ISAba13
- Family IS5
- Group IS903
Isoform Synonym(s) ISN1
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_011586 | ND | Acinetobacter baumannii | Acinetobacter baumannii AB0057 Acinetobacter baumannii AYE plasmid p3ABAYE |
DNA section
IS Length : 1039 bp
Ends
IR Length : 16
IRL : GGCTTTGTTGCACAAACCTATCTCTAAAGGCTTATTCCACAATATAATTT
IRR : GGCTTTGTTGCACAAAGATTTAAAAGTTAAGACTTCTCATATCTACTCAA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| AATTTAAAAA | ATTCAAAACT | 0 | |
| AAGTTGTAGG | ATGCTAAAGT | 0 | |
| ATTTTTTAAT | ATTTAGAATT | 0 |
DNA sequence
GGCTTTGTTGCACAAACCTATCTCTAAAGGCTTATTCCACAATATAATTTTCAAATGAATAAGTCGACACCTAAAATTTATCGCACAACCAATTGGTCTT
CATATAACCGAGCTCTCATTAATCGTGGAAATATTGCCATTTGGTTTGATCCTGCTACGCAATGGTATGCCCCATCAAAAGGCAAACAAGGACGAAATCA
AACTTACTCCGACGCAGCTATCCAATGCTGCCTAATGATTAAATCTCTCTTTCGATTGTCTTTACGCATGGTCACTGGCTTTGTTCAAAGTCTCATCCAT
CTTTGTGGGTTAAATTGGATAGCGCCAGACTACACTACAATTTGTAGACGACAACAGCATATTGATATTGTGATTAGCTATCAAAAAAGTTGTGATGGAC
TGTATCTAATCGTTGACTCTACAGGTCTGAAATTCTTAGGTGAGGGTGAATGGAAGCGTAAAAAACATCAGCCTGAATATCGTCGCCAATGGCGTAAATT
ACATATTGGTATAGATGCTAAAACCTTACAAATACGCGCTGTTCAGCTCACAACCAACAATGTGAGTGATTCACAGGTACTTGGTGATTTACTCGATCAG
ATTCCACAAGATGAGAGAGTTGACTCCGTCTATACCGATGGAGCTTATGATACCAAACAGTGCCGACAGGTCATTGCGGATCGGCAAGCACATGCAGTGA
TTCCACCAAGAAAAAATGCGAAGCCATGGAAAGATAAAAAGATGGGCTCGCTAGAACGCAATGAGTTGCTTCGAACAGTTAAACGTTTAGGAAGAACTAT
TTGGAAGAAATGGTCAGGCTATCATCGGCGAAGTTTGGTTGAAACCAAGATGCATTGCATCAAATTATTGGGGGATAAACTCAGTGCGAGAAATTTTCAA
AGCCAAGTCAATGAGATTCATGCACGTATGGCAGTATTAAATAAATTTACGGACTTAGGCAGACCACATACCCGAGTTGTCACTTAAATTTGAGTAGATA
TGAGAAGTCTTAACTTTTAAATCTTTGTGCAACAAAGCC
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 933 bp | 310 aa | 55 | 987 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNKSTPKIYRTTNWSSYNRALINRGNIAIWFDPATQWYAPSKGKQGRNQTYSDAAIQCCLMIKSLFRLSLRMVTGFVQSLIHLCGLNWIAPDYTTICRRQ
QHIDIVISYQKSCDGLYLIVDSTGLKFLGEGEWKRKKHQPEYRRQWRKLHIGIDAKTLQIRAVQLTTNNVSDSQVLGDLLDQIPQDERVDSVYTDGAYDT
KQCRQVIADRQAHAVIPPRKNAKPWKDKKMGSLERNELLRTVKRLGRTIWKKWSGYHRRSLVETKMHCIKLLGDKLSARNFQSQVNEIHARMAVLNKFTD
LGRPHTRVVT
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LGRPHTRVVT
Blast result :
Comments
ISAba13 is 94% aa similar to ISAba12.
References
1] ISfinder annotation (2010)
2] Adams,M.D., Trevarthen,K.C., Hujer,K.M., Hujer,A.M. and Bonomo,R.A. (2008) Direct submission GenBank.
3] Vallenet,D., Nordmann,P., Barbe,V., Poirel,L., Mangenot,S., Bataille,E., Dossat,C., Gas,S., Kreimeyer,A., Lenoble,P., Oztas,S., Poulain,J., Segurens,B., Robert,C., Abergel,C., Claverie,J.M., Raoult,D., Medigue,C., Weissenbach,J. and Cruveiller,S. (2008) PLoS ONE 3 (3), E1805.
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