ISRisp1
- Family ISAzo13
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_019678 | ND | Rivularia sp. | Rivularia sp. PCC 7116 |
DNA section
IS Length : 1333 bp
Ends
IR Length : 36/38
IRL : GGAATCATGTAAAAATAACTTGAACAATTAGCCAGAAAGTTAAATAATTA
IRR : GGATTCATGTAAAAATAACTTGAACAATTAACCAGAAATCTGCGGTTTAA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| CCATAATTAA | TTATGGTTTA | 0 | |
| GTTTATGAAT | TAA | GTAAATATGC | 3 |
DNA sequence
GGAATCATGTAAAAATAACTTGAACAATTAGCCAGAAAGTTAAATAATTATAATGTAGTGTAAATTGCAGTGTTAGATGCCTGATAATCACAAAGTTAAA
ATAATTCAAGACAAATATGATTCTTTATCTCCTTATCTGAACGAGAAAACACGGCGTATCTGGGCAGCAATTGAAGCCCAAAGCCTTGGGTGGGGAGGTG
TAACAGCAGTTGCGATCGCAACTGGTTTATCTCGAACTACAATTCATAGTGGAATTGATTTGCTGTCAAAATTGGATGAAGTAAAAACGGAGGATGAGAG
TACTCGAATCCGCACAGTAGGTGGTGGACGGAAACTGCTCGAAGAAAAAGATGCGATGCTGCTATCAGATTTAGAATCATTGCTTGAACCAATGACTTTA
GGAGACCCAGAATCACCGATAAAATGGACGAATAAAAGTGTTGTAAAACTTGCTGCTGCACTTAAGGAGGGAGGGCATAGTATTAGTCCAAAAAGTGTTT
ACAACTTACTTGAATCTCTTGGCTACAGCCTACAATCAAATCGTAAGACTCGTGATGGTTCATCTCATGAGGATAGAGACGACCAGTTTTTATATATTTC
TAACCAAGTCAAATATTTTCAGTCCCACAACGAACCTGTAATTTCAGTTGATACTAAGAAAAAAGAGTTAATCGGAAACTTTAAAAATCCTGGAACTGAA
TGGTGTGACTCCGAACAGCCAGTTGAAGTAAGGATGCATGACTTTGTTGACCCTAACGCCGGTAAGGCAATTCCCTATGGAATTTATGATCTAACCTTAA
ATAAAGGATGGGTTAATGTCGGCATTGACCATGACACCGCAGAGTTTGCGGTCGAGTCTATTCGCCATTGGTGGTACTCAATGGGTAATCTTTTATATCC
AAAGTCTGAGCATATAATGATTACAGCAGATTCGGGTGGTAGCAATAGTTATCGTTCTCGACTATGGAAGTTAAAGCTGCAAGAGTTTGCAACCGAAATT
GGTAAAAGTATTCATGTTTGCCATTTTCCTCCTGGTACAAGTAAATGGAACAAAATAGAGCATCGTTTATTTTGTCACATCACAACTAACTGGCGAGGTC
GACCATTAACTAGCTTACAAGTAGTGATTAATCTGATTGGCAATACTACCACTACACAGGGCTTGGTTGTCGAAGCTCGACTAGACGAAAACCTCTATCA
AACAGGAATTAAAGTTACAGATAAAGAGCTTGATAATATTGCCATTGAACGAAACTCTTTTCATGGTGAGTGGAACTACATTATTAAACCGCAGATTTCT
GGTTAATTGTTCAAGTTATTTTTACATGAATCC
ATAATTCAAGACAAATATGATTCTTTATCTCCTTATCTGAACGAGAAAACACGGCGTATCTGGGCAGCAATTGAAGCCCAAAGCCTTGGGTGGGGAGGTG
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AACAGGAATTAAAGTTACAGATAAAGAGCTTGATAATATTGCCATTGAACGAAACTCTTTTCATGGTGAGTGGAACTACATTATTAAACCGCAGATTTCT
GGTTAATTGTTCAAGTTATTTTTACATGAATCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1230 bp | 409 aa | 77 | 1306 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MPDNHKVKIIQDKYDSLSPYLNEKTRRIWAAIEAQSLGWGGVTAVAIATGLSRTTIHSGIDLLSKLDEVKTEDESTRIRTVGGGRKLLEEKDAMLLSDLE
SLLEPMTLGDPESPIKWTNKSVVKLAAALKEGGHSISPKSVYNLLESLGYSLQSNRKTRDGSSHEDRDDQFLYISNQVKYFQSHNEPVISVDTKKKELIG
NFKNPGTEWCDSEQPVEVRMHDFVDPNAGKAIPYGIYDLTLNKGWVNVGIDHDTAEFAVESIRHWWYSMGNLLYPKSEHIMITADSGGSNSYRSRLWKLK
LQEFATEIGKSIHVCHFPPGTSKWNKIEHRLFCHITTNWRGRPLTSLQVVINLIGNTTTTQGLVVEARLDENLYQTGIKVTDKELDNIAIERNSFHGEWN
YIIKPQISG
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YIIKPQISG
Blast result :
Comments
ISRisp1 is 89% aa similar to ISNpu10.
References
1] ISfinder submission (2012)
2] Gugger,M., Coursin,T., Rippka,R., Tandeau De Marsac,N., Huntemann,M., Wei,C.-L., Han,J., Detter,J.C., Han,C., Tapia,R., Davenport,K., Daligault,H., Erkkila,T., Gu,W., Munk,A.C.C., Teshima,H., Xu,Y., Chain,P., Chen,A., Krypides,N., Mavromatis,K., Markowitz,V., Szeto,E., Ivanova,N., Mikhailova,N., Ovchinnikova,G., Pagani,I., Pati,A., Goodwin,L., Peters,L., Pitluck,S., Woyke,T. and Kerfeld,C. (2012) Direct submission GenBank.
2] Gugger,M., Coursin,T., Rippka,R., Tandeau De Marsac,N., Huntemann,M., Wei,C.-L., Han,J., Detter,J.C., Han,C., Tapia,R., Davenport,K., Daligault,H., Erkkila,T., Gu,W., Munk,A.C.C., Teshima,H., Xu,Y., Chain,P., Chen,A., Krypides,N., Mavromatis,K., Markowitz,V., Szeto,E., Ivanova,N., Mikhailova,N., Ovchinnikova,G., Pagani,I., Pati,A., Goodwin,L., Peters,L., Pitluck,S., Woyke,T. and Kerfeld,C. (2012) Direct submission GenBank.