ISLhe2

  • Family ISL3
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
CP000517 ND Lactobacillus helveticus
Lactobacillus helveticus DPC 4571
DNA section
IS Length : 1462 bp

Ends


IR Length : 17/24

IRL : GGCTCTATAATTTTTCCTGTTGATGACTTATCTATATGATAAGCTGTTAA
IRR : GGCTCTTTGTCAAATCCTGTTGATAGAGAGTAAATGAATAGAATCAGGCA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TATTTTTTCTCCTTTGTTACATATTCTAACCGATATATCACGCA8

DNA sequence

GGCTCTATAATTTTTCCTGTTGATGACTTATCTATATGATAAGCTGTTAACAGTTTTTTTATTGCATTAAAAAAGGAGGACATAGTCCTCTTTAATAAAA
AATCTATTCCACTAAACATTTTATAAATAAAGGTGATTTCTATGTCCTCTCTTAATCATTGTATTAAATTCGAGCTTGATATTAAAGACGAAAATATTGT
TTTTAAAGATTATTTTTATAAATCGATCAAACTGCAAAAGCATAAAATCTATGAAGCTGAACTGATTCAACCTGCTTGTCCTTTCTGCGGCTCTTTGGAT
CTTTTGCACAATGGCCACTTGATTACCAATATTCACTATCCGACAGCTAATGCCAGTTTGCCTGTCATTATCAGATTGGCTAAGCAGCGAGTTAAATGTC
GTGATTGCAGTCGCTGGTCAATGGCCCAATCAGAATTGGCAAGCAAGTACTGTTCTATTTCTAATGCTTCCAAGCTTAAAGTATTATCAGCTTTAACTGA
AGACCGATCTATGACCAGCATTGCCAGAGAAAACAATGTTTCGATCAATACCGTCCAGAGAGTGCTGGGCAACTGTTCACACCGATTTATTGACAGCTAC
GAATATTTGCCAGCTCATTTGGCTTTTGATGAATTCAAAGGCGTTGATCGTCAGCTGCACTTTATCTGCTTAGACGGCGATAGTCATCAAGTCGTGCAGA
TTCTTAGAACGCGTTATAAGAAGAATCTGCTTAAGTATTTTGGACGTTTTTCGCCTCAAGCCAGAGCTAACGTTAAGACGGTCACGATGGATCTTAATTT
TTACTATCAAGATATCGTCAGAGCTTGTTTTCCTAACGCTCAGATTGTCATCGATCGTTTTCATATGATTCAAATGCTTACGCGTTCTTTCAACTCACTG
AGAGTCCAAGTCATGAAGACCTTTGATAAAAGATCCAGACAGTATCAGCTGCTCAAATCTCCCTGGAAATTATACTTGAAGAAGTTTGATGAGCTTGAAA
AAGCTCATCCTCGCTACAACTGGCATTACAAAGACTGCTTAACTCAAGCACAAGCAGTTACAGAAGGCATTAACACCAGTACTACTTTAGAGAATTCATA
TAACCTGATGCAAAGCTTTATTCAAGCCGTTGAAACTGGCAATACGCATGAGCTCAAATCGTTAATCAACTGCCAAGATCAAATTGGAACTTTAATGCAC
AAAACACTATTAACCTTTAAGCATAATCTAACAGCAGTGCTCAATGGAGCAGAATTGCCTTATTCTAACGGCTGTCTTGAAGGCTTCAACCGCAAAATCA
AACAAATCGAACGAACAGCTTTTGGCTATTCCAATTTTACCAATCTCTTAACCAGAATTCGTTTGGAAGAAGATCTGTGCAAAGAAAAAGAACCAAACAG
CCTTTTAATGACTGCCTGATTCTATTCATTTACTCTCTATCAACAGGATTTGACAAAGAGCC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1278 bp425 aa1421419+No
ORF function : Transposase
Chemistry : Unknow

ORF sequence :

MSSLNHCIKFELDIKDENIVFKDYFYKSIKLQKHKIYEAELIQPACPFCGSLDLLHNGHLITNIHYPTANASLPVIIRLAKQRVKCRDCSRWSMAQSELA
SKYCSISNASKLKVLSALTEDRSMTSIARENNVSINTVQRVLGNCSHRFIDSYEYLPAHLAFDEFKGVDRQLHFICLDGDSHQVVQILRTRYKKNLLKYF
GRFSPQARANVKTVTMDLNFYYQDIVRACFPNAQIVIDRFHMIQMLTRSFNSLRVQVMKTFDKRSRQYQLLKSPWKLYLKKFDELEKAHPRYNWHYKDCL
TQAQAVTEGINTSTTLENSYNLMQSFIQAVETGNTHELKSLINCQDQIGTLMHKTLLTFKHNLTAVLNGAELPYSNGCLEGFNRKIKQIERTAFGYSNFT
NLLTRIRLEEDLCKEKEPNSLLMTA

 

Blast result :
Comments
ISLhe2 is 78% aa similar to ISLjo2.
References
1] Callanan,M., Kaleta,P., O'Callaghan,J., O'Sullivan,O., Jordan,K., McAuliffe,O., Sangrador-Vegas,A., Slattery,L., Fitzgerald,G.F., Beresford,T. and Ross,R.P. (2007) J. Bacteriol. In press