ISSba7
- Family IS66
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_009665 | ND | Shewanella baltica | Shewanella baltica OS195 |
DNA section
IS Length : 2376 bp
Ends
IR Length : 15/16
IRL : GTAAGCGGTAAATAAACCCCACATACTCAATCATAAAAATAGTTGTCATA
IRR : GTAAGCGGTAAATGAAGCAGTGAAGCGTTAATCGATATTGCTTAGATCAA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TTGCTTTATG | TTTGCCTCTG | 0 |
DNA sequence
GTAAGCGGTAAATAAACCCCACATACTCAATCATAAAAATAGTTGTCATAGTACCTCACCAATTTAAGGAGGCACTATGTCATCACAAGAAAAACACCAG
TATTGGTCTTCATTAATCGAGCAGCAAAAACAAAGTGGCATTAGCATCACTCAGTTTTGCGCTGAGCAGAACATAAGCTATCAAACCTTTTATACATGGG
CCAAAAAACTCCGAACACAGCCGGAGCCACAACGATTGCAACCCCTCATTGTGACCGATACATCCGTCGTGAGTGAAAACGTTGTCACGCTAACCCTTGC
AAATGGTTTGCGTGCTCAGTTGCCAATTCATTTAAGCGCTAGCCAAATCCAGCATTGGGTTGCTGCCCTACAATAATGACACCATCTGCTCAAGTTTATC
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AATAATGACAACACTTCCTGATGATATTGAGCAACTTAAGGCCATGGTACTGCAGCTGCAACAAGCTGCTGACATTGCACAGGCACAAGCGTCATTAGCC
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CTTCTAAGAGTGAAAAAGTCGCCAAAGGCACCTTCAACGAGGCCGAGCAACAAGATATTGCTGAGCCATCAACGCAAACAACAAAGAAAACAGGCCGTAA
ACCGTTACCTGAAGCGCTAGAGCGTGAAGTTATCACACATGAGATTGACTCGCCTTGTTGTGAATGCTGTCAGTCTCCATTACACCAATGCGGCGTCGAA
ACCAGTGAAGAACTTAAAATTATTCCACAAAAAGTGACGGTTATCCGCCATGAACGGGTAAAATATGCCTGTCGCCAGTGTGAAAAAACACAAACAAGTT
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CCGAAACTAAATCGTATATGTGGGTGTATCGCAGTGGTGAGTTTGTCCAATCGCCTATCGTGATTTATGACTATCATCCAAGCCGTGCTGGCCGTTGCGC
GCAAGCGTTCTTATCAGGTTTCTCTGGGTATTTGCTGACAGATGGGTACGGTGCTTATGGCACATTAAAAGATGTCACCCATGCTGGCTGCATGGCACAT
GTGCGTCGAAAGTTCACCGATGCACAAAAAGCGAGTGCGTCAAAAAAAGCAGGTAAGCCCGAAGTTGCACAGAGCTATATTGCCAAACTCTACGCCATTG
AAAAACGCTCCAAACAACTCAGTGCTCTTGAGCGACAACAATTAAGAAAACAAGAAGCGGTACCAATATTAGCGGAGTTTAAAACTTGGTTGGAGAAACA
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TATACAGTTTAGTGATGACCTGTCGCGCGAACGATATCAGTCCATATTATTACTTCAGGCACTTGTTTACCGAGTTGCCCAAGCGTCTACCTACCGACGA
TTTGACCGATTTAATGCCGTGGAATGTTGATCTAAGCAATATCGATTAACGCTTCACTGCTTCATTTACCGCTTAC
TATTGGTCTTCATTAATCGAGCAGCAAAAACAAAGTGGCATTAGCATCACTCAGTTTTGCGCTGAGCAGAACATAAGCTATCAAACCTTTTATACATGGG
CCAAAAAACTCCGAACACAGCCGGAGCCACAACGATTGCAACCCCTCATTGTGACCGATACATCCGTCGTGAGTGAAAACGTTGTCACGCTAACCCTTGC
AAATGGTTTGCGTGCTCAGTTGCCAATTCATTTAAGCGCTAGCCAAATCCAGCATTGGGTTGCTGCCCTACAATAATGACACCATCTGCTCAAGTTTATC
TCGTCACGGGTGTCACAGATATGCGTAAGTCTATCGATGGCCTATCGCTTATCGTTGCACAACATCTTGAAATGGACCCGTTTAGCGAATCCTGGTTTAT
TTTTTGTAATCGTCATCGAGATAAACTCAAAATCTTGTTTTGGGACACTAATGGCTTTTGGCTTTATTATCGGCGGTTAGAAAAAGGCACCTTTAAGTGG
CCAAAGCCAACACACGATGGCGCACTACATATCAGCAAGGCCCAGCTGAATTGGCTGTTATCGGGGTTATCTATCGAGCATCACAGAGCACATCGACCAA
TAACTAACCTAACAGTGTGATCAAAAAGGCGATCACATTTTTATGCTTGAACGATCCTTTTTCGCTGTCACAATAAGGAGAAATGAATACAAACTTCGCT
AATAATGACAACACTTCCTGATGATATTGAGCAACTTAAGGCCATGGTACTGCAGCTGCAACAAGCTGCTGACATTGCACAGGCACAAGCGTCATTAGCC
AAGGAAGAAGTGCTTGTTGCTCAAGAAGAAATCACCGAGCTTAAAACACAAATCCAGTTGTTAATTGAGCAATTAAATTTAAGTCAATCTAAGCGGTTTT
CTTCTAAGAGTGAAAAAGTCGCCAAAGGCACCTTCAACGAGGCCGAGCAACAAGATATTGCTGAGCCATCAACGCAAACAACAAAGAAAACAGGCCGTAA
ACCGTTACCTGAAGCGCTAGAGCGTGAAGTTATCACACATGAGATTGACTCGCCTTGTTGTGAATGCTGTCAGTCTCCATTACACCAATGCGGCGTCGAA
ACCAGTGAAGAACTTAAAATTATTCCACAAAAAGTGACGGTTATCCGCCATGAACGGGTAAAATATGCCTGTCGCCAGTGTGAAAAAACACAAACAAGTT
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ACTTCCACTTTATCGCCAGGTGGATATATTAACCCGCTCAGGTATTGATATCAGCCGAGCGACCTTAGCCAATTGGTGTGTGCAATTAGGCATGAAAGTA
CAGCCCATTATTGATGCAATGCAGTCACAACTGCTCAATGAAAAGCTGATTTGTGCTGATGAAACCACCGTGCAAGTGCTTCGTGAAGAAGATAGAAAAG
CCGAAACTAAATCGTATATGTGGGTGTATCGCAGTGGTGAGTTTGTCCAATCGCCTATCGTGATTTATGACTATCATCCAAGCCGTGCTGGCCGTTGCGC
GCAAGCGTTCTTATCAGGTTTCTCTGGGTATTTGCTGACAGATGGGTACGGTGCTTATGGCACATTAAAAGATGTCACCCATGCTGGCTGCATGGCACAT
GTGCGTCGAAAGTTCACCGATGCACAAAAAGCGAGTGCGTCAAAAAAAGCAGGTAAGCCCGAAGTTGCACAGAGCTATATTGCCAAACTCTACGCCATTG
AAAAACGCTCCAAACAACTCAGTGCTCTTGAGCGACAACAATTAAGAAAACAAGAAGCGGTACCAATATTAGCGGAGTTTAAAACTTGGTTGGAGAAACA
ACAGGTACTTCCCAAAGGATATCTAGGTAAAGCCATTACTTACGCCCTAAACCAATGGCCGAAATTATTAACTTATCTTGATGATGGCGATATTAGCATC
GACAATAATGTCACCGAACGAGATATTCGCCCGTTTACAACGGGGCGCAAAAACTGGATGTTCTCAACGTCAGTCAACGGCGCGCATGCCAGTGCGAACT
TATACAGTTTAGTGATGACCTGTCGCGCGAACGATATCAGTCCATATTATTACTTCAGGCACTTGTTTACCGAGTTGCCCAAGCGTCTACCTACCGACGA
TTTGACCGATTTAATGCCGTGGAATGTTGATCTAAGCAATATCGATTAACGCTTCACTGCTTCATTTACCGCTTAC
Protein section
ORF number : 3
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 300 bp | 99 aa | 77 | 376 | + | No |
AG : IS66 TnpA
ORF sequence :
MSSQEKHQYWSSLIEQQKQSGISITQFCAEQNISYQTFYTWAKKLRTQPEPQRLQPLIVTDTSVVSENVVTLTLANGLRAQLPIHLSASQIQHWVAALQ
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 345 bp | 114 aa | 376 | 720 | + | No |
AG : IS66 TnpB
ORF sequence :
MTPSAQVYLVTGVTDMRKSIDGLSLIVAQHLEMDPFSESWFIFCNRHRDKLKILFWDTNGFWLYYRRLEKGTFKWPKPTHDGALHISKAQLNWLLSGLSI
EHHRAHRPITNLTV
EHHRAHRPITNLTV
Blast result :ORF 3
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1545 bp | 514 aa | 805 | 2349 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MTTLPDDIEQLKAMVLQLQQAADIAQAQASLAKEEVLVAQEEITELKTQIQLLIEQLNLSQSKRFSSKSEKVAKGTFNEAEQQDIAEPSTQTTKKTGRKP
LPEALEREVITHEIDSPCCECCQSPLHQCGVETSEELKIIPQKVTVIRHERVKYACRQCEKTQTSSRIITPPKPPSLIPKSIGSAEAFAAVVTAKYVDAL
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LPEALEREVITHEIDSPCCECCQSPLHQCGVETSEELKIIPQKVTVIRHERVKYACRQCEKTQTSSRIITPPKPPSLIPKSIGSAEAFAAVVTAKYVDAL
PLYRQVDILTRSGIDISRATLANWCVQLGMKVQPIIDAMQSQLLNEKLICADETTVQVLREEDRKAETKSYMWVYRSGEFVQSPIVIYDYHPSRAGRCAQ
AFLSGFSGYLLTDGYGAYGTLKDVTHAGCMAHVRRKFTDAQKASASKKAGKPEVAQSYIAKLYAIEKRSKQLSALERQQLRKQEAVPILAEFKTWLEKQQ
VLPKGYLGKAITYALNQWPKLLTYLDDGDISIDNNVTERDIRPFTTGRKNWMFSTSVNGAHASANLYSLVMTCRANDISPYYYFRHLFTELPKRLPTDDL
TDLMPWNVDLSNID
Blast result :
Comments
One copy of ISSba7 is present in the chromosome of S. baltica OS185. This element encodes 3 orfs, with ORF1-ORF3 having 30%, 50%, and 41% identity to ISDpr4 ORF1-ORF3, respectively.
References
1] Romine, M. (2008) Direct submission.