ISC1190
- Family IS110
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_002754 | ND | Sulfolobus solfataricus | Sulfolobus solfataricus P2 |
DNA section
IS Length : 1180 bp
Ends
Left end : ATATAAAACATATTAGTCAGATCTGCGTATTACAGATCTGACTGGGGTTGAGGCCGTTGATCTCCTTGGGCTTAGAGCTCGAGAGGGAGCTTGGCCTCCT
Right end : TAATAAGCCCTTTGATGCTAGCGAGTAAAGCAGGTGACATCACTTGAATAAGTAGTGTGTACTATGCTCGATTTTCACGGAAAGGTTTTTATACCGGAAG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GTCTTGTGGCTTAT | CTCCTT | CGTTAGGTTCAGTA | 6 |
DNA sequence
ATATAAAACATATTAGTCAGATCTGCGTATTACAGATCTGACTGGGGTTGAGGCCGTTGATCTCCTTGGGCTTAGAGCTCGAGAGGGAGCTTGGCCTCCT
CCAATTCGGACCGGAAGTTGGGCTTGAAGCCCGAATAAAACATAAGGGTGAGTATACATGGAGGCCCCAGTCGCCGGAATAGATGTTTCAAAAGATAAAT
TAGTAGTGTACTTCCAAGGTAAATACTATGAATTTCAAAATAATAAGCAAGGTTTTGAAGGAGTAAAGCAAGTCTTGCCAAAGGGTTGTAAAGTTGCTAT
AGAAAGTACTGGAATTTACCACATCAACTTGGCTAAGTACTTGGGTAAGGAGTACGACGTGAGGATTATTAATCCCCTCATACTCAAGAAGTTCAAGGAC
ATTAGGGGTAAGAAGAGTGATAAGAATGACGCTAAAAAGCTCGCTGAACTAGTTATAAGTATGGGCAGTGAGTTTACAACGAGTGAGGCTAAGGAGTTAA
CAAGCCAATGGGATTTTATCACAAGGAGCATTGTTAGGGTTAAGAATAGGCTAAGGAGAGATTTAATACTTCTAGGCTATAAGGACAGTTTGTCCAAGAA
GAACTTGAATGAGGTATTGAGGGGGGAGGATAATATAGTATTATCTGAGGTTAGGTTCCTCTTGGATGAGTTGGAGAGGCTTGAGGTTAGGAAGAGGGAG
ATTGAGGAAGAGCTTGAGGATCTTGTTCCTAAGGATAGTTTGATCTTCACGATTCCGGGTATTGGCAGAACGTTGGGTTGTATAATTTTAGCAAGGGTTG
GTGATGTTAAGCGTTTTGGTGACAAGAAGAGGTTTGTCGCTTATTGTGGTCTCGATCCTCTTGTTGAATCCAGTGGGAAGAGTGTTGTATCGAGAGGCAT
ATCTAGGAGGGGTGATGCTGTTTTGAGGAGGGCTTTCTATCTTGCAGCTTTAACTGCTATCAAGGTTAATCCTATTATTAAGCGGTTTTATGAGGAGCAC
AAGGGGAATTTGAAGGGTAAAAAGTTGATTACTGCTTGTGCCAGGAAGCTTGCTGTTATTACTTGGGCTGTGCTGTATTATAATAAGCCCTTTGATGCTA
GCGAGTAAAGCAGGTGACATCACTTGAATAAGTAGTGTGTACTATGCTCGATTTTCACGGAAAGGTTTTTATACCGGAAG
CCAATTCGGACCGGAAGTTGGGCTTGAAGCCCGAATAAAACATAAGGGTGAGTATACATGGAGGCCCCAGTCGCCGGAATAGATGTTTCAAAAGATAAAT
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AAGGGGAATTTGAAGGGTAAAAAGTTGATTACTGCTTGTGCCAGGAAGCTTGCTGTTATTACTTGGGCTGTGCTGTATTATAATAAGCCCTTTGATGCTA
GCGAGTAAAGCAGGTGACATCACTTGAATAAGTAGTGTGTACTATGCTCGATTTTCACGGAAAGGTTTTTATACCGGAAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
951 bp | 316 aa | 158 | 1108 | + | No |
Chemistry : DEDD
ORF sequence :
MEAPVAGIDVSKDKLVVYFQGKYYEFQNNKQGFEGVKQVLPKGCKVAIESTGIYHINLAKYLGKEYDVRIINPLILKKFKDIRGKKSDKNDAKKLAELVI
SMGSEFTTSEAKELTSQWDFITRSIVRVKNRLRRDLILLGYKDSLSKKNLNEVLRGEDNIVLSEVRFLLDELERLEVRKREIEEELEDLVPKDSLIFTIP
GIGRTLGCIILARVGDVKRFGDKKRFVAYCGLDPLVESSGKSVVSRGISRRGDAVLRRAFYLAALTAIKVNPIIKRFYEEHKGNLKGKKLITACARKLAV
ITWAVLYYNKPFDASE
SMGSEFTTSEAKELTSQWDFITRSIVRVKNRLRRDLILLGYKDSLSKKNLNEVLRGEDNIVLSEVRFLLDELERLEVRKREIEEELEDLVPKDSLIFTIP
GIGRTLGCIILARVGDVKRFGDKKRFVAYCGLDPLVESSGKSVVSRGISRRGDAVLRRAFYLAALTAIKVNPIIKRFYEEHKGNLKGKKLITACARKLAV
ITWAVLYYNKPFDASE
Blast result :
Comments
ISC1190 is 47% aa similar to ISNgo2.
References
1] She Q, Singh RK, Confalonieri F, Zivanovic Y, Allard G, Awayez MJ et al. (2001) Proc Natl Acad Sci U S A. 98(14):7835-40