ISLhe1
- Family IS982
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
AY616518 | ND | Lactobacillus helveticus | Lactobacillus helveticus DPC4571 |
DNA section
IS Length : 965 bp
Ends
IR Length : 27/28
IRL : ACGCGTGGTGCTAGTTAAATCGTTTTAGTTAAATAAAAAGTCCAATCTTG
IRR : ACGCGTGGTGCTAGTTAAATCGTTCTAGACAATATGCCATATTATAAGCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|---|---|---|
TTTGAAAGAG | CTTTTATT | TAGCATGTAA | 8 |
DNA sequence
ACGCGTGGTGCTAGTTAAATCGTTTTAGTTAAATAAAAAGTCCAATCTTGTTAGACTCGACTTGTAAATAGTAATATATAGAAAAGAGTCTGACTAGATT
GAACTGTCTTAAGCTTAAGCATTTTTCTCATCATTTACAAGTTAGTTTTACTCGTTTAAACAATATTTGTCGTTCTTGGTATAAGCTGTATGCTCCGAAC
TCCCTTAAGCATCGCAGAAATACAGATCAGATCAAGCTATCTGATAGTTCCATCTTAGCTATGCTTATCTGGCAAGCGGAATTAGGGATTGAATCACAAA
GAAGATTTTGCAGGTTCTTTGTAGGATTATCCCATTCCCGATTTAATCGCCGAGCTCGTCAACTTTTGCCTTTAATCTATCTGATTCGTCATACTTTGAA
CCAAGAAGTGGATCTTTCAGGTAAAATTCTGATTATTGATAGTTTCCCAGTTCCGGTCTGCCAACCTGTTCGTAATTATCGCGTCAAAATCTTTCATGAT
ATTGCCGATATTGGTTATAAGGCGACTAAAAAAGTCTACTATTATGGGTTCAAGGTTCACGCAATAGTGAGCGATGATGGCTATCTGCTTGATTACGCAG
TCACTAAAGCATCGGTGCATGATGCTAAAGAAACAGTAGAATTGATGAATAATGCCCATCCTACTAATCATTATCTTTTAGGCGATGAAGGTTATTTAGG
TAAGGATTTAGCCGCTAAACTAAAACAAATGAGCTATGTGCTTTGGACACCGTATCGTAAAAATATGCAAGGTGCTAAAAAAATAACAATCATCAACTAA
TGGCGATCAGACGGACAATTGAGAGTGACTTTGCTTTGCTTAGTTATTACAATGCCGAAAATAATCGCGCTAGAAGTCTAGCGGGTTTTCAAGAACGCCT
AGAGGTTGCAGTGTTAGCTTATAATATGGCATATTGTCTAGAACGATTTAACTAGCACCACGCGT
GAACTGTCTTAAGCTTAAGCATTTTTCTCATCATTTACAAGTTAGTTTTACTCGTTTAAACAATATTTGTCGTTCTTGGTATAAGCTGTATGCTCCGAAC
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TGGCGATCAGACGGACAATTGAGAGTGACTTTGCTTTGCTTAGTTATTACAATGCCGAAAATAATCGCGCTAGAAGTCTAGCGGGTTTTCAAGAACGCCT
AGAGGTTGCAGTGTTAGCTTATAATATGGCATATTGTCTAGAACGATTTAACTAGCACCACGCGT
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
723 bp | 240 aa | 78 | 800 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MEKSLTRLNCLKLKHFSHHLQVSFTRLNNICRSWYKLYAPNSLKHRRNTDQIKLSDSSILAMLIWQAELGIESQRRFCRFFVGLSHSRFNRRARQLLPLI
YLIRHTLNQEVDLSGKILIIDSFPVPVCQPVRNYRVKIFHDIADIGYKATKKVYYYGFKVHAIVSDDGYLLDYAVTKASVHDAKETVELMNNAHPTNHYL
LGDEGYLGKDLAAKLKQMSYVLWTPYRKNMQGAKKITIIN
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LGDEGYLGKDLAAKLKQMSYVLWTPYRKNMQGAKKITIIN
Blast result :
Comments
ISLhe1 is 83% aa similar to ISLh1.
References
1] Callanan,M.J., Beresford,T.P. and Ross,P.R. (2005) Appl. Environ. Microbiol. 71(3), 1655-1658.