ISCysp10
- Family IS1380
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_010546 | ND | Cyanothece sp. | Cyanothece sp. ATCC 51142 |
DNA section
IS Length : 1803 bp
Ends
IR Length : 32/39
IRL : CCTGTATTATTCATGAAAACATGAAAAAAAAACCTAAAAGCCTTATCCCA
IRR : CCTGCATTATTCATGAAGAAAAAACAAAACCTAAAAAATAAGAAATTGGC
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TGTACTCCAATACACTAG | ATAAGCAAGCATTGTCGGG | 0 |
DNA sequence
CCTGTATTATTCATGAAAACATGAAAAAAAAACCTAAAAGCCTTATCCCATAACGAATATAGAGATTTCAACCGAACAACAGTCTGTAATTTTAATCTCT
TACTAATTATTTATTTTTGAATTATCAAGAATAAGTTAAAACAATGCTTTCAAAAAGTTCAGAATAAACTATAATAAAGGGAGGAATAAAAGTTAGATAA
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AGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1197 bp | 398 aa | 318 | 1514 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MLKQGEENWKVCQGIADCLEDEREQHKVKHPLFQLISQRIYQIAAGYEDTNDSNYLRHDPIFKIICDKIPKMEAELLASQPTISRLENRITKQEIKRIRR
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Blast result :
Comments
ISCysp10 is 72% aa similar to ISAcma21.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Welsh,E.A., Liberton,M., Stockel,J., Loh,T., Elvitigala,T., Wang,C., Wollam,A., Fulton,R.S., Clifton,S.W., Jacobs,J.M., Aurora,R., Ghosh,B.K., Sherman,L.A., Smith,R.D., Wilson,R.K. and Pakrasi,H.B. (2008) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (39), 15094-15099.
2] Welsh,E.A., Liberton,M., Stockel,J., Loh,T., Elvitigala,T., Wang,C., Wollam,A., Fulton,R.S., Clifton,S.W., Jacobs,J.M., Aurora,R., Ghosh,B.K., Sherman,L.A., Smith,R.D., Wilson,R.K. and Pakrasi,H.B. (2008) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105 (39), 15094-15099.