ISFtu5
- Family IS4
- Group IS10
Isoform Synonym(s)
Accession number | Transposition | Origin | Host |
---|---|---|---|
ND | Francisella tularensis | Francisella tularensis subspecies tularensis SchuS4 |
DNA section
IS Length : 1157 bp
Ends
IR Length : 12
IRL : CTCTGTACACGAGGAAAGAGTTGAAAAAAGCTGACTAAAGCCATATATAC
IRR : CTCTGTACACGATGATTTTTTCATAATTTAAGTTCTTTAGTTATTTTGCT
Insertion site
Left flank | Direct repeat | Right flank | DR Length |
---|
DNA sequence
CTCTGTACACGAGGAAAGAGTTGAAAAAAGCTGACTAAAGCCATATATACTTAATTATTGGAGATAAATGAAAAGTACGTTAATCAGCTAAAACGAAGTT
TATCGAAAATATTTAATTGGCATAAGTCAAGCATAGACTGCTTTAGCAATATATTGCTAGGCTTACTATCAGCACAAACAATTAATTTGTCAAAGATAGC
GATTCACTTTAAAAATAATAATAAAATAGCCTCCAACTATAGGCGAATACAAAGTTTTCTAAAAGATATGAAGATTGATTTTGATGCTATAACTGAATTT
AATGTCCGTCAACCTCTATCCCAAAAAAGTAAATTTAACTTTATACCAGATAGAACAAATTGGCAATTTGTTAAAAATAATATAAATATTTTAGTATTTT
CAGCCGTATATGAAGTTATTGCAATACCTTTATATTATAAGCTAGATCATAGAGGTAATAGCGACTCACAAACTCGTATAGATCTAGTTAAAAAGTTTGT
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GAAGACCACAAAACTCATACTTTAGATATGGGTTAGATATGATTGCTAATGCTATCAATAAAATATCTGTTTCAAGCTATGACTTTAAGTTATGCTTGAA
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AATATTCAGCAAAATAACTAAAGAACTTAAATTATGAAAAAATCATCGTGTACAGAG
Protein section
ORF number : 1
ORF 1
Length | Begin | End | Strand | Fusion ORF | |
---|---|---|---|---|---|
976 bp | 327 aa | 58 | 1033 | + | No |
Chemistry : DDE
ORF sequence :
MEINEKYVNQLKRSLSKIFNWHKSSIDCFSNILLGLLSAQTINLSKIAIHFKNNNKIASNYRRIQSFLKDMKIDFDAITEFNVRQPLSQKSKFNFIPDRT
NWQFVKNNINILVFSAVYEVIAIPLYYKLDHRGNSDSQTRIDLVKKFVNKFGKECIGSILGDREFWLTWLDSQQISYIIRIRNNSVIMDSNAGESKVSKL
FYSTGIHEHKNLTKIQQLGDIDVYLVLELMMVSYLLLLATIAMSSSLFPHMGGLRWEIENLF*ALKDRGFNLEDTHLTDKNKIAKMLGLLSLAFVWAHKV
GRVRICLFKKHVVKSMEDHKTHTLDMG
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FYSTGIHEHKNLTKIQQLGDIDVYLVLELMMVSYLLLLATIAMSSSLFPHMGGLRWEIENLF*ALKDRGFNLEDTHLTDKNKIAKMLGLLSLAFVWAHKV
GRVRICLFKKHVVKSMEDHKTHTLDMG
Blast result :
Comments
ORF contains two frameshifts and a stop codon
ISFtu5 is 57% aa similar to ISAba1.
ISFtu5 is 57% aa similar to ISAba1.
References