ISClte3
- Family IS6
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AE015927 | ND | Clostridium tetani | Clostridium tetani E88 |
DNA section
IS Length : 1274 bp
Ends
IR Length : 21/32
IRL : CGTTCTATTAAGTTAATATGAACATTGCTCTTCTTCCCATAAGGAAATAC
IRR : GAATCTGTTAAGTAGATATGAAAAAATATCTTTAAAATTCGTAGAATTGC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTCCCCCAATATTAAAGTC | TATATTTTCTTAATATAGAT | 0 |
DNA sequence
CGTTCTATTAAGTTAATATGAACATTGCTCTTCTTCCCATAAGGAAATACAATAAGTTTGACTAAAAACAATTATCCCCCTAGAAAAGGAGAGAAGAACA
ATGAACAAAACTAAAATTAAGTGTCCTCGCTGCCATAGTGACAAACTATATAAGTTTGGATTTGACAAGCAGGCTAATCAAAAATATCAATGTCAAAAAT
GTAGGCCTCAATTTACACATGATTCCGTCAATACACAAGTACATTCTAAATATCCTAAATGTCCAAGATGTGGCAAAGCAACTTATCTTCATCACGAATA
CAAATATTATAATCGCTACAAATGTAGTAATAGAAAATGTAATCACATAATAGTTAAAAATCATACTACCTGTATTGATAGCTCATCTAGTGATTTAGTT
ACTGGTTCTCTTAATATGAAAGGAATGCGCTTTCCACTTCATATTATATTAACTGCGCTAACCTTATATTTTCTAAATAACTCTTCAACTAGAGCTATCT
CTAGATTTTTAAAGATGAACTCAAATATTAAGGTTTCACATGTTACTATTGCTAACTGGACTAATAGTTTTGCACCATTTTTTAAAAATAAAGCTGAAAG
CTTCAAAGAATCGTTAGATCTTCAGTCTGACGACTGGCATGCTGATGAAACTGTCGTTTTTATAAATGGTGAAAGATATTATCTTTGGTTAGCTATAGAT
TCTGAAACTAGATTTATACTGGCATTTCATCTAACTAAATCCAGGGAATCTGATTCTGCTTTTTCATTAATAAATAACGCATCTACTTATGATGCACCTG
AGAACTTTATAACCGATAGGTTGCCATCATACACTCAAGCTACTGCTACCTTATTAAAAAATACTACGCATATACCAGTAGCTCCTATGCCTAGTGACAT
TAGTAATAATTTAATTGAATCATTTAATAAAACTTTTAAAACATGGTATAAAGCTAAAAAGGGATTCAATTCCTTTGAAAAAGCTAATAACTTAGTATAC
TTGTTTATCCTTCAGTACAATTTCATTCGTCCTCATGGTTCTTTAAATGATTTTACACCAGCAGAAGTAACTGGTTTTAAAACTACTGAATTAGATAAAA
ATACTTGGTTTACAGCAGTTTAATTTTACTTAATATTTTTAATTAACCTGCAAAAATCAAATTTATTGCAGGCTTGTTTGCTATGCAATAAAATCTTCAA
ACTTATATAATTTTCAAAGAGCTAGCAATTCTACGAATTTTAAAGATATTTTTTCATATCTACTTAACAGATTC
ATGAACAAAACTAAAATTAAGTGTCCTCGCTGCCATAGTGACAAACTATATAAGTTTGGATTTGACAAGCAGGCTAATCAAAAATATCAATGTCAAAAAT
GTAGGCCTCAATTTACACATGATTCCGTCAATACACAAGTACATTCTAAATATCCTAAATGTCCAAGATGTGGCAAAGCAACTTATCTTCATCACGAATA
CAAATATTATAATCGCTACAAATGTAGTAATAGAAAATGTAATCACATAATAGTTAAAAATCATACTACCTGTATTGATAGCTCATCTAGTGATTTAGTT
ACTGGTTCTCTTAATATGAAAGGAATGCGCTTTCCACTTCATATTATATTAACTGCGCTAACCTTATATTTTCTAAATAACTCTTCAACTAGAGCTATCT
CTAGATTTTTAAAGATGAACTCAAATATTAAGGTTTCACATGTTACTATTGCTAACTGGACTAATAGTTTTGCACCATTTTTTAAAAATAAAGCTGAAAG
CTTCAAAGAATCGTTAGATCTTCAGTCTGACGACTGGCATGCTGATGAAACTGTCGTTTTTATAAATGGTGAAAGATATTATCTTTGGTTAGCTATAGAT
TCTGAAACTAGATTTATACTGGCATTTCATCTAACTAAATCCAGGGAATCTGATTCTGCTTTTTCATTAATAAATAACGCATCTACTTATGATGCACCTG
AGAACTTTATAACCGATAGGTTGCCATCATACACTCAAGCTACTGCTACCTTATTAAAAAATACTACGCATATACCAGTAGCTCCTATGCCTAGTGACAT
TAGTAATAATTTAATTGAATCATTTAATAAAACTTTTAAAACATGGTATAAAGCTAAAAAGGGATTCAATTCCTTTGAAAAAGCTAATAACTTAGTATAC
TTGTTTATCCTTCAGTACAATTTCATTCGTCCTCATGGTTCTTTAAATGATTTTACACCAGCAGAAGTAACTGGTTTTAAAACTACTGAATTAGATAAAA
ATACTTGGTTTACAGCAGTTTAATTTTACTTAATATTTTTAATTAACCTGCAAAAATCAAATTTATTGCAGGCTTGTTTGCTATGCAATAAAATCTTCAA
ACTTATATAATTTTCAAAGAGCTAGCAATTCTACGAATTTTAAAGATATTTTTTCATATCTACTTAACAGATTC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1023 bp | 340 aa | 101 | 1123 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MNKTKIKCPRCHSDKLYKFGFDKQANQKYQCQKCRPQFTHDSVNTQVHSKYPKCPRCGKATYLHHEYKYYNRYKCSNRKCNHIIVKNHTTCIDSSSSDLV
TGSLNMKGMRFPLHIILTALTLYFLNNSSTRAISRFLKMNSNIKVSHVTIANWTNSFAPFFKNKAESFKESLDLQSDDWHADETVVFINGERYYLWLAID
SETRFILAFHLTKSRESDSAFSLINNASTYDAPENFITDRLPSYTQATATLLKNTTHIPVAPMPSDISNNLIESFNKTFKTWYKAKKGFNSFEKANNLVY
LFILQYNFIRPHGSLNDFTPAEVTGFKTTELDKNTWFTAV
TGSLNMKGMRFPLHIILTALTLYFLNNSSTRAISRFLKMNSNIKVSHVTIANWTNSFAPFFKNKAESFKESLDLQSDDWHADETVVFINGERYYLWLAID
SETRFILAFHLTKSRESDSAFSLINNASTYDAPENFITDRLPSYTQATATLLKNTTHIPVAPMPSDISNNLIESFNKTFKTWYKAKKGFNSFEKANNLVY
LFILQYNFIRPHGSLNDFTPAEVTGFKTTELDKNTWFTAV
Blast result :
Comments
ISClte3 is 46% aa smilar to ISDge13.
References
1] Bruggemann,H., Baumer,S., Fricke,W.F., Wiezer,A., Liesegang,H., Decker,I., Herzberg,C., Martinez-Arias,R., Merkl,R., Henne,A. and Gottschalk,G. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (3), 1316-1321