IS607

  • Family IS607
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
AF189015 ND Helicobacter pylori
Helicobacter pylori
DNA section
IS Length : 2027 bp

Ends


IR Length : 13/21

IRL : GCTACAAACAGAAACTAAAATCCTATAATAACCTATAAAATACTATAATT
IRR : CGTTACTACAAACCTATAAAATCCTATAAAGAGCTATAAAATTCTCTTAA

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length

DNA sequence

GCTACAAACAGAAACTAAAATCCTATAATAACCTATAAAATACTATAATTTTTGTATAAGTTATTAAGTTTTGTGTTATACTGCTTGCATGAATAAAAGA
ATGCTATCAATCGGTCAAGCGAGTAAGCTTTTGGGTGTAACTATCCAAACCTTACGCAATTGGGATAAAAAAGATTTGTTAAAACCTGATGAACTCACTA
AAGGTGGTGAAAGGCGTTACAAGTTAGAAAGTTTAAGGCGTATCAATAGAAGTATAGTCTTTAATCAAGATGAATTAAAAACAATAGCTTATGCTAGAGT
AAGCTCGCATGACCAACAAGATGATTTAATCAGACAAGTTCAAGTTTTAGAGCTTTATTGCGCTAGATGTGGCTTTAACTATGAAGTGATACAAGATTTA
GGGAGTGGCATGAACTACTATAAAAAAGGCTTAACCAAGCTTTTAAACTTAATCTTAGACAATCAAGTCAAACGCCTTGTATTAACGCATAAAGACAGAT
TATTACGCTTTGGAGCCGAATTGGTATTCAGTATTTGTGAAGCTAAAGGAGTAGAAGTGGTTATTATCAATAAGGGTGATGAGAATGTGAGGTTTGAAGA
AGAATTAGCCAAAGATGTTTTAGAAATTATAACCGTCTTTAGCGCTAGATTGTATGGCTCTAGGTCTAAGAAAAACAAAAAACTCTTAGATGAAATGCAA
GAAGTAATAACTAACAATGTCAGCTATCTCAATCACGCATAAAATCGCTTTAAAGCCTAATAACAAGCATATTACTTACTTTAAAAAAGCTTTTGGGTGC
GCTAGGTTCGCTTATAATTGGGGGTTAGCTAAATGGAAAGAAAACTACCAATTAGGTATTAAAACTAGCCATCTACAGCTTAAAAAAGAATTTAACGCTC
TTAAAAAATCGCAATTTAATTTCGTTTATGAAGTAACCAAATACGCCACCCAACAGCCTTTTATCCACTTAAATCTAGCCTTTAATAAGTTTTTTAGGGA
TTTGGAAAAAGGTTTAGTGAGTTACCCTAAATTTAAAAAGAAAAGAGAGTTTCAAGGTTCTTTTTATATAGGAGGCGACCAAATTAAAATCATTCAAACA
GCTAATACTGATTATTTAAAAATACCTAACTTACCCCCAATCAAACTCACTGAAAAACTAAGATTTCAAGGCAAAATCCATAACGCTACCATTACTCAAA
AGGGCGATCATTTCTATGTTTCAATCTCTTGTGATATTGATGAGAGTGAATACAAACGAACCCATAAACTCCAAGAGAGTCATAATAAACTAGGGATTGA
TATAGGGATTAAATCCTTTGTGAGTTTGTCTAATGGCTTAAATATCTATGCCCCTAAGCCCTTAGATAAGCTTACTAGAAAGCTTGTAAGAATTAGCAGA
CAACTGAGTAAAAAAATCCACCCAAAAACCAAAGGGGATAAAACCAGGAAATCTAATAATTACTTAAAGCATTCTAAAAAGCTTACCCACTTGCATGAAA
AAATCGCTAACATCAGACTTGATTTTTTACACAAGCTCACAAGCTCTCTTATAAGACACTCAAACTCGTTTTGTTTAGAAAGTTTGAAAGTCAAAAACAT
GTTTAAAAATCACAGGTTAGCTAAATCTTTAAGCGATATTTCTATGTCTGTGTTTAACACGCTATTAGAATATAAAGCTAAATACTCTAATAAAGAAATT
CTAAGAGCTGATACTTACTATCCAAGCTCTAAGACCTGCTCTAATTGTCAAAAGGTTAAACAAGATTTAAAACTTAAAGATAGGATTTATCAATGCCTAG
AGTGTGGCTTTGAATTAGATAGAGATATAAACGCTGCTATCAATCTTTTAAAGCATTTAGTAGGTAGAGTTACTGCCGAATTTACGCCTATGGACTTGAC
AGCTCTGTTAAATGATTTATCCAATAATCGTTTAGCAACTAGCAAGGTTGAACTAGGAATACAACAAAAATCCTAAATTAAGAGAATTTTATAGCTCTTT
ATAGGATTTTATAGGTTTGTAGTAACG
Protein section
ORF number : 2

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
654 bp217 aa89742+No
ORF function : Transposase
Chemistry : Serine

ORF sequence :

MNKRMLSIGQASKLLGVTIQTLRNWDKKDLLKPDELTKGGERRYKLESLRRINRSIVFNQDELKTIAYARVSSHDQQDDLIRQVQVLELYCARCGFNYEV
IQDLGSGMNYYKKGLTKLLNLILDNQVKRLVLTHKDRLLRFGAELVFSICEAKGVEVVIINKGDENVRFEEELAKDVLEIITVFSARLYGSRSKKNKKLL
DEMQEVITNNVSYLNHA

 

Blast result :
ORF 2
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1260 bp419 aa7171976+No
ORF function : Accessory Gene
AG : TnpB

ORF sequence :

MSAISITHKIALKPNNKHITYFKKAFGCARFAYNWGLAKWKENYQLGIKTSHLQLKKEFNALKKSQFNFVYEVTKYATQQPFIHLNLAFNKFFRDLEKGL
VSYPKFKKKREFQGSFYIGGDQIKIIQTANTDYLKIPNLPPIKLTEKLRFQGKIHNATITQKGDHFYVSISCDIDESEYKRTHKLQESHNKLGIDIGIKS
FVSLSNGLNIYAPKPLDKLTRKLVRISRQLSKKIHPKTKGDKTRKSNNYLKHSKKLTHLHEKIANIRLDFLHKLTSSLIRHSNSFCLESLKVKNMFKNHR
LAKSLSDISMSVFNTLLEYKAKYSNKEILRADTYYPSSKTCSNCQKVKQDLKLKDRIYQCLECGFELDRDINAAINLLKHLVGRVTAEFTPMDLTALLND
LSNNRLATSKVELGIQQKS

 

Blast result :
Comments
IS607 is 63% aa similar to IS1921 (ORF1) and 48% aa similar to IS1253A (ORF2).
References
1] Kersulyte,D., Mukhopadhyay,A.K., Shirai,M., Nakazawa,T. and Berg,D.E.
(2000) J. Bacteriol. 182 (19), 5300-5308