ISCbo5

  • Family IS1182
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s) ISbma2
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_015425 ND Clostridium botulinum
Clostridium botulinum BKT015925
Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p3BKT015925
DNA section
IS Length : 1613 bp

Ends


IR Length : 11/15

IRL : CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACA
IRR : CAGATTGTTCAAAAAGCCTCCATGTAATTGGAGGCTTTTACTTTCGTCAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
AGATTAAAAAAGCTCACACAAAATTGTGTGAGCTTTTTATTATT24
ATATATAAATAAAAATGCTACTGATAATTTATCAGTAGCATTTTTGTGATGCTTA35
AAATATATAGAACTAGGAAGATACTTTCCTAGTTCTTATTGTAT24
AGATAAATAAAAATATCCACCAAATGGTGGATATTTTTTTATATAT26
CTAATAAAACACCATTTAGTATTACCTAAATGGTGTTTTATTAG24
CAAAAGAAAAAAGGATGCTACGAAGTAGCATCCTTTTTACGTCAG25
TCATTAGAATACATTCTAAT0
TATAAAAAATAGATGTGTTTAAACACATCTATTTTAATAT20
CTAAAAATACAGTACATAAAGTACTGTATTTTTAT15
ATTTAATAAAAGCCCCTTATTTTCATAAGGGGCTTTTATTTTGT24
GTATTATAAAAAGCCATTATACATATGTATAATGGCTTTTTAAGTAAT28
ATAAATAAACAAGCTATTGATTATTTCAATAGCTTGTTTATTTAT25
TATATACCTTAGAATAAAAAGTGTTGATAATTAATTATCAACACTTTTTATTCTATAACTTAAAT45
TTTTTATATAACTGTTGACA0
TAAGTTTTAAAGTAAAGATAGCACACCTTATAGGTGTGCTATCTTTACTC30

DNA sequence

CAGGCTGTTGATAAACATAATTTGTCAACAGCCTTTTTACATTTATTACAAAAAGGATATCTCCTACTTCTGTAGAATATATATTTAGACCAATAAATTA
TTTAGCCCGTTAGGGCTCCTACGGAGGCAAAATGCTTACTAATAATGAGAGAAAACAAAATCAATTAGAACTGGTTTATATAGAAAACTTAGTACCAGAA
AATCATATACTTAGAAAAATAGATAAATTCATAGACTTTTCGTTTATACGAGATTTAACTAAGGATTTATATTGTCCTGACAATGGTAGACCATCAGTAG
ATCCAGTTGTGTTATTTAAAATGCTTTTTATTGGATACCTATTCGGTATACGCTCTGAGCGTCAGCTCGTAAAGGAAATACAAGTAAATGTAGCTTATAG
GTGGTTCTTAGGATATGGACTTACTGATAAAATACCAAGCCATTCTACCATAAGTCAAAATAGAACAAAGAGATTCAATGATACAAATATACATCAAGAA
ATATTTGATAACATTGTATTTCAAGCGATTAATAGAAATTTAGTCGATGGCAAAATTTTATACACTGATTCTACCCATCTAAAAGCTAACGCTAATAAAC
ATAAACTTATAAAAAAAGAAATAACTAAATCTACAAAGGAATACTTTGATGAATTAGAAAAAGATATTAATAAAGATAGAATTAATCATAATAAAAAGCC
TCTAAAAAAAGACCTAAAAACATCTGAAACCAAAGAAATAAAAGTAAGTACAACTGATCCAGACAGTGGATATATGGTTAGGGACGGAAAACCAAAAGGT
TTTTTTTATTTAGATCATAGAACTGTTGACGGAAAATATAATATTATAACTGATGTTCATGTAACTCCAGGTAATATTAATGATGTAGATCCTTATGTTA
AAAGAATAGAGACGCAAATAAAAAAGTTTAATTTTAATACAAAGTATTTAGTAGCTGATGCTGGTTATTCTACAAATCCTATTTGTAAGCAAGTTTCAGA
AAAAAATTATCAAGGTGTTTTTGGTTTCCGTTTAGGACCTCATGTTAAAGAAAAGTATACTAAATATAGATTTCAATATATTAAAGAATTAGATGGATAT
GTATGTATGAATAACTTCTTTTTAAAATACAAAACCACTACAAGAAGCGGATATAAAGAATATGTTAGTAATGCGGATGAATGTGCTTCATGCAAATATA
AAAATAATTGCTTAACATCTGATAAATCAATTAACAGAACTATACGTCGTCATGTTTGGGAAGATTATAAGGATCAAATTTTTGCATTTACTAAAACTGA
AAAAGGTAAAAGTATTTATAAAAAACGTAAAGAAAAAATTGAGCGTAGCTTTGCTGATTCAAAAGAATTACATGGGCTGCGCTATTGTCGCATGCGAGGA
ATTAAAAATGTTTCCGAGCAATGCTTACTTACAGCAGCAGTTCAGAATATGAAAAAGATAGCCATGGTGCTATCGCACTATTTTTCGTATGATTTAATTG
AAATTTATACCAAATCATTACACAAAACTAGCAACTTTTTAAATGCTATCGCATAAAAGATATTTGACGAAAGTAAAAGCCTCCAATTACATGGAGGCTT
TTTGAACAATCTG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1425 bp474 aa1321556+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MLTNNERKQNQLELVYIENLVPENHILRKIDKFIDFSFIRDLTKDLYCPDNGRPSVDPVVLFKMLFIGYLFGIRSERQLVKEIQVNVAYRWFLGYGLTDK
IPSHSTISQNRTKRFNDTNIHQEIFDNIVFQAINRNLVDGKILYTDSTHLKANANKHKLIKKEITKSTKEYFDELEKDINKDRINHNKKPLKKDLKTSET
KEIKVSTTDPDSGYMVRDGKPKGFFYLDHRTVDGKYNIITDVHVTPGNINDVDPYVKRIETQIKKFNFNTKYLVADAGYSTNPICKQVSEKNYQGVFGFR
LGPHVKEKYTKYRFQYIKELDGYVCMNNFFLKYKTTTRSGYKEYVSNADECASCKYKNNCLTSDKSINRTIRRHVWEDYKDQIFAFTKTEKGKSIYKKRK
EKIERSFADSKELHGLRYCRMRGIKNVSEQCLLTAAVQNMKKIAMVLSHYFSYDLIEIYTKSLHKTSNFLNAIA

 

Blast result :
Comments
ISCbo5 is 96% aa similar to ISCno1.
References
1] Hanna Skarin (2011) Direct submission
2] ISfinder annotation (2011)
3] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B.(2011) BMC Genomics 12 (1), 185