ISSau8
- Family ISL3
- Group
Isoform Synonym(s) ISRX
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_007622 | ND | Staphylococcus aureus | Staphylococcus aureus RF122 |
DNA section
IS Length : 1498 bp
Ends
IR Length : 19/24
IRL : GGTTCTATAATAAATCGGACTGATAGAAAAAGTTTTTTACTTTTCATCTG
IRR : GGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATATCGGAAGTTAGGCAAC
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
AACGTTACTGAAGATTTTTC | AGATTTT | TATAATTATGCTTCAAAT | 7 |
CAAGCCATTTTTCTTTGTGTTA | ACTTTTTA | CTATGTAACTTTAG | 8 |
DNA sequence
GGTTCTATAATAAATCGGACTGATAGAAAAAGTTTTTTACTTTTCATCTGTCCGATTTTTTGATTTTGAATATAAAAAAAGCGCAATTATCTCTATAATT
AAAAGTGCCTAAACAAATAACTAAAGGAGATAATGCGCCTATGAACAATGTTATACTAAATACCTTTGATTTGAAAGATAAAAATATTATTTTTGACGGT
AAACTTGAGAAAATTGAGTATAAAGGGAGAAAGTGTTTCTTTTATTACGCAAAACTAATCTATACACCTGAGGTGTGCCCAAACTGCAATTGTAAAAATA
TTAATGGTAATTTAATCAAAAATGGGTCTAAGACTTCTAGAATCACTATGCCTAAAATCTCCGAATATCCAACTTATATCATGTTGCGTAAGCAACGTTT
TAAATGTAAAACGTGCGAACGATACTTTACAGCTGAAACACCTGAAGTTGATAAATACTGTTTTATATCAAAAAAAACACGATCAGCTGTACTTAATAAA
GCAGCAGAAATTCGTTCTGAAAAATCTATAGCGAAATCCTGCTCTGTGTCAGCTACTACAGTTTCTCGTATCATTGATGAAGCCGCTCAATCGCTTCATC
AATCGCCGTATTCTGCACTTCCTGAACATATCATGATGGATGAATTTAAAAGTGTTAAAAATGTTTCTGGGAAAATGAGTTTTATATACGCTGATGCACA
AACGCATCATATTATTGATATTGTTGAAGATCGTAGATTAAGTGAGTTGAAAAAGTATTTTTATCGTTTTTCACTTAAAGCTAGAAAACGTGTGAAAACA
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CATTATCCCAAACGCATTCAGTTGTCCAACGAGCAATTAAGACACTTAACAAACATGTATACTTTATAAAAAATACATTTGATTATTACAATTTATCAAA
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Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1317 bp | 438 aa | 141 | 1457 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MNNVILNTFDLKDKNIIFDGKLEKIEYKGRKCFFYYAKLIYTPEVCPNCNCKNINGNLIKNGSKTSRITMPKISEYPTYIMLRKQRFKCKTCERYFTAET
PEVDKYCFISKKTRSAVLNKAAEIRSEKSIAKSCSVSATTVSRIIDEAAQSLHQSPYSALPEHIMMDEFKSVKNVSGKMSFIYADAQTHHIIDIVEDRRL
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Blast result :
Comments
ISSau8 is 59% aa similar to IS1181. There are 9 copies in the genome of Staphylococcus aureus RF122.
References
1] Herron-Olson,L., Musser,J.M. and Kapur,V.(2005) Direct submission GenBank