ISLjo1

  • Family IS30
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s)
Accession numberTranspositionOriginHost
NC_005362 ND Lactobacillus johnsonii
Lactobacillus johnsonii NCC 533
DNA section
IS Length : 1187 bp

Ends


IR Length : 23/28

IRL : GCTGATTGTAAAATTAAATTGAACACTTGATAAAAAATAAAAAGTCCATT
IRR : GCAAATTGCAATAATAAATTGAACACTTTTAGTTAAGCTGCTTGATAGAT

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length

DNA sequence

GCTGATTGTAAAATTAAATTGAACACTTGATAAAAAATAAAAAGTCCATTCGGACCTGTTTGATAGAATGTTAATAACCACAAAAACTTTCTATTGGAGG
TCAAAATGGACTCTTTACATTCTACCATGAACCAGCACGTTAAAGGCAAGCATTTATCATTTGAAGAGCGAGTTATTATTCAATTGCGTTTGAAAGATGG
CTATTCTTTGCGTGCAATTGCCCGTGAACTTAACTGTTCTCCTTCTACTATCAGCTATGAGGTTAAGCGTGGCACTGTAAAACTGTATCATGGTAAAGTC
AAAAAATATAAGGCTACTCAAGGGCATGATGCATATAAAGCTCATCGTAAAAATTGTGGGCGCAAATCAGACTTTCTCAGGAAAGCTCAATTCATGCGCT
ATGTCCACAAGCATTTTTTTAAAGATGGCTGGTCGCTTGATGTGTGCAGTAATCGTGCTACTGCTGTTGGCGAATTCGCTAGCAGCGATGTTGTCTGCAC
CAAAACTCTTTATAATTACGTTGATCAAGGCTTATTAGGAATTTATAATTACGACTTGCCAGAGAAGCTTAAACGCAATACTAAGCTTCATCGTATTCGC
AAAAATAAGAAAAAACTTGGCAGAAGCATTGAAGAACGTCCTAAAGAGATCAATAAACGTAATGAATTCGGTCATTGGGAATGCGATTTAGTTCTCGGAC
ATAAGAGCAAAGATGATGAGGTACTGCTAACCTTATCTGAGCGTATGAGTCGTGAGTTTTTAATTCTTCGTATTCCTGACAAGACTTCTGTCAGTGTCAT
GCAGGCCTTTAAAGAACTCCAAAGGCAATACAGCGAACATTGGAATGATATTTTTAAAACCATTACCACTGATAATGGCTCAGAGTTTGCAGATCTTTCC
AACCTAGAAAAAGTATCCAATACACTGGTTTACTATGCCCATCCTTACACTTCTTGTGATAAGGGAACAGTTGAAAGACACAATGGTCTTATTCGCAGAT
TCATTCCTAAGGGAGAAGCAATAGCTAACTATTCTTTACAAGACATCATTAATATTGAAACCTGGTGCAATTCTTTGCCAAGAAAGATACTGGCCTATCA
TACACCAGATGAAATCTTTGAAAGAGAATTAGATCTAATCTATCAAGCAGCTTAACTAAAAGTGTTCAATTTATTATTGCAATTTGC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
1050 bp349 aa1061155+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MDSLHSTMNQHVKGKHLSFEERVIIQLRLKDGYSLRAIARELNCSPSTISYEVKRGTVKLYHGKVKKYKATQGHDAYKAHRKNCGRKSDFLRKAQFMRYV
HKHFFKDGWSLDVCSNRATAVGEFASSDVVCTKTLYNYVDQGLLGIYNYDLPEKLKRNTKLHRIRKNKKKLGRSIEERPKEINKRNEFGHWECDLVLGHK
SKDDEVLLTLSERMSREFLILRIPDKTSVSVMQAFKELQRQYSEHWNDIFKTITTDNGSEFADLSNLEKVSNTLVYYAHPYTSCDKGTVERHNGLIRRFI
PKGEAIANYSLQDIINIETWCNSLPRKILAYHTPDEIFERELDLIYQAA

 

Blast result :
Comments
ISLjo1 is 74% aa similar to ISL7.
References
1] Pridmore,R.D., Berger,B., Desiere,F., Vilanova,D., Barretto,C., Pittet,A.C., Zwahlen,M.C., Rouvet,M., Altermann,E., Barrangou,R., Mollet,B., Mercenier,A., Klaenhammer,T., Arigoni,F. and Schell,M.A. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (8), 2512-2517