ISFnu5
- Family ISL3
- Group
Isoform Synonym(s)
| Accession number | Transposition | Origin | Host |
|---|---|---|---|
| NC_003454 | ND | Fusobacterium nucleatum | Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 |
DNA section
IS Length : 1541 bp
Ends
IR Length : 23/30
IRL : GGTTGTATAATAAATGGTGTTGATAGAAGAAATTTCTATCAATGCCATTT
IRR : GGTTGTTTGTCAAATAGTGTTGATAAAAAAGTTTAGACTTACAATTAACA
Insertion site
| Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
|---|---|---|---|
| TAAAAAAAGGT | GATAAAAA | AGGGAGTGTT | 8 |
DNA sequence
GGTTGTATAATAAATGGTGTTGATAGAAGAAATTTCTATCAATGCCATTTTTTAATAAAAAAAAGTTGAGACAATAAAATTTTCCTGTTAAAATTAAATC
GCCAAAAATAACCATAAAAGGAAGTGATTTCATTGTCTCTATCTGATTTTATCAAATCTATCTTAAATATTCAAGATAATAATATTTCTTTTCCAGAAGA
AGAATATTGCCAAGTTACTCAAAAAGGCGACTATTTACTTAAAGTTTTTAAAGGATTTCTTAAATCTGATTACTGCACTTGCCCACACTGTAGTTCTAAA
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TAAGTCTAAACTTTTTTATCAACACTATTTGACAAACAACC
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
| Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1287 bp | 428 aa | 124 | 1410 | + | No |
Chemistry : Unknow
ORF sequence :
MISLSLSDFIKSILNIQDNNISFPEEEYCQVTQKGDYLLKVFKGFLKSDYCTCPHCSSKNIVKNGSRHRKIKYIPIQNHNIELELTVQRYICKDCKKTFS
PSTNIVSDNSSISNNLKYAIALELQKNISLTSIAKRYNISIPSVQRIMDNCYSDFKVNKEHLPEAICIDEFKSVKNIDGAMSFVFADYKSKNIIDIVEDR
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QSFKRKLSSKDKVDYLLEKSPKLEANFNIYQDIIQAIRHNNFKRFESVVKKYLSTKEKISKKMMIVLKTLKKHMNYIENMFESNITNGVIEGLNNKIKSI
KRTAFGYSNFSNFKKRILIQAGIISISA
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KRTAFGYSNFSNFKKRILIQAGIISISA
Blast result :
Comments
ISFnu5 is 56% aa similar to IS1476.
There are 1 full and 1 partial copy of ISFnu5 in Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum genome.
There are 1 full and 1 partial copy of ISFnu5 in Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum genome.
References
1] Kapatral,V., Anderson,I., Ivanova,N., Reznik,G., Los,T., Lykidis,A., Bhattacharyya,A., Bartman,A., Gardner,W., Grechkin,G., Zhu,L., Vasieva,O., Chu,L., Kogan,Y., Chaga,O., Goltsman,E., Bernal,A., Larsen,N., D'Souza,M., Walunas,T., Pusch,G.,Haselkorn,R., Fonstein,M., Kyrpides,N. and Overbeek,R. (2002) J. Bacteriol. 184 (7), 2005-2018