ISAbe14
- Family ISL3
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| LKDJ01000006 | ND | Acinetobacter bereziniae | Acinetobacter bereziniae HPC229 |
DNA section
IS Length : 9637 bp
Ends
IR Length : 21/25
IRL : GGCTATTTGCATTCTAAGGTAGAATTTCAATTAATTCAGCCTTTTTTTAT
IRR : GGCTATTTGCATTATGGGGTTGAATAATTAAATTACTCAATCTCATTTTC
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| GCTGaaaggttt | tataaaag | atacttaaAAGATTA | 8 |
DNA sequence
GGCTATTTGCATTCTAAGGTAGAATTTCAATTAATTCAGCCTTTTTTTATTTCTATCATTAATTTTAAATTTTGCAATATAAGGTTGAATATAGCTATTA
GAATTATTTTGATTTTTGCATTTCAGGGTTGATTTTTCATAATAAAATTCATTGCTAATGATAAAAGCGAAAAAAATAAACACTAAAATTTTAATTTTTG
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CTTCAATTACCTCTGTGAGCATAGTGCAGGTTCAGGCAAAACTTCAACGATTGCTTGGACAAGTCATGGCTTGATTCGCTTAAGACAAGATGATGGTACG
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CAACAAACGTAACTCAAAAAGTGCAATTTATTGTTCAGCATTTTCACCACAATGTAGCACACCTACTGAATAGCCAAGCAAAAGCAATGATTGTGACAAG
TTCACGCCCTGCTGCTATTCGCTATAAACTTGCTTTAGAGAAATATATCAATGAGAACCCTGAATACAGCCAATATCGTGTTTTAGTAGCATTCTCAGGC
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ATCCGTGCGCTGATTTAAGAGACAGCTTTGATCGCCCTGAATACCGTTTAATGGTGGTAGCAAATAAATTCCAAACAGGCTTCGACCAACCCAAACTATG
TGCAATGTACTTAGACAAGAAGATTGCCAATCCTGTTGAGGTTGTGCAAACGCTATCTCGCTTAAACCGTACTACGTCAGGTAAAGACCAAACTTTTGTC
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GCATTAAAGATACATTAGATGAAATGGAGCTTTATGATGAAGATGATCTTGAAGCGTTCAAGAATGCTAAATTTAAAACAATTCGTGATTTAGCCAAAGA
TAACCACGATTACAATCAACATAAAGCACTGTATCAAGCAACCGATAAGCCGACACGTTTATTTAACTCAAAGTTAAAAACACTTAAAGAAGCAATTGAT
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ATGGTGAAACACTTGATGTTGAGAAATTGAAGGGGTAATTATGTTAGATATACTGCAATTAGACGGTGTAAAACCAACAGATATTCGTAGCGAAGATGGT
TCTATTGTCATCTCGATAGAACCATTAGAAGCTACAATAGGAACTCACTGTCCTAATTGCGGTCATAAACTATATAAGCACGGCAGTCGTATTAATCACT
TTGCTGACACCCCTCAGCAAATGCAACCCGTGGTATTAGAGCTAACTCGAAATCGTTATCGTTGTACTGAATGCAAAAGTATGTTTATTCCTGAATTTAG
TTTTTTGGATGACAAAAGACGAGCAACAGGTAGATTAATTGATGCAATTAAACGAAGATGCCTCAATTATACATTTACTCACTTAGCAGAAGAAACAGGG
CTTGCAGTTAATACTATTAAAAATATTACATCTGATTATATTGAAGAGTTAGAACAAACCATTAAGTTTGAGACCCCGACCATTATGGGGATTGATGAGC
TTCTATTGGGTACTGAATATCGTTGTGTTATTACAAATCTTGGAATGAAAAGTTTATACGATATGTTGCCTAATCGCAGACAAGAACTCCTTATTCCATA
CTTTAAAAATCTTCCCGACCCTGAAAAAGTCGAATGGGTCTGTACAGATATGTGGAGACCATATAAAGCGTCATTCAAAGATTTCTTACCAAATGCAACC
TTAGTTATTGATAAGTTTCATGTCGTTCGCATGGCAAGTGAAATCATGGAAAAAGAGCGCAAAGAAATGCAAAGTCAGTTCAATAAGGTAGCACGATTAC
ATGCTAAAAAAAGTTTGAGGTGGATAACTTTAAAAAGACCAAATAGCTTAAATGAGGAAGAGCAGGAAATGCTCAAGGATATGGAAACAACCATGCCCAA
GCTTAAACTTGCGTATGATGTTAAAGAAGATTTTTATAAAATATACGATTGCGAGACTAGGGAAGCAGCAGAAAAAGCATTCAAAAAATGGACTGATGAT
ATTCCTAATGATTTATCGAAATTTAAAGATTTAGTCAAAACAGTATCTAATAATTATGAAGATATATTTTCATATTGGGATGCTCCATTGAGTATAACCA
ATGCTTATACTGAGGGGCATAATGGATTAACTAAAGTAGCAAATAGGCTTGGGCATGGTTATTCTTTTGAAGTAATAAGAGCAAAGATGTTGTACAACAA
AATTGCGAGATCAGTAACAAGCATTTCAACCAAGTCTACTTCAACTAAGTCTTTCATTGTTACGCCTGATAGTCCTGTAAATACAACATCAAGCAAAGAT
TTGAACTTTAGTTTTTCAACCAAATACAAGAAAATGAAAATAGAATATGGTGCGCATATTCCAACCTTGGTTGAAATTTATGAGGAAGAAAATGAGATTG
AGTAATTTAATTATTCAACCCCATAATGCAAATAGCC
Protein section
ORF number : 5
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 2001 bp | 666 aa | 279 | 2279 | + | No |
Annotation : Putative type I restriction-modification system DNA methylaseDescription :
ORF sequence :
MVITPNNNDTVLTNFIWKNADDLRGDFPHTQFGRIILPFTILRRLECVLEENKAKVLATYEQFKDQDLALDAILKNASQRPFYNTSNYSLSTLGGNKTKA
NLEDYISKFSENVRKIFEGFKFAQIIAELDAANLLLLISGNFAKINLHPDSVPDRTMSNVYEHLIAKFGAEVGTGSEDFMTPHDVVHLATTLLLHPDNDL
FEQNLGLVRTLYDMTCGTGGFLSDMMNHVETYKDKYKVAPVLVPHGQEIQPETHAVALGNMLLKRLETDPSRDLSANIKLGSTLSNDQYEGKRFHYQCAN
PPYGMKWDKDSKEVKAEQKLGFAGRFGAGVPKSSDGSMLFLQNLVAKLETPENGGGRGAIVLSGSPLFNGKANSGESNIRRWLLENDYIEAIVALPTEIF
FRTGITTYIWLISNRKPSHRQGKVQLIDASGLGASMRKNEGNKRTYLDDDSIAEITRIYADFEESEISKIFDYSEFGYRQVQIKRPLRMDFHFNAEKKAL
LKLNKDFIKLSEADQSEVLKFIDQIDDEAKSFTWFESEFIGKLPIKKISKAFNEALINVFGEKNPDAEIITLNGDALFDTELNDSESIPLNQDIDAYMAK
EVLPHAPDAVVDEKVVDAQDGQVGLVGYEINFNRYFYKFEQPRHPNETLAEIKELSAEVAQLLGEI
NLEDYISKFSENVRKIFEGFKFAQIIAELDAANLLLLISGNFAKINLHPDSVPDRTMSNVYEHLIAKFGAEVGTGSEDFMTPHDVVHLATTLLLHPDNDL
FEQNLGLVRTLYDMTCGTGGFLSDMMNHVETYKDKYKVAPVLVPHGQEIQPETHAVALGNMLLKRLETDPSRDLSANIKLGSTLSNDQYEGKRFHYQCAN
PPYGMKWDKDSKEVKAEQKLGFAGRFGAGVPKSSDGSMLFLQNLVAKLETPENGGGRGAIVLSGSPLFNGKANSGESNIRRWLLENDYIEAIVALPTEIF
FRTGITTYIWLISNRKPSHRQGKVQLIDASGLGASMRKNEGNKRTYLDDDSIAEITRIYADFEESEISKIFDYSEFGYRQVQIKRPLRMDFHFNAEKKAL
LKLNKDFIKLSEADQSEVLKFIDQIDDEAKSFTWFESEFIGKLPIKKISKAFNEALINVFGEKNPDAEIITLNGDALFDTELNDSESIPLNQDIDAYMAK
EVLPHAPDAVVDEKVVDAQDGQVGLVGYEINFNRYFYKFEQPRHPNETLAEIKELSAEVAQLLGEI
Blast result :ORF 2
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1308 bp | 435 aa | 2461 | 3768 | + | No |
Annotation : Putative restriction endonuclease S subunitDescription :
ORF sequence :
MDFKEYPSYKDSGVEWIGNIPSHWSIKRFGYIFRENKIKNNGLIETNVLSLSYGRIKEKNIEDNKGLLPESFETYQIIQPNDIIFRFTDLQNDKRSLRSA
ISKFHGIITSAYIGVRTTANAEFYNYLFRAYDQQKVFYSMGDGMRQSLKIDELNRMPIVFPSKVEQQQIVSFLDSETSRIDNLIAKQEKLIERLEEHRNT
LTAHTIEKGIKPDTKMINSGVEWLGEVPESWKIGRLKNFAKVNPIIKKFSLDDDELIEFIPMSNVDDKKGVIASIDYRKFSEVSSGYTAFNTSDVVFAKI
TPCMENGNCAIIPELKYGFGYGTTEFIVFRVSKVIKTEFLYFLLRSKKLRDICTAFMTGTAGQQRISSDFLANYPLALPELKEQQEIIDFLHEKNQKIDT
LIAKQRELITKLKNYRTSIISHAVTGKIDVQEFGA
ISKFHGIITSAYIGVRTTANAEFYNYLFRAYDQQKVFYSMGDGMRQSLKIDELNRMPIVFPSKVEQQQIVSFLDSETSRIDNLIAKQEKLIERLEEHRNT
LTAHTIEKGIKPDTKMINSGVEWLGEVPESWKIGRLKNFAKVNPIIKKFSLDDDELIEFIPMSNVDDKKGVIASIDYRKFSEVSSGYTAFNTSDVVFAKI
TPCMENGNCAIIPELKYGFGYGTTEFIVFRVSKVIKTEFLYFLLRSKKLRDICTAFMTGTAGQQRISSDFLANYPLALPELKEQQEIIDFLHEKNQKIDT
LIAKQRELITKLKNYRTSIISHAVTGKIDVQEFGA
Blast result :ORF 3
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1032 bp | 343 aa | 3909 | 4940 | + | No |
Annotation : Abi-like proteinDescription :
ORF sequence :
MTQFTKQAKSNQEHLQTWQDRGLTIPDLVRADRYLSFIGYYRLSAYTIPFQKTVAVNSSALHQFKANTSFDDVLNLYIFDRELRLLIMDAIERIEVAIRA
QICNVLCHQSGNAFWYTDEQHFNHHYAHMRLLASIERQLLDEKNRLERDEKAIDKRPLSQADKDVLKDKVRKENFLRHYLSKYDSPKLPPSWMMIEMLTW
GELSHLYVGLKSNQAKKQIAQNLGLHAEVLESWLKSLNDVRNLCAHHSRLWNKEHGRSIKIPTSNAIQWLQQPVILTNTAIRYEKRSYMLLVAIQTLLYK
ISPNSTWAKRLKGLIEQYPSLSKANMGMPELWYQDSFWQHALR
QICNVLCHQSGNAFWYTDEQHFNHHYAHMRLLASIERQLLDEKNRLERDEKAIDKRPLSQADKDVLKDKVRKENFLRHYLSKYDSPKLPPSWMMIEMLTW
GELSHLYVGLKSNQAKKQIAQNLGLHAEVLESWLKSLNDVRNLCAHHSRLWNKEHGRSIKIPTSNAIQWLQQPVILTNTAIRYEKRSYMLLVAIQTLLYK
ISPNSTWAKRLKGLIEQYPSLSKANMGMPELWYQDSFWQHALR
Blast result :ORF 4
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 3276 bp | 1091 aa | 4963 | 8238 | + | No |
Annotation : Restriction endonucleaseDescription :
ORF sequence :
MNILTDKAHYESHLEEYIVSKLKAQGWLVGESKNYDTDTALYPEDLIGWIKDTQPEKWDNLYNTNGENTERTIISRLIAEIERTDNISVFRKGFKIAGAG
SGGIIHLTETAPEDKRNETTIKNYQANRLRVVPQLKYNPTRDFRIDLVFFINGLPMATVEIKTDFNQSIDAAKEQYKQDRKPIDPKTNRKEPLLLSKRGA
IVHFALSDSEIYMTTCLDGDNTFFLPFNKGNDGHAGNPPVGEDGEYPVAYFWDYICQPDNWLKIFHDFVYVEKKKKADLSGKYTVHERLIFPRYHQFDAV
LKMLNDAKTNGVGFNYLCEHSAGSGKTSTIAWTSHGLIRLRQDDGTPYFNSVIVVTDRTVLDDQLQEAIKQIDHQKGLIATISRENKENGGGTKSKQLEN
ALISGTPIIVVTIQTFPHVMEAILTENSLSDRRYAIIVDEAHTSQTGSTASKLQATLALKSSADLEKLTVEELLEQVQKARGNIKNISHFAFTATPKHST
YMLFGRTKDGKTATDDNLPLPFHLYTMRQAIEEGFILDVLKGYVPYKTAFKLGGDAVDSEQRVEGKGARRALARWMALHATNVTQKVQFIVQHFHHNVAH
LLNSQAKAMIVTSSRPAAIRYKLALEKYINENPEYSQYRVLVAFSGTIKGSAVKHDDDAHDIFNFSDDIEFSEKSLNEDNPCADLRDSFDRPEYRLMVVA
NKFQTGFDQPKLCAMYLDKKIANPVEVVQTLSRLNRTTSGKDQTFVIDFVNDPEWIQTCFKQYDSGAEMYNIQDPNIVYSIKDTLDEMELYDEDDLEAFK
NAKFKTIRDLAKDNHDYNQHKALYQATDKPTRLFNSKLKTLKEAIDLQEKLYQKAKKEGNDSGKGQAELERKILDVELKKLLNFKNDLLRFGRIYSYIAQ
IIDFADPELENFASFSKLVGKRLNGIAAKEVDISGLVLTGYGIFKKKGDDTDGGSNPEIPTVPVVPITGTGSTDPTPTQLFYLQEVIDRISAAFGDLSTR
YEQAVFINHLAAILRDDEVVMAQIENNTKETALQGNLPTAVTNAIIQALSSHQILSAHLLKNDSQAMQNIMLALYKLLKDGETLDVEKLKG
SGGIIHLTETAPEDKRNETTIKNYQANRLRVVPQLKYNPTRDFRIDLVFFINGLPMATVEIKTDFNQSIDAAKEQYKQDRKPIDPKTNRKEPLLLSKRGA
IVHFALSDSEIYMTTCLDGDNTFFLPFNKGNDGHAGNPPVGEDGEYPVAYFWDYICQPDNWLKIFHDFVYVEKKKKADLSGKYTVHERLIFPRYHQFDAV
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ALISGTPIIVVTIQTFPHVMEAILTENSLSDRRYAIIVDEAHTSQTGSTASKLQATLALKSSADLEKLTVEELLEQVQKARGNIKNISHFAFTATPKHST
YMLFGRTKDGKTATDDNLPLPFHLYTMRQAIEEGFILDVLKGYVPYKTAFKLGGDAVDSEQRVEGKGARRALARWMALHATNVTQKVQFIVQHFHHNVAH
LLNSQAKAMIVTSSRPAAIRYKLALEKYINENPEYSQYRVLVAFSGTIKGSAVKHDDDAHDIFNFSDDIEFSEKSLNEDNPCADLRDSFDRPEYRLMVVA
NKFQTGFDQPKLCAMYLDKKIANPVEVVQTLSRLNRTTSGKDQTFVIDFVNDPEWIQTCFKQYDSGAEMYNIQDPNIVYSIKDTLDEMELYDEDDLEAFK
NAKFKTIRDLAKDNHDYNQHKALYQATDKPTRLFNSKLKTLKEAIDLQEKLYQKAKKEGNDSGKGQAELERKILDVELKKLLNFKNDLLRFGRIYSYIAQ
IIDFADPELENFASFSKLVGKRLNGIAAKEVDISGLVLTGYGIFKKKGDDTDGGSNPEIPTVPVVPITGTGSTDPTPTQLFYLQEVIDRISAAFGDLSTR
YEQAVFINHLAAILRDDEVVMAQIENNTKETALQGNLPTAVTNAIIQALSSHQILSAHLLKNDSQAMQNIMLALYKLLKDGETLDVEKLKG
Blast result :ORF 5
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1365 bp | 454 aa | 8241 | 9605 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MLDILQLDGVKPTDIRSEDGSIVISIEPLEATIGTHCPNCGHKLYKHGSRINHFADTPQQMQPVVLELTRNRYRCTECKSMFIPEFSFLDDKRRATGRLI
DAIKRRCLNYTFTHLAEETGLAVNTIKNITSDYIEELEQTIKFETPTIMGIDELLLGTEYRCVITNLGMKSLYDMLPNRRQELLIPYFKNLPDPEKVEWV
CTDMWRPYKASFKDFLPNATLVIDKFHVVRMASEIMEKERKEMQSQFNKVARLHAKKSLRWITLKRPNSLNEEEQEMLKDMETTMPKLKLAYDVKEDFYK
IYDCETREAAEKAFKKWTDDIPNDLSKFKDLVKTVSNNYEDIFSYWDAPLSITNAYTEGHNGLTKVANRLGHGYSFEVIRAKMLYNKIARSVTSISTKST
STKSFIVTPDSPVNTTSSKDLNFSFSTKYKKMKIEYGAHIPTLVEIYEEENEIE
DAIKRRCLNYTFTHLAEETGLAVNTIKNITSDYIEELEQTIKFETPTIMGIDELLLGTEYRCVITNLGMKSLYDMLPNRRQELLIPYFKNLPDPEKVEWV
CTDMWRPYKASFKDFLPNATLVIDKFHVVRMASEIMEKERKEMQSQFNKVARLHAKKSLRWITLKRPNSLNEEEQEMLKDMETTMPKLKLAYDVKEDFYK
IYDCETREAAEKAFKKWTDDIPNDLSKFKDLVKTVSNNYEDIFSYWDAPLSITNAYTEGHNGLTKVANRLGHGYSFEVIRAKMLYNKIARSVTSISTKST
STKSFIVTPDSPVNTTSSKDLNFSFSTKYKKMKIEYGAHIPTLVEIYEEENEIE
Blast result :
Comments
ISAbe14 is 68% (transposase)aa similar to ISKpn25.
References
1] Brovedan M.A. (2018) Direct submission.
2] Brovedan,M., Marchiaro,P.M., Moran-Barrio,J., Revale,S., Cameranesi,M., Brambilla,L., Viale,A.M. and Limansky,A.S. (2016) Genome Announc 4 (2).
2] Brovedan,M., Marchiaro,P.M., Moran-Barrio,J., Revale,S., Cameranesi,M., Brambilla,L., Viale,A.M. and Limansky,A.S. (2016) Genome Announc 4 (2).