ISClph1
- Family IS1595
- Group ISPna2
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_010001 | ND | Clostridium phytofermentans | Clostridium phytofermentans ISDg |
DNA section
IS Length : 1607 bp
Ends
IR Length : 22/24
IRL : GGCTCTGTCACAACATTTTGTTGATATTCAGAACATTAGTTTGTAAGTTC
IRR : GGCTCTGTCACAACATACTGTTGAAAATTAGTGATATTTAAGCAGAGCTT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
GCTCCTTTCTTT | AATTTTTT | TAGTAAAAATTATTC | 8 |
DNA sequence
GGCTCTGTCACAACATTTTGTTGATATTCAGAACATTAGTTTGTAAGTTCTTTTTAGTGTGTTATAATACCCTTATAAACTGTAAAAGGAGGGATATTAT
ATGCCAGATATTAAAGACGTTTTTACACTGTATACTCAGCTTTCACCACAAGAACAGAAAAAGCTATACTCAATGATTTCATATCAACTACCTATTGATA
ACGATTTTGAGCAATTTGTCAAAGATGAACGCTTTACGTCTGGATTCGTATGCCCCCATTGCGGTTGTATTGGTCATATTTCAAGAAATGGTCATATTTA
CAAAACTGATAAAGACGGAAACAAAACCATTGATAAACAACGTTATGTCTGTAAGGACTGTGGAAAATCCTTTACTGTATTATCTAACTCAGTTGCATCT
GGAACACGCAAGAATCTTAGTATTTGGGAATCATTCACTAAATGTATGTTGAATGGTTTTTCTGTACGTAAATCTGCGAATATTTGTGGTATTCACCGAA
ATACAGCTTTTGCATGGAGACATAAACTCCTGGATGCCCTCCAGCAACCTGCTGAAAAAACAAGATTGGATGGTATTATAGAAGCAGATGAAACCTTTTT
TCGTGTTTCATATAAAGGCAATCATAAGAGAAGTTCCTTTAAAATACCGAGAGAAGCTCGCAAACGTGGTGGTTTAGCACATAAAAGAGGATTATCAAAA
GAGCAGGTCTGTGTCCCATGTGCTATTGACCGAAAAGGTCATTCTTATGGTAAAATAGCATCATTAGGAAGGATAGCAACTAAGAATTTACATGCTGTTT
ATGATGGAAAAATCTGTTCTGAATCAACTCTTTGTACGGATAAAATGAATGCTTATGTTAGATTTGCTAAAAGTAAAAATATTCAGTTAATTCAGCTAAA
ATCAGGTAAAGAGAAAAAGGGAATTTACAATATTCAAAGAATCAATAATTATCATACAAAGCTTAAGAAGTTCATGGATAAATTTAATGGTGTGGCTACA
AAATACCTTAACAACTATCTTGTATGGCATACTTGGTTTGACTTAAAAGGTCATACACAACTTGAAAAAGCTGATTTGCTCTTAGCTAAAGCAATGACAA
GTATTCTTTCTTTTCACTTCAGACAATTGTCAATGCGTCCATCAATACCATTAAATATCTGAATTTGAGTTATTTTAAATATAGAAGAATTATTAAACTA
ATGGATAGAATGGAGGGTATATATGTTTGAATTAGTATTTCTGGTACTAATTGGGTTAATTTTTAGTTTTTTGGGGTGGCGTATCTGGAAAAAAGAACAG
ATAACACTAATCCATGATTATCACTATACTAAAGTGATTGAAAAGGACAAGAAACCATACACAGAAAAAATGGGTAAGGCATGTATTGTTATGGGAATCG
GAATGATATTGACAGGTGCAATTGATTTTATAACAACTACGTTTTATGGATGGATATTCTTTGGAGTCTGTTTTATTATCGGTTTAATTATTATGATTTT
TGCTCAATTAAAGTATAATGGTGGGTTATTCTAATAGCATTATTTAAGCAGAGTGGTAAGCTCTGCTTAAATATCACTAATTTTCAACAGTATGTTGTGA
CAGAGCC
ATGCCAGATATTAAAGACGTTTTTACACTGTATACTCAGCTTTCACCACAAGAACAGAAAAAGCTATACTCAATGATTTCATATCAACTACCTATTGATA
ACGATTTTGAGCAATTTGTCAAAGATGAACGCTTTACGTCTGGATTCGTATGCCCCCATTGCGGTTGTATTGGTCATATTTCAAGAAATGGTCATATTTA
CAAAACTGATAAAGACGGAAACAAAACCATTGATAAACAACGTTATGTCTGTAAGGACTGTGGAAAATCCTTTACTGTATTATCTAACTCAGTTGCATCT
GGAACACGCAAGAATCTTAGTATTTGGGAATCATTCACTAAATGTATGTTGAATGGTTTTTCTGTACGTAAATCTGCGAATATTTGTGGTATTCACCGAA
ATACAGCTTTTGCATGGAGACATAAACTCCTGGATGCCCTCCAGCAACCTGCTGAAAAAACAAGATTGGATGGTATTATAGAAGCAGATGAAACCTTTTT
TCGTGTTTCATATAAAGGCAATCATAAGAGAAGTTCCTTTAAAATACCGAGAGAAGCTCGCAAACGTGGTGGTTTAGCACATAAAAGAGGATTATCAAAA
GAGCAGGTCTGTGTCCCATGTGCTATTGACCGAAAAGGTCATTCTTATGGTAAAATAGCATCATTAGGAAGGATAGCAACTAAGAATTTACATGCTGTTT
ATGATGGAAAAATCTGTTCTGAATCAACTCTTTGTACGGATAAAATGAATGCTTATGTTAGATTTGCTAAAAGTAAAAATATTCAGTTAATTCAGCTAAA
ATCAGGTAAAGAGAAAAAGGGAATTTACAATATTCAAAGAATCAATAATTATCATACAAAGCTTAAGAAGTTCATGGATAAATTTAATGGTGTGGCTACA
AAATACCTTAACAACTATCTTGTATGGCATACTTGGTTTGACTTAAAAGGTCATACACAACTTGAAAAAGCTGATTTGCTCTTAGCTAAAGCAATGACAA
GTATTCTTTCTTTTCACTTCAGACAATTGTCAATGCGTCCATCAATACCATTAAATATCTGAATTTGAGTTATTTTAAATATAGAAGAATTATTAAACTA
ATGGATAGAATGGAGGGTATATATGTTTGAATTAGTATTTCTGGTACTAATTGGGTTAATTTTTAGTTTTTTGGGGTGGCGTATCTGGAAAAAAGAACAG
ATAACACTAATCCATGATTATCACTATACTAAAGTGATTGAAAAGGACAAGAAACCATACACAGAAAAAATGGGTAAGGCATGTATTGTTATGGGAATCG
GAATGATATTGACAGGTGCAATTGATTTTATAACAACTACGTTTTATGGATGGATATTCTTTGGAGTCTGTTTTATTATCGGTTTAATTATTATGATTTT
TGCTCAATTAAAGTATAATGGTGGGTTATTCTAATAGCATTATTTAAGCAGAGTGGTAAGCTCTGCTTAAATATCACTAATTTTCAACAGTATGTTGTGA
CAGAGCC
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1062 bp | 353 aa | 101 | 1162 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MPDIKDVFTLYTQLSPQEQKKLYSMISYQLPIDNDFEQFVKDERFTSGFVCPHCGCIGHISRNGHIYKTDKDGNKTIDKQRYVCKDCGKSFTVLSNSVAS
GTRKNLSIWESFTKCMLNGFSVRKSANICGIHRNTAFAWRHKLLDALQQPAEKTRLDGIIEADETFFRVSYKGNHKRSSFKIPREARKRGGLAHKRGLSK
EQVCVPCAIDRKGHSYGKIASLGRIATKNLHAVYDGKICSESTLCTDKMNAYVRFAKSKNIQLIQLKSGKEKKGIYNIQRINNYHTKLKKFMDKFNGVAT
KYLNNYLVWHTWFDLKGHTQLEKADLLLAKAMTSILSFHFRQLSMRPSIPLNI
GTRKNLSIWESFTKCMLNGFSVRKSANICGIHRNTAFAWRHKLLDALQQPAEKTRLDGIIEADETFFRVSYKGNHKRSSFKIPREARKRGGLAHKRGLSK
EQVCVPCAIDRKGHSYGKIASLGRIATKNLHAVYDGKICSESTLCTDKMNAYVRFAKSKNIQLIQLKSGKEKKGIYNIQRINNYHTKLKKFMDKFNGVAT
KYLNNYLVWHTWFDLKGHTQLEKADLLLAKAMTSILSFHFRQLSMRPSIPLNI
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
312 bp | 103 aa | 1223 | 1534 | + | No |
Annotation : Hypothetical proteinDescription :
ORF sequence :
MFELVFLVLIGLIFSFLGWRIWKKEQITLIHDYHYTKVIEKDKKPYTEKMGKACIVMGIGMILTGAIDFITTTFYGWIFFGVCFIIGLIIMIFAQLKYNG
GLF
GLF
Blast result :
Comments
ISClph1 is 59% aa similar to ISBwe1.
The first ORF is the transposase. There is a second passenger ORF in this sequence.
The first ORF is the transposase. There is a second passenger ORF in this sequence.
References
1] Copeland,A., Lucas,S., Lapidus,A., Barry,K., Glavina del Rio,T., Dalin,E., Tice,H., Pitluck,S., Kiss,H., Brettin,T., Bruce,D., Detter,J.C., Han,C., Kuske,C., Schmutz,J., Larimer,F., Land,M., Hauser,L., Kyrpides,N., Kim,E.A. and Richardson,P. (2007) Direct submission GenBank.