ISLhe65
- Family IS200/IS605
- Group IS1341
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP000517 | ND | Lactobacillus helveticus | Lactobacillus helveticus DPC 4571 |
DNA section
IS Length : 1421 bp
Ends
Left end : TGATTAATTGCCGGAGAAAACACGGGATTTCAATCCCGTGATGAATCCGGCCTTTTTTAGTTTTTTTGCTTGTTCCCCCCTTCTTTCTTAAACATATGTT II struct. : Yes
Right end : CTGAGTTCCGTGAGTTAGGTATTTGACTAGTTCAATGTAAGATCCTAAACACTACTCAGTGTTCCCAGAAACCCGGCATTTCAGTGGGGGTGTAGTTCAT II struct. : Yes
Insertion site
Left flank | LE cleavage site | Right flank | RE cleavage site |
---|---|---|---|
ATTATATATTT | TTAT | AAAGCCAAGT | tcat |
DNA sequence
TGATTAATTGCCGGAGAAAACACGGGATTTCAATCCCGTGATGAATCCGGCCTTTTTTAGTTTTTTTGCTTGTTCCCCCCTTCTTTCTTAAACATATGTT
TGATATAATCTTAAAAAGAAAGGAGGGAACAAATGTGCTGAAAGGGATCAAATTAAGACTCTATCCTAATAAAATTCAACAAGGTCAGCTTGAGCAGATG
TTTGGCAATGATCGTTTTGTTTGGAATCAAATGCTGGCCATGATGAATGAGCGCTATCAGAATAATAAAGCTTTGCCTTTTTTAGGCAAGTTCAAGCTGA
ATTATCTGCTTAAGCCGCTTAAAAAAGAATATCCTTTTTTGAAAAACAGCGATTCTTCAAGCTTGCAGGTAGTTAATGAATTCCTAACTCAATCTTGGAA
GAACTTCTTTCAAGATAAAAGTGGTCAAATTGGCAAGCCTCGTTTTCATTCACGCAAGTATCTGAAAAAGTCTTATACGGGCAAGTCAATCATAAAAACT
GCAGGTAAAAGGTACTTGAAGATTCCTAAATTAGGCTATGTCAAAACCAGCAAGACTGGAGTTTTGCAAAACACTAAGGTTAAGCGTTACACTGTTCTGC
TTGAACCAACAGGAAAATATTATTTGTCTCTACAGGTAGAAATATCTGAACCAGAGAAGTACAGCTTGACTGGCAAACGAGTTGGGATTGATGTTGGCGT
GGCTGATTTAGCGATTCTGTCTAATGGGCTAAAATATCCTAGTTTTAATAGCTCTTATTTTGAAAAGAAAGCTAAAATTTGGCAGAAAAAGTATTCTCGA
CGTAGACATTTAGTTAAATTACTAGTTTTACAAAATAAGAATAAAAGGGTGCTTTGTCCTAGAAGCTTAGAAAGCTTAACTAATTGGCAAAAAGCGCAAA
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TGCGAATGGTATGGCAAGAAACTAATTGCAGTTGATCCCAAGAACACTTCCAGAATTTGTTCAAAATGTGGCTATAACAGTGGCGCTAAGCCATTAGAGA
TTCGTGAATGGATTTGCCCTAAGTGTCAAACCAAGCATGACCGAGATATTAATGCGGCAGTTAATATCTTGCATAAAGGAAGTACAAAGCTAAATGGTCA
GGGACTGGCCATGGTAACAAGCTGAGTTCCGTGAGTTAGGTATTTGACTAGTTCAATGTAAGATCCTAAACACTACTCAGTGTTCCCAGAAACCCGGCAT
TTCAGTGGGGGTGTAGTTCAT
TGATATAATCTTAAAAAGAAAGGAGGGAACAAATGTGCTGAAAGGGATCAAATTAAGACTCTATCCTAATAAAATTCAACAAGGTCAGCTTGAGCAGATG
TTTGGCAATGATCGTTTTGTTTGGAATCAAATGCTGGCCATGATGAATGAGCGCTATCAGAATAATAAAGCTTTGCCTTTTTTAGGCAAGTTCAAGCTGA
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GCAGGTAAAAGGTACTTGAAGATTCCTAAATTAGGCTATGTCAAAACCAGCAAGACTGGAGTTTTGCAAAACACTAAGGTTAAGCGTTACACTGTTCTGC
TTGAACCAACAGGAAAATATTATTTGTCTCTACAGGTAGAAATATCTGAACCAGAGAAGTACAGCTTGACTGGCAAACGAGTTGGGATTGATGTTGGCGT
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GGGACTGGCCATGGTAACAAGCTGAGTTCCGTGAGTTAGGTATTTGACTAGTTCAATGTAAGATCCTAAACACTACTCAGTGTTCCCAGAAACCCGGCAT
TTCAGTGGGGGTGTAGTTCAT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1188 bp | 395 aa | 138 | 1325 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MKGIKLRLYPNKIQQGQLEQMFGNDRFVWNQMLAMMNERYQNNKALPFLGKFKLNYLLKPLKKEYPFLKNSDSSSLQVVNEFLTQSWKNFFQDKSGQIGK
PRFHSRKYLKKSYTGKSIIKTAGKRYLKIPKLGYVKTSKTGVLQNTKVKRYTVLLEPTGKYYLSLQVEISEPEKYSLTGKRVGIDVGVADLAILSNGLKY
PSFNSSYFEKKAKIWQKKYSRRRHLVKLLVLQNKNKRVLCPRSLESLTNWQKAQKSKAKYQAKAANQRRDYLHKLTTHLVKQYDVIAIEDLKTKNLQKNH
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Blast result :
Comments
ISLhe65 is 57% (ORFB) aa similar to ISEfa4.
This IS have only ORFB.
This IS have only ORFB.
References
1] Callanan,M., Kaleta,P., O'Callaghan,J., O'Sullivan,O., Jordan,K., McAuliffe,O., Sangrador-Vegas,A., Slattery,L., Fitzgerald,G.F., Beresford,T. and Ross,R.P. (2007) J. Bacteriol. In press