ISLhe2
- Family ISL3
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
CP000517 | ND | Lactobacillus helveticus | Lactobacillus helveticus DPC 4571 |
DNA section
IS Length : 1462 bp
Ends
IR Length : 17/24
IRL : GGCTCTATAATTTTTCCTGTTGATGACTTATCTATATGATAAGCTGTTAA
IRR : GGCTCTTTGTCAAATCCTGTTGATAGAGAGTAAATGAATAGAATCAGGCA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TATTTTTTCTCCTTTGTT | ACATATTC | TAACCGATATATCACGCA | 8 |
DNA sequence
GGCTCTATAATTTTTCCTGTTGATGACTTATCTATATGATAAGCTGTTAACAGTTTTTTTATTGCATTAAAAAAGGAGGACATAGTCCTCTTTAATAAAA
AATCTATTCCACTAAACATTTTATAAATAAAGGTGATTTCTATGTCCTCTCTTAATCATTGTATTAAATTCGAGCTTGATATTAAAGACGAAAATATTGT
TTTTAAAGATTATTTTTATAAATCGATCAAACTGCAAAAGCATAAAATCTATGAAGCTGAACTGATTCAACCTGCTTGTCCTTTCTGCGGCTCTTTGGAT
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TTCTTAGAACGCGTTATAAGAAGAATCTGCTTAAGTATTTTGGACGTTTTTCGCCTCAAGCCAGAGCTAACGTTAAGACGGTCACGATGGATCTTAATTT
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AAGCTCATCCTCGCTACAACTGGCATTACAAAGACTGCTTAACTCAAGCACAAGCAGTTACAGAAGGCATTAACACCAGTACTACTTTAGAGAATTCATA
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AAAACACTATTAACCTTTAAGCATAATCTAACAGCAGTGCTCAATGGAGCAGAATTGCCTTATTCTAACGGCTGTCTTGAAGGCTTCAACCGCAAAATCA
AACAAATCGAACGAACAGCTTTTGGCTATTCCAATTTTACCAATCTCTTAACCAGAATTCGTTTGGAAGAAGATCTGTGCAAAGAAAAAGAACCAAACAG
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CCTTTTAATGACTGCCTGATTCTATTCATTTACTCTCTATCAACAGGATTTGACAAAGAGCC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1278 bp | 425 aa | 142 | 1419 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MSSLNHCIKFELDIKDENIVFKDYFYKSIKLQKHKIYEAELIQPACPFCGSLDLLHNGHLITNIHYPTANASLPVIIRLAKQRVKCRDCSRWSMAQSELA
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Blast result :
Comments
ISLhe2 is 78% aa similar to ISLjo2.
References
1] Callanan,M., Kaleta,P., O'Callaghan,J., O'Sullivan,O., Jordan,K., McAuliffe,O., Sangrador-Vegas,A., Slattery,L., Fitzgerald,G.F., Beresford,T. and Ross,R.P. (2007) J. Bacteriol. In press