAATAAAT | AATCT | ATGGGTGGAA | 5 |
ACAGGTTGTT | ATTTT | ATGGATTCAA | 5 |
ATTCGTAATC | AAATT | ATATAATTAT | 5 |
DNA sequence
GAGACCGTTGCAATAGACTTTTAAGATTTGTATTAAACAAGTACTTTTATATTTATGAAATAGTTAATTTTTAGTTTTTATATGAAAGTTTTTATTTAGT
TTTTTGATGATATAGTTATGGCAATAAAAACAAGTAGCCAGTTATCTTTTGGAGATATATCAGCTAGTCTCCGTAAATGCAAGCATACTTTTTTTAATCA
AATAAATAATCTAATTAATTGGTCATCAGTAGAAAAAGAGCTTTGTATTTATTATCCGAAAGGCTTACGTTTGTCAGGCAAACCTGCCTATAGTCCCCTT
CTTTTATTTAAAATGCTTTTGCTTGAACAGTGGTATGGATTAAGTGACTACCAAGTCGAAGAAGAGGTAAATGATCGTATTACATTTAGCAGGTTTTGTG
GTATATCGATGGATAATTCAGTTCCAGATCATAGTGTATTAAGCAGATTTAGGACTGCTCTTACGGAAAAGAAGGCTTTAGATAGGTTATTAACAATAAT
TAATAATCAGTTATCGAGTCATGGTGTACTGGTTCAACATGGTGCAGTTATTGACGCCTCTATAACGCCTACTTCTAGAGGTCCCAAAGGTAAAAAAAGC
TATAATTTGCATGAAGATGGTACTATATCGGTATCCCATAGTTATCAAAAAGGGGTAGATCAAGAAGCTAGTTGGACCAAAAAAGGTCATGATCTTTACT
ATGGCTATAAACGCCATGTCCTTGTAGAAAGTAAAGAAGGTTTAGTGCTGGCAGTCAGTACCACAAAGGCATCTAATCATGATGGTGCCCATTTACCCAT
ATTATTGGATAAAGTATCCTTAAAAGCAGGCAGCAGGCTCTATGGAGATAAAGGCTATAGCGGGTTACCGAACGAAACTTTATTAAAGAAAAAAAGCTTA
AAATCAGCTATTCAAAAGAAAGCTACTAAAAACCATCCCTTATCACCTACTGCTAAACGTTTCAATAAATTGGTATCCAAGACGCGCTATAAAGTAGAGC
GGGTATTTGGTAATATTAAGCGTTGGTTCCGTAGTGCAGGAGCTCGTTATATAGGACTGGAAAAAACCCATACGCAACATGTTATGGAAGCTATAGCCTA
TAATTTATATAGGGCCCCAAATATCATTTTAAAGGGTTTTTAGGGGGATGGTATATCTAAAATGAACAAAAATTAACTTGAAAATCAATAAATAATGATT
TTTATGCATCCTTAACCATAAAAACCACAAAAAATAACACTAGAAACTTATCAAAAATTACAATAACTATCTATTGCAACGGTCTC
TTTTTGATGATATAGTTATGGCAATAAAAACAAGTAGCCAGTTATCTTTTGGAGATATATCAGCTAGTCTCCGTAAATGCAAGCATACTTTTTTTAATCA
AATAAATAATCTAATTAATTGGTCATCAGTAGAAAAAGAGCTTTGTATTTATTATCCGAAAGGCTTACGTTTGTCAGGCAAACCTGCCTATAGTCCCCTT
CTTTTATTTAAAATGCTTTTGCTTGAACAGTGGTATGGATTAAGTGACTACCAAGTCGAAGAAGAGGTAAATGATCGTATTACATTTAGCAGGTTTTGTG
GTATATCGATGGATAATTCAGTTCCAGATCATAGTGTATTAAGCAGATTTAGGACTGCTCTTACGGAAAAGAAGGCTTTAGATAGGTTATTAACAATAAT
TAATAATCAGTTATCGAGTCATGGTGTACTGGTTCAACATGGTGCAGTTATTGACGCCTCTATAACGCCTACTTCTAGAGGTCCCAAAGGTAAAAAAAGC
TATAATTTGCATGAAGATGGTACTATATCGGTATCCCATAGTTATCAAAAAGGGGTAGATCAAGAAGCTAGTTGGACCAAAAAAGGTCATGATCTTTACT
ATGGCTATAAACGCCATGTCCTTGTAGAAAGTAAAGAAGGTTTAGTGCTGGCAGTCAGTACCACAAAGGCATCTAATCATGATGGTGCCCATTTACCCAT
ATTATTGGATAAAGTATCCTTAAAAGCAGGCAGCAGGCTCTATGGAGATAAAGGCTATAGCGGGTTACCGAACGAAACTTTATTAAAGAAAAAAAGCTTA
AAATCAGCTATTCAAAAGAAAGCTACTAAAAACCATCCCTTATCACCTACTGCTAAACGTTTCAATAAATTGGTATCCAAGACGCGCTATAAAGTAGAGC
GGGTATTTGGTAATATTAAGCGTTGGTTCCGTAGTGCAGGAGCTCGTTATATAGGACTGGAAAAAACCCATACGCAACATGTTATGGAAGCTATAGCCTA
TAATTTATATAGGGCCCCAAATATCATTTTAAAGGGTTTTTAGGGGGATGGTATATCTAAAATGAACAAAAATTAACTTGAAAATCAATAAATAATGATT
TTTATGCATCCTTAACCATAAAAACCACAAAAAATAACACTAGAAACTTATCAAAAATTACAATAACTATCTATTGCAACGGTCTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1026 bp | 341 aa | 118 | 1143 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MAIKTSSQLSFGDISASLRKCKHTFFNQINNLINWSSVEKELCIYYPKGLRLSGKPAYSPLLLFKMLLLEQWYGLSDYQVEEEVNDRITFSRFCGISMDN
SVPDHSVLSRFRTALTEKKALDRLLTIINNQLSSHGVLVQHGAVIDASITPTSRGPKGKKSYNLHEDGTISVSHSYQKGVDQEASWTKKGHDLYYGYKRH
VLVESKEGLVLAVSTTKASNHDGAHLPILLDKVSLKAGSRLYGDKGYSGLPNETLLKKKSLKSAIQKKATKNHPLSPTAKRFNKLVSKTRYKVERVFGNI
KRWFRSAGARYIGLEKTHTQHVMEAIAYNLYRAPNIILKGF
SVPDHSVLSRFRTALTEKKALDRLLTIINNQLSSHGVLVQHGAVIDASITPTSRGPKGKKSYNLHEDGTISVSHSYQKGVDQEASWTKKGHDLYYGYKRH
VLVESKEGLVLAVSTTKASNHDGAHLPILLDKVSLKAGSRLYGDKGYSGLPNETLLKKKSLKSAIQKKATKNHPLSPTAKRFNKLVSKTRYKVERVFGNI
KRWFRSAGARYIGLEKTHTQHVMEAIAYNLYRAPNIILKGF
Blast result :
Comments
ISCca3 is 56% aa similar to ISPg8.
References
1] Santos-Garcia D, Rollat-Farnier PA, Beitia F, Zchori-Fein E, Vavre F, Mouton L, Moya A, Latorre A, Silva FJ. (2014) Genome Biol Evol. Apr 10
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission
2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission