ISLjo1
- Family IS30
- Group
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
NC_005362 | ND | Lactobacillus johnsonii | Lactobacillus johnsonii NCC 533 |
DNA section
IS Length : 1187 bp
Ends
IR Length : 23/28
IRL : GCTGATTGTAAAATTAAATTGAACACTTGATAAAAAATAAAAAGTCCATT
IRR : GCAAATTGCAATAATAAATTGAACACTTTTAGTTAAGCTGCTTGATAGAT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
GCTGATTGTAAAATTAAATTGAACACTTGATAAAAAATAAAAAGTCCATTCGGACCTGTTTGATAGAATGTTAATAACCACAAAAACTTTCTATTGGAGG
TCAAAATGGACTCTTTACATTCTACCATGAACCAGCACGTTAAAGGCAAGCATTTATCATTTGAAGAGCGAGTTATTATTCAATTGCGTTTGAAAGATGG
CTATTCTTTGCGTGCAATTGCCCGTGAACTTAACTGTTCTCCTTCTACTATCAGCTATGAGGTTAAGCGTGGCACTGTAAAACTGTATCATGGTAAAGTC
AAAAAATATAAGGCTACTCAAGGGCATGATGCATATAAAGCTCATCGTAAAAATTGTGGGCGCAAATCAGACTTTCTCAGGAAAGCTCAATTCATGCGCT
ATGTCCACAAGCATTTTTTTAAAGATGGCTGGTCGCTTGATGTGTGCAGTAATCGTGCTACTGCTGTTGGCGAATTCGCTAGCAGCGATGTTGTCTGCAC
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AAAAATAAGAAAAAACTTGGCAGAAGCATTGAAGAACGTCCTAAAGAGATCAATAAACGTAATGAATTCGGTCATTGGGAATGCGATTTAGTTCTCGGAC
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GCAGGCCTTTAAAGAACTCCAAAGGCAATACAGCGAACATTGGAATGATATTTTTAAAACCATTACCACTGATAATGGCTCAGAGTTTGCAGATCTTTCC
AACCTAGAAAAAGTATCCAATACACTGGTTTACTATGCCCATCCTTACACTTCTTGTGATAAGGGAACAGTTGAAAGACACAATGGTCTTATTCGCAGAT
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TACACCAGATGAAATCTTTGAAAGAGAATTAGATCTAATCTATCAAGCAGCTTAACTAAAAGTGTTCAATTTATTATTGCAATTTGC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
1050 bp | 349 aa | 106 | 1155 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MDSLHSTMNQHVKGKHLSFEERVIIQLRLKDGYSLRAIARELNCSPSTISYEVKRGTVKLYHGKVKKYKATQGHDAYKAHRKNCGRKSDFLRKAQFMRYV
HKHFFKDGWSLDVCSNRATAVGEFASSDVVCTKTLYNYVDQGLLGIYNYDLPEKLKRNTKLHRIRKNKKKLGRSIEERPKEINKRNEFGHWECDLVLGHK
SKDDEVLLTLSERMSREFLILRIPDKTSVSVMQAFKELQRQYSEHWNDIFKTITTDNGSEFADLSNLEKVSNTLVYYAHPYTSCDKGTVERHNGLIRRFI
PKGEAIANYSLQDIINIETWCNSLPRKILAYHTPDEIFERELDLIYQAA
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Blast result :
Comments
ISLjo1 is 74% aa similar to ISL7.
References
1] Pridmore,R.D., Berger,B., Desiere,F., Vilanova,D., Barretto,C., Pittet,A.C., Zwahlen,M.C., Rouvet,M., Altermann,E., Barrangou,R., Mollet,B., Mercenier,A., Klaenhammer,T., Arigoni,F. and Schell,M.A. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (8), 2512-2517