ISAba6

  • Family IS982
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
ND Acinetobacter baumannii
Acinetobacter baumannii
DNA section
IS Length : 1003 bp

Ends


IR Length : 12

IRL : ACGTGAATTCGGGATAAGGAAGTTTAAAAGAATAGGCATTTGAGTCACAA
IRR : ACGTGAATTCGGTTTTAAGCAGAATTTAAATCAATCGGTTTTAAAATCTG

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length
TCTTCAAACATATCTATATCTAATAG6

DNA sequence

ACGTGAATTCGGGATAAGGAAGTTTAAAAGAATAGGCATTTGAGTCACAATTTAATCACGACAAAAAACTGAGTTCTCTCAAAATGCCTATTGATACACA
GCTTACAACACTTTTCTGCCTCATTGATGATTTCTGCACAGACATTACTCAAAATGTTGAACAATATATGCTGACTTATGGGCAGACCAAACGACTCCGT
CAAAGTAAAATTCATGCCTCCGAGGTGATCACATTATTATTGTGGTTTCATTTGACGGGGAGTCGAAACTTTAAAGCTTTTTACCTTTATTGGGCAAAGC
CCTTTCTTTGTTCATATTTTACCAACTTGCCTAGCTACAGTCGATTCATTGAACTAAAAGCAAAATATGCCATGTACTTCGTTGCTCTCATTGAAAGTTT
AAAAGTCCATTCAGCAGGAATTGCATTTATTGATTCAACTAAACTTGCGGTATGTCACAATAAAAGGATTCATCAGCATCGTGTATTTGCAGATAGTGCA
AGCCGAGGTAAAACCTCTGTTGATTGGTTCTATGGCTTTAAGATCCATTTAATTTGCGATCATATTGGACGTTTAGTTTCTTATTGTATAACAACAGGTA
ACGTGGATGACCGTAAGGTATTACCTGATTTAATTGAACATTCAAAACTAAAAGGCAAGTTATTTGGTGATCGTGGTTATGTAGGTAAGAACTGGAAATC
TCATCTTGCAGAAGTTGGGGTTCAACTGATTACACGAGTGAAAAGGAATATGAAACCACAAGTTCTAGCCCCCTTTGATCATGCTGTATTAAGAAAACGA
GGGATTATTGAAGCGCCATTCAAGTTGATGAAAAGTCAATTTGATCTTGAGCATAGCCGTCATAGATCAAAAATGGGGCTATTGACTACTATCTTTGCTG
CTTTGACTTTATATGCTTTAGTACTTGTGAATGGCTATAAATCGGGGATTCAGCAGATTTTAAAACCGATTGATTTAAATTCTGCTTAAAACCGAATTCA
CGT
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
905 bp301 aa84988+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MPIDTQLTTLFCLIDDFCTDITQNVEQYMLTYGQTKRLRQSKIHASEVITLLLWFHLTGSRNFKAFYLYWAKPFLCSYFTNLPSYSRFIELKAKYAMYFV
ALIESLKVHSAGIAFIDSTKLAVCHNKRIHQHRVFADSASRGKTSVDWFYGFKIHLICDHIGRLVSYCITTGNVDDRKVLPDLIEHSKLKGKLFGDRGYV
GKNWKSHLAEVGVQLITRVKRNMKPQVLAPFDHAVLRKRGIIEAPFKLMKSQFDLEHSRHRSKMGLLTTIFAALTLYALVLVNGYKSGIQQILKPIDLNS
A

 

Blast result :
Comments
ISAba6 is 59% aa similar to ISPlu6.
References
1] Poirel, L. (2006) Direct submission