ISGva2
- Family IS256
- Group IS1249
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_017456 | ND | Gardnerella vaginalis | Gardnerella vaginalis ATCC 14019 Gardnerella vaginalis HMP9231 |
DNA section
IS Length : 1395 bp
Ends
IR Length : 26
IRL : GGGTTATAGGCCAAAAAGTGTGTAAGAAATCATGTCTCACGCATTGCAAT
IRR : GGGTTATAGGCCAAAAAGTGTGTAAGGCTAAGCTGATGAATATTCTGGAA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| ACAAGCGTTT | TTAATATTCA | 0 | |
| GAGTTCGACGCTAAGCTGCT | TATATTTTGATGCATAGGCA | 0 | |
| TTCCCCAAAATATTAATATT | CCTTTCCGTTAAAAGTGAAA | 0 | |
| TTAGCAAGCTCT | TCCTTCAA | AGCCTTAAGATT | 8 |
| CAAAAACAAGCC | AAAACGTT | GATATTTCAAGG | 8 |
| CGCAAAAGAC | CTGATGAGTT | 0 |
DNA sequence
GGGTTATAGGCCAAAAAGTGTGTAAGAAATCATGTCTCACGCATTGCAATACAAGCGTTTTGCGGTAATCGAATCTGTTTTCTGCACATTCGCCACCCGG
ACAAAAAGTGTGTAAAAAATCAGCTCATAACCCTTATGGCAGTAGGGCTCGTTGTATATCGAATGTGGGTTATTCTTCATTTGTATGAATAACCCACTAT
GCAATAACTGTCATCATAAAATGAGCAAGAATGGTCACACCAATGCTGGCACTACTAGATACCGTTGTACTAACTGTGGGGCTTCTAAAAGTAGAGCGTA
TGATAAACAATCAAACGATTTAACAGTTAGTTTAAATTGGCTTTTATCTAATAAGACTCAGGATAAGTATTCATACGATTTCTCAGCCCGTACCTTAAGA
CGTAAGAATAAGCTTTTATGGGACTTATGGCCGCAAGTACCATTCGTGGATGAAGTTTATGATTACATTCATGTTGATGGTATTCATTTAGGACGTAAAT
CTGTAGTATTAATCGCTTACTCTGGGAAACATGTTTTAGGCTGGTACGTGGCTCGTAGTGAGAATAGTCGCGCGTGGGGTTATCTCATGCAGCGTATTGC
GGAACCGCTAGTAGTAGTTTGTGATGGTTCTGGTGGTATTCGTAAAGCAGTAAAAACATATTGGCCTAATACGAAAATACAACGTTGCTTGTTCCATATA
GGTCTTAACATTAAAGCTTTAACTGGAGTTAATTCTCGTCTTACTCCTGGTAAGCAATTACTATCATTAGCTAACATTGTTTCTGACATAAAAACAGAAA
ATCAAGCTCGTCATTGGCTTATTTCTTACAATAATTGGGTGAATACTTGGAGTGATTTTCTTAAAGAGAAAAGCAAGTATTGTGATGGTAGTATTGCTGA
TACTCATCAAAGACTAGTTCGTGCTAAATCAATGATTGATAGGCGTATTCATGAGGGTTATATGTTTACTTTTCTTAGCCCTCCAGAAGATTGCACTCAT
CCTATTCCACCAACTAATAATGCTATTGAATCAATGAATAGTAGAATTCGCGCTATGCTACGTAATCATCGTGGATTAAGCTTGTTAAAACGTATACACG
CTATATGCTGGTGGTGTTATTTAAACACGAGTAAGCCAAGAGATAAGTCTTGGATAGTCACTCATTCTTTTACTAGTAAACGTATAGAACAACTCTATAG
GCAAGCTTGGGAGCGTTCTAATCAAGGATTATCTGAAGTATTTGGAATACCAGCAAGATATGGTACTGGTGTTGATTGGAATGAGTTCCATAAGAGTCGT
GAATACTACCAGTAATTATCAAAAAGCTAAGCTGATTACTTCTATTTCCAGAATATTCATCAGCTTAGCCTTACACACTTTTTGGCCTATAACCC
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GAATACTACCAGTAATTATCAAAAAGCTAAGCTGATTACTTCTATTTCCAGAATATTCATCAGCTTAGCCTTACACACTTTTTGGCCTATAACCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1131 bp | 376 aa | 185 | 1315 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNNPLCNNCHHKMSKNGHTNAGTTRYRCTNCGASKSRAYDKQSNDLTVSLNWLLSNKTQDKYSYDFSARTLRRKNKLLWDLWPQVPFVDEVYDYIHVDGI
HLGRKSVVLIAYSGKHVLGWYVARSENSRAWGYLMQRIAEPLVVVCDGSGGIRKAVKTYWPNTKIQRCLFHIGLNIKALTGVNSRLTPGKQLLSLANIVS
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Blast result :
Comments
ISGva2 is 57% aa similar to ISAod1.
References
1] ISfinder annotation (2013)
2] Durkin,A.S., Kim,M.K., Hostetler,J., Torralba,M., Gillis,M., Methe,B., Sutton,G. and Nelson,K.E. (2011) Direct submission GenBank.
2] Durkin,A.S., Kim,M.K., Hostetler,J., Torralba,M., Gillis,M., Methe,B., Sutton,G. and Nelson,K.E. (2011) Direct submission GenBank.