ISVsa2
- Family IS66
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_011312 | ND | Aliivibrio salmonicida | Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 1 |
DNA section
IS Length : 2315 bp
Ends
IR Length : 24
IRL : GTAAGCGTGCGGGGAACTACACCTAACAAATAAAATTCATTATGCGTATC
IRR : GTAAGCGTGCGGGGAACTACACCTTGTCTTTTACATTCCAAGGTAAAAGT
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| AGGTTAATTA | GTTACAAA | TGAGTGGTTG | 8 |
DNA sequence
GTAAGCGTGCGGGGAACTACACCTAACAAATAAAATTCATTATGCGTATCTTACGATCTTTCATTTAACGAGAACGTAATTATGCAAAAAGATAAAAAGA
GAACACCAGAGCAATGGCACGCTCTATTTGAATCTCAGCAATCTAGCAAGCTTAGTGCCGCTGAATTTTGTCGTAACCATAATATTCTGCCAAAGACATT
TAGTGCACGTAAAGCACGATGGAAACAAAAGATTAACGCTTCTACTTTCTTGAAAGTAGAAGCGTTAACATCAACTATCATCGCCACTCCACAATTACCA
GATATTCAACTTTCTATCGGAAAATTGCGATTAACATTGCCAGCTAATACTGAACCTCACTGGATAGGACTCTTATTAAAAGGGTATCAATCATGAATGT
ATTTACTGATGTTTCCACCATTTATCTTCATCGTGATTTTGTCGATTTTCGCAAGGCCATTAATGGCCTTGTCGTGATTGTTGAGCAAGAAATGCAACTA
TCACCGTTTAGTGATGCTCTATTTATATTTTGCAATAAGCCTCGTGATAAACTCAAAATATTGTATTGGGATAAAACAGGATTCGCTTTATGGTACAAGC
GATTAGATGAAGACCGCTTCAAATGGCCACGAAATATAAATAACGATACGTTAGCATTATCAGAGCAGCAACTGACACTGCTATTACAAGGTTTTGATAT
CTTAGGACATCAACCGGTACATTATCAAACAACCCTTTAAATAGTTGATTCTCAGTCAAGAATAGGAGGCAACCGATTGATTACCTGTATTATCGTTATA
TAGTCATCTACATGACTGATAAAATAAAACCACTTCCTGATACCATTGACGAGCTGAAAGCACTTGTGCTTCAGCTTGAAAATAAATATAACCGTCTTCT
AGAGCAATTTCGGCTGGCTCAACATCAGCGCTTTGGTAAAAGCAGTGAATCTGACTCGACTCAATTTGATTTATTCAATGAAACAGAAGAAGAAATCATC
ATTGAAAATGATGACACACAAACGATTACCTACACTCGTCAAAAGCCAAAACGCCAACGCTTACCTGAAGACTTACCGCGTACTGTTATTATCCACGACA
TAAAAGATAAAACTTGTAAGTGTTGCGGTCTAGAGATGCATGCGATGGGTAAAGACATCAGTGAAAAGTTGGAATTTGTACCAGCTAAAGTGGAAGTTAT
TCAACATGTTCGTCCTAAATATGCTTGCCGAAATTGTGAAAAAAACAATACTTCAGTAGACATTAAACAAGCCCCAATGCCAGCGTCACCAATCCCTAAA
GGGATTGCGACCGCAAGTTTACTTGCTCAAATTATTACGGCTAAATTTCAATACAGTCTTCCACTTTATCGTCAAGAAACGTTATTTCAGCAATGGGGTA
TCATTATTGGACGGCGAACGATGGCGGATTGGTTAATAAAATGCTCGGTACTATTTACCCCTCTTAATAACGAGTTACATCGTATTTTGCTTGAACAACC
CACTCTGCATTGTGATGAAACAACGGTAAATGTGTTGGATGTTGAAAAAGCAAAATGTTATATGTGGGTCTACTGCTCTGGCTATGATTCTCCAGGCTCT
GGTGTTTTGCCTGGAATTGTACTTTATGATTATCAATCTAGCAGGCATGGCTACCATCCAGTTAACTTTTTAAAAGGTTATAACGGGTATTTACATACCG
ATGGTTACCAAGGTTATGAACAAACTGAAGCGATTTTAGTTGGCTGTTGGGCACACGCACGTCGACGATTTATTGAGGCTCAACGTGTTCAAGTAAAAGG
GAAAACAGGGAGTGCAGATTGGGTATTGAGTAAAATCCAAAAGCTATACCGGATCGAATCGTTATTAAAAGAGGCTTCCCCTGAAGCCAAGTATGTTGCT
AGGCAGACAGAAGCCCGCGATTTACTTAAAGAGCTCCGTGATTGGCTTGATAGCGCAGTTAGTCGAGTATCACCTAAAACAAAATTAGGTGAGGCGATTA
GCTATACATTAAATCAATGGGATAAATTAGTTCGTTATATTGATGATGGATTGTTATCTATTGATAACAATCGAGCAGAGCGAGCGGTTAAACCGTTTGT
TATCGGCCGGAAAAACTGGTTATTTTCGGGTTCAACGGCTGGTGCAGATTCAAGTGCAATGCTTTACAGCATTGTAGAAACAGCAAAGGCAAACGGATTA
ATCCCTTACGATTATATTAGGTATTGTCTAGATCGTTTATGTGTTGGATCGCCAGATATCGATTCACTTTTACCTTGGAATGTAAAAGACAAGGTGTAGT
TCCCCGCACGCTTAC
GAACACCAGAGCAATGGCACGCTCTATTTGAATCTCAGCAATCTAGCAAGCTTAGTGCCGCTGAATTTTGTCGTAACCATAATATTCTGCCAAAGACATT
TAGTGCACGTAAAGCACGATGGAAACAAAAGATTAACGCTTCTACTTTCTTGAAAGTAGAAGCGTTAACATCAACTATCATCGCCACTCCACAATTACCA
GATATTCAACTTTCTATCGGAAAATTGCGATTAACATTGCCAGCTAATACTGAACCTCACTGGATAGGACTCTTATTAAAAGGGTATCAATCATGAATGT
ATTTACTGATGTTTCCACCATTTATCTTCATCGTGATTTTGTCGATTTTCGCAAGGCCATTAATGGCCTTGTCGTGATTGTTGAGCAAGAAATGCAACTA
TCACCGTTTAGTGATGCTCTATTTATATTTTGCAATAAGCCTCGTGATAAACTCAAAATATTGTATTGGGATAAAACAGGATTCGCTTTATGGTACAAGC
GATTAGATGAAGACCGCTTCAAATGGCCACGAAATATAAATAACGATACGTTAGCATTATCAGAGCAGCAACTGACACTGCTATTACAAGGTTTTGATAT
CTTAGGACATCAACCGGTACATTATCAAACAACCCTTTAAATAGTTGATTCTCAGTCAAGAATAGGAGGCAACCGATTGATTACCTGTATTATCGTTATA
TAGTCATCTACATGACTGATAAAATAAAACCACTTCCTGATACCATTGACGAGCTGAAAGCACTTGTGCTTCAGCTTGAAAATAAATATAACCGTCTTCT
AGAGCAATTTCGGCTGGCTCAACATCAGCGCTTTGGTAAAAGCAGTGAATCTGACTCGACTCAATTTGATTTATTCAATGAAACAGAAGAAGAAATCATC
ATTGAAAATGATGACACACAAACGATTACCTACACTCGTCAAAAGCCAAAACGCCAACGCTTACCTGAAGACTTACCGCGTACTGTTATTATCCACGACA
TAAAAGATAAAACTTGTAAGTGTTGCGGTCTAGAGATGCATGCGATGGGTAAAGACATCAGTGAAAAGTTGGAATTTGTACCAGCTAAAGTGGAAGTTAT
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GGGATTGCGACCGCAAGTTTACTTGCTCAAATTATTACGGCTAAATTTCAATACAGTCTTCCACTTTATCGTCAAGAAACGTTATTTCAGCAATGGGGTA
TCATTATTGGACGGCGAACGATGGCGGATTGGTTAATAAAATGCTCGGTACTATTTACCCCTCTTAATAACGAGTTACATCGTATTTTGCTTGAACAACC
CACTCTGCATTGTGATGAAACAACGGTAAATGTGTTGGATGTTGAAAAAGCAAAATGTTATATGTGGGTCTACTGCTCTGGCTATGATTCTCCAGGCTCT
GGTGTTTTGCCTGGAATTGTACTTTATGATTATCAATCTAGCAGGCATGGCTACCATCCAGTTAACTTTTTAAAAGGTTATAACGGGTATTTACATACCG
ATGGTTACCAAGGTTATGAACAAACTGAAGCGATTTTAGTTGGCTGTTGGGCACACGCACGTCGACGATTTATTGAGGCTCAACGTGTTCAAGTAAAAGG
GAAAACAGGGAGTGCAGATTGGGTATTGAGTAAAATCCAAAAGCTATACCGGATCGAATCGTTATTAAAAGAGGCTTCCCCTGAAGCCAAGTATGTTGCT
AGGCAGACAGAAGCCCGCGATTTACTTAAAGAGCTCCGTGATTGGCTTGATAGCGCAGTTAGTCGAGTATCACCTAAAACAAAATTAGGTGAGGCGATTA
GCTATACATTAAATCAATGGGATAAATTAGTTCGTTATATTGATGATGGATTGTTATCTATTGATAACAATCGAGCAGAGCGAGCGGTTAAACCGTTTGT
TATCGGCCGGAAAAACTGGTTATTTTCGGGTTCAACGGCTGGTGCAGATTCAAGTGCAATGCTTTACAGCATTGTAGAAACAGCAAAGGCAAACGGATTA
ATCCCTTACGATTATATTAGGTATTGTCTAGATCGTTTATGTGTTGGATCGCCAGATATCGATTCACTTTTACCTTGGAATGTAAAAGACAAGGTGTAGT
TCCCCGCACGCTTAC
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 315 bp | 104 aa | 82 | 396 | + | No |
AG : IS66 TnpA
ORF sequence :
MQKDKKRTPEQWHALFESQQSSKLSAAEFCRNHNILPKTFSARKARWKQKINASTFLKVEALTSTIIATPQLPDIQLSIGKLRLTLPANTEPHWIGLLLK
GYQS
GYQS
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 348 bp | 115 aa | 393 | 740 | + | No |
AG : IS66 TnpB
ORF sequence :
MNVFTDVSTIYLHRDFVDFRKAINGLVVIVEQEMQLSPFSDALFIFCNKPRDKLKILYWDKTGFALWYKRLDEDRFKWPRNINNDTLALSEQQLTLLLQG
FDILGHQPVHYQTTL
FDILGHQPVHYQTTL
Blast result :ORF 3
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1488 bp | 495 aa | 812 | 2299 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MTDKIKPLPDTIDELKALVLQLENKYNRLLEQFRLAQHQRFGKSSESDSTQFDLFNETEEEIIIENDDTQTITYTRQKPKRQRLPEDLPRTVIIHDIKDK
TCKCCGLEMHAMGKDISEKLEFVPAKVEVIQHVRPKYACRNCEKNNTSVDIKQAPMPASPIPKGIATASLLAQIITAKFQYSLPLYRQETLFQQWGIIIG
RRTMADWLIKCSVLFTPLNNELHRILLEQPTLHCDETTVNVLDVEKAKCYMWVYCSGYDSPGSGVLPGIVLYDYQSSRHGYHPVNFLKGYNGYLHTDGYQ
GYEQTEAILVGCWAHARRRFIEAQRVQVKGKTGSADWVLSKIQKLYRIESLLKEASPEAKYVARQTEARDLLKELRDWLDSAVSRVSPKTKLGEAISYTL
NQWDKLVRYIDDGLLSIDNNRAERAVKPFVIGRKNWLFSGSTAGADSSAMLYSIVETAKANGLIPYDYIRYCLDRLCVGSPDIDSLLPWNVKDKV
TCKCCGLEMHAMGKDISEKLEFVPAKVEVIQHVRPKYACRNCEKNNTSVDIKQAPMPASPIPKGIATASLLAQIITAKFQYSLPLYRQETLFQQWGIIIG
RRTMADWLIKCSVLFTPLNNELHRILLEQPTLHCDETTVNVLDVEKAKCYMWVYCSGYDSPGSGVLPGIVLYDYQSSRHGYHPVNFLKGYNGYLHTDGYQ
GYEQTEAILVGCWAHARRRFIEAQRVQVKGKTGSADWVLSKIQKLYRIESLLKEASPEAKYVARQTEARDLLKELRDWLDSAVSRVSPKTKLGEAISYTL
NQWDKLVRYIDDGLLSIDNNRAERAVKPFVIGRKNWLFSGSTAGADSSAMLYSIVETAKANGLIPYDYIRYCLDRLCVGSPDIDSLLPWNVKDKV
Blast result :
Comments
ISVsa2 is 48% (ORFA), 77% (ORFB) and 73% (ORFC) aa similar to ISShes9.
References
1] ISfinder annotation (2009)
2] Hjerde,E., Lorentzen,M.S., Holden,M.T.G., Seeger,K., Paulsen,S., Bason,N., Churcher,C., Harris,D., Norbertczak,H., Quail,M.A., Sanders,S., Thurston,S., Parkhill,J., Willassen,N.P. and Thomson,N.R. (2008) Direct submission GenBank.
2] Hjerde,E., Lorentzen,M.S., Holden,M.T.G., Seeger,K., Paulsen,S., Bason,N., Churcher,C., Harris,D., Norbertczak,H., Quail,M.A., Sanders,S., Thurston,S., Parkhill,J., Willassen,N.P. and Thomson,N.R. (2008) Direct submission GenBank.