ISClte3

  • Family IS6
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AE015927 ND Clostridium tetani
Clostridium tetani E88
DNA section
IS Length : 1274 bp

Ends


IR Length : 21/32

IRL : CGTTCTATTAAGTTAATATGAACATTGCTCTTCTTCCCATAAGGAAATAC
IRR : GAATCTGTTAAGTAGATATGAAAAAATATCTTTAAAATTCGTAGAATTGC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TTTCCCCCAATATTAAAGTCTATATTTTCTTAATATAGAT0

DNA sequence

CGTTCTATTAAGTTAATATGAACATTGCTCTTCTTCCCATAAGGAAATACAATAAGTTTGACTAAAAACAATTATCCCCCTAGAAAAGGAGAGAAGAACA
ATGAACAAAACTAAAATTAAGTGTCCTCGCTGCCATAGTGACAAACTATATAAGTTTGGATTTGACAAGCAGGCTAATCAAAAATATCAATGTCAAAAAT
GTAGGCCTCAATTTACACATGATTCCGTCAATACACAAGTACATTCTAAATATCCTAAATGTCCAAGATGTGGCAAAGCAACTTATCTTCATCACGAATA
CAAATATTATAATCGCTACAAATGTAGTAATAGAAAATGTAATCACATAATAGTTAAAAATCATACTACCTGTATTGATAGCTCATCTAGTGATTTAGTT
ACTGGTTCTCTTAATATGAAAGGAATGCGCTTTCCACTTCATATTATATTAACTGCGCTAACCTTATATTTTCTAAATAACTCTTCAACTAGAGCTATCT
CTAGATTTTTAAAGATGAACTCAAATATTAAGGTTTCACATGTTACTATTGCTAACTGGACTAATAGTTTTGCACCATTTTTTAAAAATAAAGCTGAAAG
CTTCAAAGAATCGTTAGATCTTCAGTCTGACGACTGGCATGCTGATGAAACTGTCGTTTTTATAAATGGTGAAAGATATTATCTTTGGTTAGCTATAGAT
TCTGAAACTAGATTTATACTGGCATTTCATCTAACTAAATCCAGGGAATCTGATTCTGCTTTTTCATTAATAAATAACGCATCTACTTATGATGCACCTG
AGAACTTTATAACCGATAGGTTGCCATCATACACTCAAGCTACTGCTACCTTATTAAAAAATACTACGCATATACCAGTAGCTCCTATGCCTAGTGACAT
TAGTAATAATTTAATTGAATCATTTAATAAAACTTTTAAAACATGGTATAAAGCTAAAAAGGGATTCAATTCCTTTGAAAAAGCTAATAACTTAGTATAC
TTGTTTATCCTTCAGTACAATTTCATTCGTCCTCATGGTTCTTTAAATGATTTTACACCAGCAGAAGTAACTGGTTTTAAAACTACTGAATTAGATAAAA
ATACTTGGTTTACAGCAGTTTAATTTTACTTAATATTTTTAATTAACCTGCAAAAATCAAATTTATTGCAGGCTTGTTTGCTATGCAATAAAATCTTCAA
ACTTATATAATTTTCAAAGAGCTAGCAATTCTACGAATTTTAAAGATATTTTTTCATATCTACTTAACAGATTC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1023 bp340 aa1011123+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MNKTKIKCPRCHSDKLYKFGFDKQANQKYQCQKCRPQFTHDSVNTQVHSKYPKCPRCGKATYLHHEYKYYNRYKCSNRKCNHIIVKNHTTCIDSSSSDLV
TGSLNMKGMRFPLHIILTALTLYFLNNSSTRAISRFLKMNSNIKVSHVTIANWTNSFAPFFKNKAESFKESLDLQSDDWHADETVVFINGERYYLWLAID
SETRFILAFHLTKSRESDSAFSLINNASTYDAPENFITDRLPSYTQATATLLKNTTHIPVAPMPSDISNNLIESFNKTFKTWYKAKKGFNSFEKANNLVY
LFILQYNFIRPHGSLNDFTPAEVTGFKTTELDKNTWFTAV

 

Blast result :
Comments
ISClte3 is 46% aa smilar to ISDge13.
References
1] Bruggemann,H., Baumer,S., Fricke,W.F., Wiezer,A., Liesegang,H., Decker,I., Herzberg,C., Martinez-Arias,R., Merkl,R., Henne,A. and Gottschalk,G. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (3), 1316-1321