ISLpl1

  • Family IS30
  • Group
MGE type ISRelated element(s) :
Isoform Synonym(s) ISLp1
Accession numberTranspositionOriginHost
AF459445 ND Lactobacillus plantarum
Lactobacillus plantarum CCM 1904 plasmid pLp3
DNA section
IS Length : 1043 bp

Ends


IR Length : 22/24

IRL : GGTAGATTGTAAAATTAATCCGAACGCTGTTCGGACAAAAAAGATCAGCT
IRR : GGTAGATTGCAAATTTAATCCGAATTTTTGGACAAATTTGTCAGCATAAC

Insertion site


Left flankDirect repeatRight flankDR Length

DNA sequence

GGTAGATTGTAAAATTAATCCGAACGCTGTTCGGACAAAAAAGATCAGCTTCCTTTAAAATGGTGTTTACCACAAACCCATCTTTTAGGAGCTGATCTTT
TGTCTAGTATAACCTATTCCGAACGAATTAAAATCGAAACCTTTTGTGAACTAGGGCTGTCCAATATCCAAATGGGCGTTCGGCTGAACCGATCACCGTC
AACAATTTCTTATGAATTATCTCGATGTCAACCTTATCAGGCTGAATTAGCACAAACAGATGCCGAATACAAGCGATCACGATGTGGTCGGAAAACTAAG
CTGAGCGATGAGTTAAAGCAAAAAATTCTCAACCATTTACGTCTAAGCTGGTCACCAGGAATGATTGCTCACGAATTTAAACTAGCTACTAAATCTATTT
ATAATTGGCTAAATCAGGAGAGAATTGGTTTCTCCTTGAATGATCTACCTGAACATGGCGTACGCCAACGGCGTAACGTTGACCAACGATCCAAATATAA
TCAATCTTTGGGGCGATCAATTGAACAGCGTCCCATGATGATTAATCAACGTAATCGCATCGGCGATTTTGAACTAGATACAGTCGTTGGTCCTCGTGGG
CATAGTAAGGCAGTTTTATTAACTTTAATCGATCGCAAATCACGGTTCCTTTGGGCATACCGGTTAAAAGATCGGACGACAGCGACTGTTAATGAAGCCC
TAACTAAGTTCCTAACCACTTTTAATGGTCCGGTGCATAGTTTTACGGTGGACCGTGGCACTGAGTTTAGTGGGCTAGTATCACTTGAATCACAATATGG
TATTAAGACCTATTACTGCCATGCTTATACGCCAGCTGAACGTGGTAGTAATGAACGCTTTAATCGGAATTTACGTTATTTTTATCCTAAAGGGACTCGT
TTTGAGCACATTAGTGCTCAAGATTTAACGACGACGTTACTCCAAATTAACCAGCGACCGCTTAAAATACTCGACTGGCAAACACCGTATCAGGTTATGC
TGACAAATTTGTCCAAAAATTCGGATTAAATTTGCAATCTACC
Protein section
ORF number : 1

 

ORF 1
LengthBeginEndStrandFusion ORF
930 bp309 aa1001029+No
ORF function : Transposase
Chemistry : DDE

ORF sequence :

MSSITYSERIKIETFCELGLSNIQMGVRLNRSPSTISYELSRCQPYQAELAQTDAEYKRSRCGRKTKLSDELKQKILNHLRLSWSPGMIAHEFKLATKSI
YNWLNQERIGFSLNDLPEHGVRQRRNVDQRSKYNQSLGRSIEQRPMMINQRNRIGDFELDTVVGPRGHSKAVLLTLIDRKSRFLWAYRLKDRTTATVNEA
LTKFLTTFNGPVHSFTVDRGTEFSGLVSLESQYGIKTYYCHAYTPAERGSNERFNRNLRYFYPKGTRFEHISAQDLTTTLLQINQRPLKILDWQTPYQVM
LTNLSKNSD

 

Blast result :
Comments
ISLpl1 is 98% aa similar to ISPp1.
References
1] Nicoloff,H. and Bringel,F. (2003) Appl. Environ. Microbiol. 69 (10), 6032-6040