ISPto6
- Family IS1380
- Group IS942
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NZ_AAPR01000014 | ND | Psychroflexus torquis | Psychroflexus torquis ATCC 700755 |
DNA section
IS Length : 1692 bp
Ends
IR Length : 20/25
IRL : CCTTAACTCCGCAAAACTTTATAGTTTTTTTTAGAAGAAAGCACTGTGTA
IRR : CCTTAAATCCGCAAGCCACTTTAAATCTACAAAATTTATATCAAAGAATG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTCATAGCA | ATAAT | CAAAAAATAG | 5 |
DNA sequence
CCTTAACTCCGCAAAACTTTATAGTTTTTTTTAGAAGAAAGCACTGTGTATAAAAGATTACACACAGTGTTTCAATGTAAATTTTTTCACTTATTTTAGT
GATGTCAAAGTCATAAAACAGCTTAAGATATTTACAATGATAAAAGTACAAAATTATAAGAAATCTGTAAGTCCTTTTTCGGGAATTTCATTTGTTAACG
AATCCTTCAACAGTATAGGTTTGTCAAGTTTAATAGATTCAGAACTAGGTGAAAGAGTTAAATACGCTGGTTATTCTTACAGCGAAATAATCAGAAGCCT
AACCAATGTATTTTTAAGTGGAGGCGATGTTATTGAAGATGTTAGTTCTCATTTAGGCACACATTTAAAGGAAATTCCCAATAACAATGTTCCCAGCCCA
GATACGATACAAAGAGGTCTCAAGGAATTAACCACAGAGAACATTGTTCATCAATCAAAATCTGGCTTATGTTATGATTTTAACGTCAATAAAAAGCTAA
ATTTACTCAACATCAAATCTTTGCTTTTAACTAAACAATTGGAATCAAATAAGGATTACGATTTTGATTACGACAATCAAATAACAGCAAATAAAAAGTA
TGATGCTAAACGCACATACAAGAAGAATAAAGGTTACTTCCCAGGTGTAGCAACGATTGGCGACAATATTGTTTATATTGAAAACCGAGACGGAAATGCC
AATGTAAAGTTTAAGCAAGCAGAAACATTACAGAATGCCTATGGTCTATTGAAGTCGCAAGACATTACCATAAATCGTTCAAGAATGGATGCTGGTTCGT
ATTCAAAAGATATTATAGAGGTGGTTGCAAAAAACAGTAAACTCTTTTACATAAGAGCCAATAAAAGTGATACTGTTTTTGAACAAATACTAGAAATAAG
TGACTGGATAGACATTGAATTAAACTACAAAAACTATCAAGTAGCTTCGATAAAGTTTAAGCAATTTAACGAGGATAAAAATTACCGTTTGGTAATTATG
CGTGAAAAAACTTCGAACAATCAGATAGATGTATTTACTGGTGATGCTTTTAAATACCGTTCAATACTTACAAATGATTGGAAGAATACAGAAAAACAAA
TTATCGAATATTACAATAATAGAGGAACAAGTGAAAAGATTTTTGATGTAATGAATAATGATTTTGGCTGGAAACGAATGCCTTTTTCGTTTCTAAATCA
AAATAACACCTTTATGATTGTTACAGCAATGATCAAAAATTTCTATACTTATTTTGTAGGTTTAGTATCAAAAGTGTTTGATAATATTTCACCAACAACT
CGCATTAAAAGGTTTGTTTTTAGATTCATAAACGTGGCAGGCAAATGGGTTCACCAAAGTAGGGGTTGGGTTTTAAAACTCTACAGTAAATCACCTTACA
AACAGCTTTTAATTTAAAAAAAACGACTTGTTTTTTTAACAAAACAGGATAATTATGCCTTGTTACAAGACTTATATAAACTCAAACAATTGATTTAAAG
AATTTTAGTAAAAATGTTTTTATTTTCTGAAATTAGAGAAACCTCTAGATATCATTAGAAAAAAAAACACGATTTCCAAATCAGTAAGGCAAGTAAAATG
CTATTTAATTACTCAAATCTGTCTCAAAATAAACTCAAAACACATTCTTTGATATAAATTTTGTAGATTTAAAGTGGCTTGCGGATTTAAGG
GATGTCAAAGTCATAAAACAGCTTAAGATATTTACAATGATAAAAGTACAAAATTATAAGAAATCTGTAAGTCCTTTTTCGGGAATTTCATTTGTTAACG
AATCCTTCAACAGTATAGGTTTGTCAAGTTTAATAGATTCAGAACTAGGTGAAAGAGTTAAATACGCTGGTTATTCTTACAGCGAAATAATCAGAAGCCT
AACCAATGTATTTTTAAGTGGAGGCGATGTTATTGAAGATGTTAGTTCTCATTTAGGCACACATTTAAAGGAAATTCCCAATAACAATGTTCCCAGCCCA
GATACGATACAAAGAGGTCTCAAGGAATTAACCACAGAGAACATTGTTCATCAATCAAAATCTGGCTTATGTTATGATTTTAACGTCAATAAAAAGCTAA
ATTTACTCAACATCAAATCTTTGCTTTTAACTAAACAATTGGAATCAAATAAGGATTACGATTTTGATTACGACAATCAAATAACAGCAAATAAAAAGTA
TGATGCTAAACGCACATACAAGAAGAATAAAGGTTACTTCCCAGGTGTAGCAACGATTGGCGACAATATTGTTTATATTGAAAACCGAGACGGAAATGCC
AATGTAAAGTTTAAGCAAGCAGAAACATTACAGAATGCCTATGGTCTATTGAAGTCGCAAGACATTACCATAAATCGTTCAAGAATGGATGCTGGTTCGT
ATTCAAAAGATATTATAGAGGTGGTTGCAAAAAACAGTAAACTCTTTTACATAAGAGCCAATAAAAGTGATACTGTTTTTGAACAAATACTAGAAATAAG
TGACTGGATAGACATTGAATTAAACTACAAAAACTATCAAGTAGCTTCGATAAAGTTTAAGCAATTTAACGAGGATAAAAATTACCGTTTGGTAATTATG
CGTGAAAAAACTTCGAACAATCAGATAGATGTATTTACTGGTGATGCTTTTAAATACCGTTCAATACTTACAAATGATTGGAAGAATACAGAAAAACAAA
TTATCGAATATTACAATAATAGAGGAACAAGTGAAAAGATTTTTGATGTAATGAATAATGATTTTGGCTGGAAACGAATGCCTTTTTCGTTTCTAAATCA
AAATAACACCTTTATGATTGTTACAGCAATGATCAAAAATTTCTATACTTATTTTGTAGGTTTAGTATCAAAAGTGTTTGATAATATTTCACCAACAACT
CGCATTAAAAGGTTTGTTTTTAGATTCATAAACGTGGCAGGCAAATGGGTTCACCAAAGTAGGGGTTGGGTTTTAAAACTCTACAGTAAATCACCTTACA
AACAGCTTTTAATTTAAAAAAAACGACTTGTTTTTTTAACAAAACAGGATAATTATGCCTTGTTACAAGACTTATATAAACTCAAACAATTGATTTAAAG
AATTTTAGTAAAAATGTTTTTATTTTCTGAAATTAGAGAAACCTCTAGATATCATTAGAAAAAAAAACACGATTTCCAAATCAGTAAGGCAAGTAAAATG
CTATTTAATTACTCAAATCTGTCTCAAAATAAACTCAAAACACATTCTTTGATATAAATTTTGTAGATTTAAAGTGGCTTGCGGATTTAAGG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1281 bp | 426 aa | 137 | 1417 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MIKVQNYKKSVSPFSGISFVNESFNSIGLSSLIDSELGERVKYAGYSYSEIIRSLTNVFLSGGDVIEDVSSHLGTHLKEIPNNNVPSPDTIQRGLKELTT
ENIVHQSKSGLCYDFNVNKKLNLLNIKSLLLTKQLESNKDYDFDYDNQITANKKYDAKRTYKKNKGYFPGVATIGDNIVYIENRDGNANVKFKQAETLQN
AYGLLKSQDITINRSRMDAGSYSKDIIEVVAKNSKLFYIRANKSDTVFEQILEISDWIDIELNYKNYQVASIKFKQFNEDKNYRLVIMREKTSNNQIDVF
TGDAFKYRSILTNDWKNTEKQIIEYYNNRGTSEKIFDVMNNDFGWKRMPFSFLNQNNTFMIVTAMIKNFYTYFVGLVSKVFDNISPTTRIKRFVFRFINV
AGKWVHQSRGWVLKLYSKSPYKQLLI
ENIVHQSKSGLCYDFNVNKKLNLLNIKSLLLTKQLESNKDYDFDYDNQITANKKYDAKRTYKKNKGYFPGVATIGDNIVYIENRDGNANVKFKQAETLQN
AYGLLKSQDITINRSRMDAGSYSKDIIEVVAKNSKLFYIRANKSDTVFEQILEISDWIDIELNYKNYQVASIKFKQFNEDKNYRLVIMREKTSNNQIDVF
TGDAFKYRSILTNDWKNTEKQIIEYYNNRGTSEKIFDVMNNDFGWKRMPFSFLNQNNTFMIVTAMIKNFYTYFVGLVSKVFDNISPTTRIKRFVFRFINV
AGKWVHQSRGWVLKLYSKSPYKQLLI
Blast result :
Comments
ISPto6 is 66% aa similar to IS942.
References
1] Bowman,J., Ferriera,S., Johnson,J., Kravitz,S., Halpern,A., Remington,K., Beeson,K., Tran,B., Rogers,Y.-H., Friedman,R. and Venter,J.C. (2006) Direct Submission GenBank.
2] ISfinder annotation (2008).
2] ISfinder annotation (2008).