ISCbo4
- Family IS256
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_015425 | ND | Clostridium botulinum | Clostridium botulinum BKT015925 Clostridium botulinum BKT015925 p3BKT015925 Clostridium botulinum BKT015925 p1BKT015925 Clostridium botulinum BKT015925 p2BKT015925 |
DNA section
IS Length : 1517 bp
Ends
IR Length : 18/23
IRL : GGGGATGTAGGTTGATTTGTGTAAAAACAAATTAACCTACATCTTTTTTG
IRR : GAGAATATAGATAGATTTGTGTACTTCTAATTAGTATCAGAAAATATTAC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TAAACAAAAG | AAAAGGGT | ATGTAGATAA | 8 |
ATAAAATTAA | AATACTAA | AGTTATAATT | 8 |
AGTACTATAA | ACTTAAAA | GGCTGTTAAT | 8 |
AGCATGAGGT | TATAATTC | ATTTTTATTT | 8 |
TATACTTTTA | ATTTTTAA | AGGAGTTCTT | 8 |
ATATTTAAAA | ACAAATCT | TGTTATCTAT | 8 |
TAAAGTTGTA | TAAAACTT | TAATATTTAA | 8 |
CATGAAAGTT | CACAATTG | CAACAATTAT | 8 |
DNA sequence
GGGGATGTAGGTTGATTTGTGTAAAAACAAATTAACCTACATCTTTTTTGTATGGAAAATTGGTTAGTTTGGAATAATATACTTATAAGAATTTAGGAGG
AATCTAAATGAGAAATTTTGAAGTACCTGATTTTGATTACAAAGAAGAAGTTAAGAAATGCAAAAGTTTAGATGATGTTATGGGTAAAAACGGATTAATA
CAAAGAATGTTAAAAGACGTTATTCAAAATATATTGGAAGCAGAAATGGAAGATCATTTGGGAAGAGATAAATATGAAAGAAATTCTGAAAATAATAGTA
AAAATTATCGCAATGGCTATAGTAAAAAGAATATACGCAGTAGCTTTGGAGATATAGATGTAGATATTCCAAGGGATAGAAATGCTGAATTCGAACCAAA
AGTAATTAAAAAGTATGAAACTGTTTGCAATGAACTAGACAAAAAGGTTATTGGTCTTTATGCACGGGGTATGTCTACACGTGATATACAAGCGGAAATA
GAAGACCTTTATGGGATTACTATATCACCATCAATGGTATCAAAAATCACTGATAAGGTAATTGGCGCAGCCACTGCGTGGCAAAACAGAACATTGGATA
GAATTTATCCTATAGTATATATGGATGCTATGCATTTTAAAGTAAGAGATGACAATAGAATTGTTAGTAAAGCAGCATACATATGTATGGCATATGATAT
GAGTGGTCATAAAGATATTTTAGGTATTTGGGTTGGAGAATCCGAAGGAGCGAAGTTTTGGTTGTCAGTATGCAATGATTTGAAGAATAGAGGTGTTAAA
CAAATACTAATTGCATGTATGGATGGGCTTAGAGGTTTACCAGATGCTATAAAAACCGTTTATCCAGAAGTAAGTATACAAACATGTATAGTACATCAAA
TTAGAAATTCTCTGAAATACATAGCGTCAAAAGATAAGAAAGAATTCATTAAAGATTTAAAATTAATTTATAAAGCAACTACCGAAGAGCTAGCGCTCCT
AGAACTTGATAATCTCAAGGAAAAATGGGGTTCTAAGTACGGTATAGTTATTGATTCTTGGTATAATAATTGGGATAATTTATCCACATTCTTCGAATTT
TCACCTGAGATTAGAAAAATGATATATACTACAAATGCCCTAGAAGGATTTAATAGACAGATTAGAAAATTTACTAAAACCAGAACCGTATTTCCTACGG
ATGAATCCTTAAAAAAGTCATTATATCTAGCAACCATGGAGATAATGGAAAAATGGACTTCACCAAGACAAAATTGGGCTCTTACACTAGGTCAATTAAC
AATTACATTTGGTAATAAAATAGATGAATTTTTAGCATAATAGCTTGTACTTTTTAGAAATTTTATGTATATTTAAAACTTTATTACACACACTATAATT
AGATATAATTAGCCATTATTAGTATGTTTTAAATTTAAAAAAATATTACTAGAAAGGTGAATTTCCAGTAATATTTTCTGATACTAATTAGAAGTACACA
AATCTATCTATATTCTC
AATCTAAATGAGAAATTTTGAAGTACCTGATTTTGATTACAAAGAAGAAGTTAAGAAATGCAAAAGTTTAGATGATGTTATGGGTAAAAACGGATTAATA
CAAAGAATGTTAAAAGACGTTATTCAAAATATATTGGAAGCAGAAATGGAAGATCATTTGGGAAGAGATAAATATGAAAGAAATTCTGAAAATAATAGTA
AAAATTATCGCAATGGCTATAGTAAAAAGAATATACGCAGTAGCTTTGGAGATATAGATGTAGATATTCCAAGGGATAGAAATGCTGAATTCGAACCAAA
AGTAATTAAAAAGTATGAAACTGTTTGCAATGAACTAGACAAAAAGGTTATTGGTCTTTATGCACGGGGTATGTCTACACGTGATATACAAGCGGAAATA
GAAGACCTTTATGGGATTACTATATCACCATCAATGGTATCAAAAATCACTGATAAGGTAATTGGCGCAGCCACTGCGTGGCAAAACAGAACATTGGATA
GAATTTATCCTATAGTATATATGGATGCTATGCATTTTAAAGTAAGAGATGACAATAGAATTGTTAGTAAAGCAGCATACATATGTATGGCATATGATAT
GAGTGGTCATAAAGATATTTTAGGTATTTGGGTTGGAGAATCCGAAGGAGCGAAGTTTTGGTTGTCAGTATGCAATGATTTGAAGAATAGAGGTGTTAAA
CAAATACTAATTGCATGTATGGATGGGCTTAGAGGTTTACCAGATGCTATAAAAACCGTTTATCCAGAAGTAAGTATACAAACATGTATAGTACATCAAA
TTAGAAATTCTCTGAAATACATAGCGTCAAAAGATAAGAAAGAATTCATTAAAGATTTAAAATTAATTTATAAAGCAACTACCGAAGAGCTAGCGCTCCT
AGAACTTGATAATCTCAAGGAAAAATGGGGTTCTAAGTACGGTATAGTTATTGATTCTTGGTATAATAATTGGGATAATTTATCCACATTCTTCGAATTT
TCACCTGAGATTAGAAAAATGATATATACTACAAATGCCCTAGAAGGATTTAATAGACAGATTAGAAAATTTACTAAAACCAGAACCGTATTTCCTACGG
ATGAATCCTTAAAAAAGTCATTATATCTAGCAACCATGGAGATAATGGAAAAATGGACTTCACCAAGACAAAATTGGGCTCTTACACTAGGTCAATTAAC
AATTACATTTGGTAATAAAATAGATGAATTTTTAGCATAATAGCTTGTACTTTTTAGAAATTTTATGTATATTTAAAACTTTATTACACACACTATAATT
AGATATAATTAGCCATTATTAGTATGTTTTAAATTTAAAAAAATATTACTAGAAAGGTGAATTTCCAGTAATATTTTCTGATACTAATTAGAAGTACACA
AATCTATCTATATTCTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1233 bp | 410 aa | 108 | 1340 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MRNFEVPDFDYKEEVKKCKSLDDVMGKNGLIQRMLKDVIQNILEAEMEDHLGRDKYERNSENNSKNYRNGYSKKNIRSSFGDIDVDIPRDRNAEFEPKVI
KKYETVCNELDKKVIGLYARGMSTRDIQAEIEDLYGITISPSMVSKITDKVIGAATAWQNRTLDRIYPIVYMDAMHFKVRDDNRIVSKAAYICMAYDMSG
HKDILGIWVGESEGAKFWLSVCNDLKNRGVKQILIACMDGLRGLPDAIKTVYPEVSIQTCIVHQIRNSLKYIASKDKKEFIKDLKLIYKATTEELALLEL
DNLKEKWGSKYGIVIDSWYNNWDNLSTFFEFSPEIRKMIYTTNALEGFNRQIRKFTKTRTVFPTDESLKKSLYLATMEIMEKWTSPRQNWALTLGQLTIT
FGNKIDEFLA
KKYETVCNELDKKVIGLYARGMSTRDIQAEIEDLYGITISPSMVSKITDKVIGAATAWQNRTLDRIYPIVYMDAMHFKVRDDNRIVSKAAYICMAYDMSG
HKDILGIWVGESEGAKFWLSVCNDLKNRGVKQILIACMDGLRGLPDAIKTVYPEVSIQTCIVHQIRNSLKYIASKDKKEFIKDLKLIYKATTEELALLEL
DNLKEKWGSKYGIVIDSWYNNWDNLSTFFEFSPEIRKMIYTTNALEGFNRQIRKFTKTRTVFPTDESLKKSLYLATMEIMEKWTSPRQNWALTLGQLTIT
FGNKIDEFLA
Blast result :
Comments
ISCbo4 is 85% aa similar to ISCpe3.
References
1] Hanna Skarin (2011) Direct submission
2] ISfinder annotation (2011)
3] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B.(2011) BMC Genomics 12 (1), 185
2] ISfinder annotation (2011)
3] Skarin,H., Hafstrom,T., Westerberg,J. and Segerman,B.(2011) BMC Genomics 12 (1), 185