ISCca3

  • Family IS5
  • Group IS5
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CBQZ010000001 ND Candidatus Cardinium
Candidatus Cardinium hertigii BtQ-VLC
Cardinium endosymbiont cBtQ1 of Bemisia tabaci, WGS project CBQZ00000000, contig
DNA section
IS Length : 1286 bp

Ends


IR Length : 17

IRL : GAGACCGTTGCAATAGACTTTTAAGATTTGTATTAAACAAGTACTTTTAT
IRR : GAGACCGTTGCAATAGATAGTTATTGTAATTTTTGATAAGTTTCTAGTGT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TGAAATAAATAATCTATGGGTGGAA5
ACAGGTTGTTATTTTATGGATTCAA5
ATTCGTAATCAAATTATATAATTAT5

DNA sequence

GAGACCGTTGCAATAGACTTTTAAGATTTGTATTAAACAAGTACTTTTATATTTATGAAATAGTTAATTTTTAGTTTTTATATGAAAGTTTTTATTTAGT
TTTTTGATGATATAGTTATGGCAATAAAAACAAGTAGCCAGTTATCTTTTGGAGATATATCAGCTAGTCTCCGTAAATGCAAGCATACTTTTTTTAATCA
AATAAATAATCTAATTAATTGGTCATCAGTAGAAAAAGAGCTTTGTATTTATTATCCGAAAGGCTTACGTTTGTCAGGCAAACCTGCCTATAGTCCCCTT
CTTTTATTTAAAATGCTTTTGCTTGAACAGTGGTATGGATTAAGTGACTACCAAGTCGAAGAAGAGGTAAATGATCGTATTACATTTAGCAGGTTTTGTG
GTATATCGATGGATAATTCAGTTCCAGATCATAGTGTATTAAGCAGATTTAGGACTGCTCTTACGGAAAAGAAGGCTTTAGATAGGTTATTAACAATAAT
TAATAATCAGTTATCGAGTCATGGTGTACTGGTTCAACATGGTGCAGTTATTGACGCCTCTATAACGCCTACTTCTAGAGGTCCCAAAGGTAAAAAAAGC
TATAATTTGCATGAAGATGGTACTATATCGGTATCCCATAGTTATCAAAAAGGGGTAGATCAAGAAGCTAGTTGGACCAAAAAAGGTCATGATCTTTACT
ATGGCTATAAACGCCATGTCCTTGTAGAAAGTAAAGAAGGTTTAGTGCTGGCAGTCAGTACCACAAAGGCATCTAATCATGATGGTGCCCATTTACCCAT
ATTATTGGATAAAGTATCCTTAAAAGCAGGCAGCAGGCTCTATGGAGATAAAGGCTATAGCGGGTTACCGAACGAAACTTTATTAAAGAAAAAAAGCTTA
AAATCAGCTATTCAAAAGAAAGCTACTAAAAACCATCCCTTATCACCTACTGCTAAACGTTTCAATAAATTGGTATCCAAGACGCGCTATAAAGTAGAGC
GGGTATTTGGTAATATTAAGCGTTGGTTCCGTAGTGCAGGAGCTCGTTATATAGGACTGGAAAAAACCCATACGCAACATGTTATGGAAGCTATAGCCTA
TAATTTATATAGGGCCCCAAATATCATTTTAAAGGGTTTTTAGGGGGATGGTATATCTAAAATGAACAAAAATTAACTTGAAAATCAATAAATAATGATT
TTTATGCATCCTTAACCATAAAAACCACAAAAAATAACACTAGAAACTTATCAAAAATTACAATAACTATCTATTGCAACGGTCTC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1026 bp341 aa1181143+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MAIKTSSQLSFGDISASLRKCKHTFFNQINNLINWSSVEKELCIYYPKGLRLSGKPAYSPLLLFKMLLLEQWYGLSDYQVEEEVNDRITFSRFCGISMDN
SVPDHSVLSRFRTALTEKKALDRLLTIINNQLSSHGVLVQHGAVIDASITPTSRGPKGKKSYNLHEDGTISVSHSYQKGVDQEASWTKKGHDLYYGYKRH
VLVESKEGLVLAVSTTKASNHDGAHLPILLDKVSLKAGSRLYGDKGYSGLPNETLLKKKSLKSAIQKKATKNHPLSPTAKRFNKLVSKTRYKVERVFGNI
KRWFRSAGARYIGLEKTHTQHVMEAIAYNLYRAPNIILKGF

 

Blast result :
Comments
ISCca3 is 56% aa similar to ISPg8.
References
1] Santos-Garcia D, Rollat-Farnier PA, Beitia F, Zchori-Fein E, Vavre F, Mouton L, Moya A, Latorre A, Silva FJ. (2014) Genome Biol Evol. Apr 10

2] Santos-Garcia D. (2012) Direct submission