ISLhe6
- Family IS3
- Group IS150
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AY616518 | ND | Lactobacillus helveticus | Lactobacillus helveticus DPC4571 |
DNA section
IS Length : 1305 bp
Ends
IR Length : 24/28
IRL : TGAGGTGAGACCTAAAAGTGAGACACTTTTAGGTCTTTTACTATGTCTAA
IRR : TGAACTGAGACCTAAAAATTAGACAGTTTAAAATACAGGATTAATAGAGG
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
TGAGGTGAGACCTAAAAGTGAGACACTTTTAGGTCTTTTACTATGTCTAAATTTAATAAAGAACAAAAGATAGAAATTTATCGTAAATGGAAAGATGAGA
AAATCTCAATCAGTCAGTTGTCAAAAGCATATAAAATGAACTTAGCTAATCTGGATTACATGCTTAGATTGATTGATATGCATGGAACGGATATTTTGAA
TACTAGAAAGCGGGTTTATTCTAAGAAGTTTAAAGAACAAACAATTGAACAAGCTATCTTTGGTACTAAGTCAGATGTTCAATTATCTCTAGAATTAGGT
TTCAAAAGCATTGGCAGGCTTAACAATTGGCTTAGAGAATACAAAGAAAACGGGTATAATTTTATTATCAAACAGAAAGGACGTCCTGCCCGTGGTCAAA
GAGGGTCAAAAATCGCGCAAGGAACTGGAGAAAGAGATCCAAAAGCTGAAAGAAGAAAACTTGCGATTGCGTATTGTGAACGAATACGTAAAAAAACTGA
AGGCCTTGGATCAGGAAAAAGATCAGAAGAGATAGCTAAGCTTATTGCCAAGATCAAAGAAATCTTTAATCATCATCAAGGCCGTTATGGCTATCGCCGA
GTAGCGCTGCAGCTAATTAAAGAAGGCTGGAACATTACTGAAAAAACAGTTCGCTACTGGATGCATAAACTAGGCCTTAAGGGCATTAGACGCAATAAGC
GCAAATACTCGAGCTATAAAGGTACTATTGGCAAAATAGCACCTAATTTGATTCATCGCGATTTCTTTGCGCCAATGCCTAATATGAAATGGCATACTGA
CATCACTGAATTTCACCTTAATGGTGAAAAGCTATATTTATCGCCTATTTTGGATGGTTGTGGAGGCGATATAGTTTCTTATTCTATTTCAAGACATCCA
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GTCCCCAATACCAACGTACCTTAAAACTTCAGGGCATTACTCAAAGCATGTCTAGAAAAGGCAATTCCATGGATGATGGTTTAATGGAGAACTTCTTTGG
TCTGCTTAAAACAGAGATGTTTTACGATCAAGAGTACAAATACCATAGCCTTCAAGAATTAACTCAAGCTATTAAAGAATATATTGAATACTATAACGAA
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GTTCA
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TACTAGAAAGCGGGTTTATTCTAAGAAGTTTAAAGAACAAACAATTGAACAAGCTATCTTTGGTACTAAGTCAGATGTTCAATTATCTCTAGAATTAGGT
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GTTCA
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1236 bp | 411 aa | 43 | 1278 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MSKFNKEQKIEIYRKWKDEKISISQLSKAYKMNLANLDYMLRLIDMHGTDILNTRKRVYSKKFKEQTIEQAIFGTKSDVQLSLELGFKSIGRLNNWLREY
KENGYNFIIKQKGRPARGQRGSKIAQGTGERDPKAERRKLAIAYCERIRKKTEGLGSGKRSEEIAKLIAKIKEIFNHHQGRYGYRRVALQLIKEGWNITE
KTVRYWMHKLGLKGIRRNKRKYSSYKGTIGKIAPNLIHRDFFAPMPNMKWHTDITEFHLNGEKLYLSPILDGCGGDIVSYSISRHPDMDLVMTMLDKAFV
KETALNNCTFHTDQGCQYQSPQYQRTLKLQGITQSMSRKGNSMDDGLMENFFGLLKTEMFYDQEYKYHSLQELTQAIKEYIEYYNEERIKSRLRGLTPKE
YRNQASINPVF
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YRNQASINPVF
Blast result :
Comments
ISLhe6 is 56% aa similar to ISL6.
References
1] Callanan,M.J., Beresford,T.P. and Ross,P.R. (2004) Appl. Environ. Microbiol. In press