IS607
- Family IS607
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AF189015 | ND | Helicobacter pylori | Helicobacter pylori |
DNA section
IS Length : 2027 bp
Ends
IR Length : 13/21
IRL : GCTACAAACAGAAACTAAAATCCTATAATAACCTATAAAATACTATAATT
IRR : CGTTACTACAAACCTATAAAATCCTATAAAGAGCTATAAAATTCTCTTAA
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
GCTACAAACAGAAACTAAAATCCTATAATAACCTATAAAATACTATAATTTTTGTATAAGTTATTAAGTTTTGTGTTATACTGCTTGCATGAATAAAAGA
ATGCTATCAATCGGTCAAGCGAGTAAGCTTTTGGGTGTAACTATCCAAACCTTACGCAATTGGGATAAAAAAGATTTGTTAAAACCTGATGAACTCACTA
AAGGTGGTGAAAGGCGTTACAAGTTAGAAAGTTTAAGGCGTATCAATAGAAGTATAGTCTTTAATCAAGATGAATTAAAAACAATAGCTTATGCTAGAGT
AAGCTCGCATGACCAACAAGATGATTTAATCAGACAAGTTCAAGTTTTAGAGCTTTATTGCGCTAGATGTGGCTTTAACTATGAAGTGATACAAGATTTA
GGGAGTGGCATGAACTACTATAAAAAAGGCTTAACCAAGCTTTTAAACTTAATCTTAGACAATCAAGTCAAACGCCTTGTATTAACGCATAAAGACAGAT
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AGAATTAGCCAAAGATGTTTTAGAAATTATAACCGTCTTTAGCGCTAGATTGTATGGCTCTAGGTCTAAGAAAAACAAAAAACTCTTAGATGAAATGCAA
GAAGTAATAACTAACAATGTCAGCTATCTCAATCACGCATAAAATCGCTTTAAAGCCTAATAACAAGCATATTACTTACTTTAAAAAAGCTTTTGGGTGC
GCTAGGTTCGCTTATAATTGGGGGTTAGCTAAATGGAAAGAAAACTACCAATTAGGTATTAAAACTAGCCATCTACAGCTTAAAAAAGAATTTAACGCTC
TTAAAAAATCGCAATTTAATTTCGTTTATGAAGTAACCAAATACGCCACCCAACAGCCTTTTATCCACTTAAATCTAGCCTTTAATAAGTTTTTTAGGGA
TTTGGAAAAAGGTTTAGTGAGTTACCCTAAATTTAAAAAGAAAAGAGAGTTTCAAGGTTCTTTTTATATAGGAGGCGACCAAATTAAAATCATTCAAACA
GCTAATACTGATTATTTAAAAATACCTAACTTACCCCCAATCAAACTCACTGAAAAACTAAGATTTCAAGGCAAAATCCATAACGCTACCATTACTCAAA
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TATAGGGATTAAATCCTTTGTGAGTTTGTCTAATGGCTTAAATATCTATGCCCCTAAGCCCTTAGATAAGCTTACTAGAAAGCTTGTAAGAATTAGCAGA
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AAATCGCTAACATCAGACTTGATTTTTTACACAAGCTCACAAGCTCTCTTATAAGACACTCAAACTCGTTTTGTTTAGAAAGTTTGAAAGTCAAAAACAT
GTTTAAAAATCACAGGTTAGCTAAATCTTTAAGCGATATTTCTATGTCTGTGTTTAACACGCTATTAGAATATAAAGCTAAATACTCTAATAAAGAAATT
CTAAGAGCTGATACTTACTATCCAAGCTCTAAGACCTGCTCTAATTGTCAAAAGGTTAAACAAGATTTAAAACTTAAAGATAGGATTTATCAATGCCTAG
AGTGTGGCTTTGAATTAGATAGAGATATAAACGCTGCTATCAATCTTTTAAAGCATTTAGTAGGTAGAGTTACTGCCGAATTTACGCCTATGGACTTGAC
AGCTCTGTTAAATGATTTATCCAATAATCGTTTAGCAACTAGCAAGGTTGAACTAGGAATACAACAAAAATCCTAAATTAAGAGAATTTTATAGCTCTTT
ATAGGATTTTATAGGTTTGTAGTAACG
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AGCTCTGTTAAATGATTTATCCAATAATCGTTTAGCAACTAGCAAGGTTGAACTAGGAATACAACAAAAATCCTAAATTAAGAGAATTTTATAGCTCTTT
ATAGGATTTTATAGGTTTGTAGTAACG
Protein section
ORF number : 2
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
654 bp | 217 aa | 89 | 742 | + | No |
Chemistry : Serine
ORF sequence :
MNKRMLSIGQASKLLGVTIQTLRNWDKKDLLKPDELTKGGERRYKLESLRRINRSIVFNQDELKTIAYARVSSHDQQDDLIRQVQVLELYCARCGFNYEV
IQDLGSGMNYYKKGLTKLLNLILDNQVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFSICEAKGVEVVIINKGDENVRFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLL
DEMQEVITNNVSYLNHA
IQDLGSGMNYYKKGLTKLLNLILDNQVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFSICEAKGVEVVIINKGDENVRFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLL
DEMQEVITNNVSYLNHA
Blast result :ORF 2
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1260 bp | 419 aa | 717 | 1976 | + | No |
AG : TnpB
ORF sequence :
MSAISITHKIALKPNNKHITYFKKAFGCARFAYNWGLAKWKENYQLGIKTSHLQLKKEFNALKKSQFNFVYEVTKYATQQPFIHLNLAFNKFFRDLEKGL
VSYPKFKKKREFQGSFYIGGDQIKIIQTANTDYLKIPNLPPIKLTEKLRFQGKIHNATITQKGDHFYVSISCDIDESEYKRTHKLQESHNKLGIDIGIKS
FVSLSNGLNIYAPKPLDKLTRKLVRISRQLSKKIHPKTKGDKTRKSNNYLKHSKKLTHLHEKIANIRLDFLHKLTSSLIRHSNSFCLESLKVKNMFKNHR
LAKSLSDISMSVFNTLLEYKAKYSNKEILRADTYYPSSKTCSNCQKVKQDLKLKDRIYQCLECGFELDRDINAAINLLKHLVGRVTAEFTPMDLTALLND
LSNNRLATSKVELGIQQKS
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LAKSLSDISMSVFNTLLEYKAKYSNKEILRADTYYPSSKTCSNCQKVKQDLKLKDRIYQCLECGFELDRDINAAINLLKHLVGRVTAEFTPMDLTALLND
LSNNRLATSKVELGIQQKS
Blast result :
Comments
IS607 is 63% aa similar to IS1921 (ORF1) and 48% aa similar to IS1253A (ORF2).
References
1] Kersulyte,D., Mukhopadhyay,A.K., Shirai,M., Nakazawa,T. and Berg,D.E.
(2000) J. Bacteriol. 182 (19), 5300-5308
(2000) J. Bacteriol. 182 (19), 5300-5308