ISCbo5
- Family IS1182
- Group
Isoform Synonym(s) ISbma2
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_015425 | ND | Clostridium botulinum | Clostridium botulinum BKT015925 Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p3BKT015925 |
DNA section
IS Length : 1613 bp
Ends
IR Length : 11/15
IRL : CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACA
IRR : CAGATTGTTCAAAAAGCCTCCATGTAATTGGAGGCTTTTACTTTCGTCAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AGATTAAAAA | AGCTCACACAAAATTGTGTGAGCT | TTTTATTATT | 24 |
ATATATAAAT | AAAAATGCTACTGATAATTTATCAGTAGCATTTTT | GTGATGCTTA | 35 |
AAATATATAG | AACTAGGAAGATACTTTCCTAGTT | CTTATTGTAT | 24 |
AGATAAATAA | AAATATCCACCAAATGGTGGATATTT | TTTTATATAT | 26 |
CTAATAAAAC | ACCATTTAGTATTACCTAAATGGT | GTTTTATTAG | 24 |
CAAAAGAAAA | AAGGATGCTACGAAGTAGCATCCTT | TTTACGTCAG | 25 |
TCATTAGAAT | ACATTCTAAT | 0 | |
TATAAAAAAT | AGATGTGTTTAAACACATCT | ATTTTAATAT | 20 |
CTAAAAATAC | AGTACATAAAGTACT | GTATTTTTAT | 15 |
ATTTAATAAA | AGCCCCTTATTTTCATAAGGGGCT | TTTATTTTGT | 24 |
GTATTATAAA | AAGCCATTATACATATGTATAATGGCTT | TTTAAGTAAT | 28 |
ATAAATAAAC | AAGCTATTGATTATTTCAATAGCTT | GTTTATTTAT | 25 |
TATATACCTT | AGAATAAAAAGTGTTGATAATTAATTATCAACACTTTTTATTCTA | TAACTTAAAT | 45 |
TTTTTATATA | ACTGTTGACA | 0 | |
TAAGTTTTAA | AGTAAAGATAGCACACCTTATAGGTGTGCT | ATCTTTACTC | 30 |
DNA sequence
CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACAAAAAGGATATCTCCTACTTCTGTAGAATATATATTTAGACCAATAAATTA
TTTAGCCCGTTAGGGCTCCTACGGAGGCAAAATGCTTACTAATAATGAGAGAAAACAAAATCAATTAGAACTGGTTTATATAGAAAACTTAGTACCAGAA
AATCATATACTTAGAAAAATAGATAAATTCATAGACTTTTCGTTTATACGAGATTTAACTAAGGATTTATATTGTCCTGACAATGGTAGACCATCAGTAG
ATCCAGTTGTGTTATTTAAAATGCTTTTTATTGGATACCTATTCGGTATACGCTCTGAGCGTCAGCTCGTAAAGGAAATACAAGTAAATGTAGCTTATAG
GTGGTTCTTAGGATATGGACTTACTGATAAAATACCAAGCCATTCTACCATAAGTCAAAATAGAACAAAGAGATTCAATGATACAAATATACATCAAGAA
ATATTTGATAACATTGTATTTCAAGCGATTAATAGAAATTTAGTCGATGGCAAAATTTTATACACTGATTCTACCCATCTAAAAGCTAACGCTAATAAAC
ATAAACTTATAAAAAAAGAAATAACTAAATCTACAAAGGAATACTTTGATGAATTAGAAAAAGATATTAATAAAGATAGAATTAATCATAATAAAAAGCC
TCTAAAAAAAGACCTAAAAACATCTGAAACCAAAGAAATAAAAGTAAGTACAACTGATCCAGACAGTGGATATATGGTTAGGGACGGAAAACCAAAAGGT
TTTTTTTATTTAGATCATAGAACTGTTGACGGAAAATATAATATTATAACTGATGTTCATGTAACTCCAGGTAATATTAATGATGTAGATCCTTATGTTA
AAAGAATAGAGACGCAAATAAAAAAGTTTAATTTTAATACAAAGTATTTAGTAGCTGATGCTGGTTATTCTACAAATCCTATTTGTAAGCAAGTTTCAGA
AAAAAATTATCAAGGTGTTTTTGGTTTCCGTTTAGGACCTCATGTTAAAGAAAAGTATACTAAATATAGATTTCAATATATTAAAGAATTAGATGGATAT
GTATGTATGAATAACTTCTTTTTAAAATACAAAACCACTACAAGAAGCGGATATAAAGAATATGTTAGTAATGCGGATGAATGTGCTTCATGCAAATATA
AAAATAATTGCTTAACATCTGATAAATCAATTAACAGAACTATACGTCGTCATGTTTGGGAAGATTATAAGGATCAAATTTTTGCATTTACTAAAACTGA
AAAAGGTAAAAGTATTTATAAAAAACGTAAAGAAAAAATTGAGCGTAGCTTTGCTGATTCAAAAGAATTACATGGGCTGCGCTATTGTCGCATGCGAGGA
ATTAAAAATGTTTCCGAGCAATGCTTACTTACAGCAGCAGTTCAGAATATGAAAAAGATAGCCATGGTGCTATCGCACTATTTTTCGTATGATTTAATTG
AAATTTATACCAAATCATTACACAAAACTAGCAACTTTTTAAATGCTATCGCATAAAAGATATTTGACGAAAGTAAAAGCCTCCAATTACATGGAGGCTT
TTTGAACAATCTG
TTTAGCCCGTTAGGGCTCCTACGGAGGCAAAATGCTTACTAATAATGAGAGAAAACAAAATCAATTAGAACTGGTTTATATAGAAAACTTAGTACCAGAA
AATCATATACTTAGAAAAATAGATAAATTCATAGACTTTTCGTTTATACGAGATTTAACTAAGGATTTATATTGTCCTGACAATGGTAGACCATCAGTAG
ATCCAGTTGTGTTATTTAAAATGCTTTTTATTGGATACCTATTCGGTATACGCTCTGAGCGTCAGCTCGTAAAGGAAATACAAGTAAATGTAGCTTATAG
GTGGTTCTTAGGATATGGACTTACTGATAAAATACCAAGCCATTCTACCATAAGTCAAAATAGAACAAAGAGATTCAATGATACAAATATACATCAAGAA
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AAAAAATTATCAAGGTGTTTTTGGTTTCCGTTTAGGACCTCATGTTAAAGAAAAGTATACTAAATATAGATTTCAATATATTAAAGAATTAGATGGATAT
GTATGTATGAATAACTTCTTTTTAAAATACAAAACCACTACAAGAAGCGGATATAAAGAATATGTTAGTAATGCGGATGAATGTGCTTCATGCAAATATA
AAAATAATTGCTTAACATCTGATAAATCAATTAACAGAACTATACGTCGTCATGTTTGGGAAGATTATAAGGATCAAATTTTTGCATTTACTAAAACTGA
AAAAGGTAAAAGTATTTATAAAAAACGTAAAGAAAAAATTGAGCGTAGCTTTGCTGATTCAAAAGAATTACATGGGCTGCGCTATTGTCGCATGCGAGGA
ATTAAAAATGTTTCCGAGCAATGCTTACTTACAGCAGCAGTTCAGAATATGAAAAAGATAGCCATGGTGCTATCGCACTATTTTTCGTATGATTTAATTG
AAATTTATACCAAATCATTACACAAAACTAGCAACTTTTTAAATGCTATCGCATAAAAGATATTTGACGAAAGTAAAAGCCTCCAATTACATGGAGGCTT
TTTGAACAATCTG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1425 bp | 474 aa | 132 | 1556 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLTNNERKQNQLELVYIENLVPENHILRKIDKFIDFSFIRDLTKDLYCPDNGRPSVDPVVLFKMLFIGYLFGIRSERQLVKEIQVNVAYRWFLGYGLTDK
IPSHSTISQNRTKRFNDTNIHQEIFDNIVFQAINRNLVDGKILYTDSTHLKANANKHKLIKKEITKSTKEYFDELEKDINKDRINHNKKPLKKDLKTSET
KEIKVSTTDPDSGYMVRDGKPKGFFYLDHRTVDGKYNIITDVHVTPGNINDVDPYVKRIETQIKKFNFNTKYLVADAGYSTNPICKQVSEKNYQGVFGFR
LGPHVKEKYTKYRFQYIKELDGYVCMNNFFLKYKTTTRSGYKEYVSNADECASCKYKNNCLTSDKSINRTIRRHVWEDYKDQIFAFTKTEKGKSIYKKRK
EKIERSFADSKELHGLRYCRMRGIKNVSEQCLLTAAVQNMKKIAMVLSHYFSYDLIEIYTKSLHKTSNFLNAIA
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EKIERSFADSKELHGLRYCRMRGIKNVSEQCLLTAAVQNMKKIAMVLSHYFSYDLIEIYTKSLHKTSNFLNAIA
Blast result :
Comments
ISCbo5 is 96% aa similar to ISCno1.
References
1] Hanna Skarin (2011) Direct submission
2] ISfinder annotation (2011)
3] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B.(2011) BMC Genomics 12 (1), 185
2] ISfinder annotation (2011)
3] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B.(2011) BMC Genomics 12 (1), 185