ISAva3

  • Family IS4
  • Group IS4Sa
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_007413 ND Anabaena variabilis
Anabaena variabilis ATCC 29413
DNA section
IS Length : 1181 bp

Ends


IR Length : 17/25

IRL : CAGAAGTGTTGAATATTAAGAAAAAGATGAGAAAAATAGCCCAAGATATG
IRR : CAAAAATGTTGAAAGCTGATACAAAACTTTACATAGTTAGTTACATTAAC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TGGTGAATAGATAATTGGACTATTACCCA9
TGCTTTCTATAATAAAACAGTTATCAAAT9

DNA sequence

CAGAAGTGTTGAATATTAAGAAAAAGATGAGAAAAATAGCCCAAGATATGTTAATTTTGGGCTAGGTATTACAATATTTTGATTTCACAGTGATTATAAA
TTCATTTCCCAAAATTGTCAAAGATATCCTGAAAGGATTGCCAAAAAATGATTATCCAGTATTGAACAGTCGTCTGTTTTTTGAGTTCTGGCTATCTTAC
GTCTTGGATAATAGCTTAACAAGTATGCGAGGTTTATTTGCCAGGCTAAATAATACAGGATTTGAGTTAGATATTTCTACTTTTTCTAAAGCAAATTTGC
ATCGAAGCCAAAAACCCTTTCAAGAAATTTACCAAAAACTAAATAAATTAGTCCAAAATAAAGCTGAGAATAAACTCCATAATAAATATGCAATATGCCC
GATTGATTCCACAGTTATTACATTAACTAGTAAGTTATTATGGGTGCTGGGTCATCATCAGGTAAAACTTTTTAGTTCTCTAAATTTAGCTACTGGAAGC
CCAGAGGATAACTTGATCAACTTTGGACATGACCATGATTATAAGTTTGGTTCAAAAATGATAGCTAATTTACCAACAAATGCTGTTGGGGTAATGGATA
GGGGCTTTGCCGGATTAAAGTTTATTCAAGAACTAGTACAAGAAAACAAATATTTTGTTCTGCGGATAAAAAACAACTGGAAACTAGAATTTGAAGAGTC
AAGCGGATTAATTAAAGTTGGTGCATCTGATGATGCCCAAGCCTATAGAGTAATTAATTTTTGTGATTTAGAAACAAAAACTGAATTTCGGTTAGTAACT
AATTTACCAGCAGATGGAGAGGCTACTGTTAGTGATGATGATATTAGGGATATTTATCTATTACGTTGGGGAGTTGAATTGTTGTGGAAATTTTTAAAGA
TGCACTTAAAACTTGACAAATTAATTACTAAAAATGTTAATGGTATCACCATACAAATCTACGTTAGCTTGATAGCATATCTGATTTTACAGCTTGTATC
TATTCCCGAACAATGGGGACATACACTATTAGATAAATTCCGCTATTTACAATCCTGTATGTGTCAGAAAATCAGTTATGTTCATTGGTTTGAAGAGATG
ATGTTATGTTGAATATTTTGGGCTTAATAGAGTTAATGTAACTAACTATGTAAAGTTTTGTATCAGCTTTCAACATTTTTG
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1023 bp340 aa901112+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

VIINSFPKIVKDILKGLPKNDYPVLNSRLFFEFWLSYVLDNSLTSMRGLFARLNNTGFELDISTFSKANLHRSQKPFQEIYQKLNKLVQNKAENKLHNKY
AICPIDSTVITLTSKLLWVLGHHQVKLFSSLNLATGSPEDNLINFGHDHDYKFGSKMIANLPTNAVGVMDRGFAGLKFIQELVQENKYFVLRIKNNWKLE
FEESSGLIKVGASDDAQAYRVINFCDLETKTEFRLVTNLPADGEATVSDDDIRDIYLLRWGVELLWKFLKMHLKLDKLITKNVNGITIQIYVSLIAYLIL
QLVSIPEQWGHTLLDKFRYLQSCMCQKISYVHWFEEMMLC

 

Blast result :
Comments
ISAva3 is 73% aa similar to ISGvi3.
References
1] ISfinder annotation (2009).
2] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Detter,J.C.,Glavina,T., Hammon,N., Israni,S., Pitluck,S., Saunders,E.H.,Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Kyrpides,N., Mavrommatis,K. and Richardson,P.(2005) Direct Submission.